47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2369 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2369  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 81 aa  167  5e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00820439  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2643  transcriptional regulator, DeoR family  93.06 
 
 		 314 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000047791  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3245  sugar-binding domain-containing protein  84.29 
 
 		 314 aa  125  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0904  sugar-binding domain-containing protein  84.29 
 
 		 314 aa  125  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3378  DeoR family transcriptional regulator  84.29 
 
 		 314 aa  124  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2395  transcriptional regulator, putative  57.58 
 
 		 317 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.129773  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3131  DeoR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 316 aa  63.9  0.0000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2030  transcriptional regulator, DeoR family  43.06 
 
 		 316 aa  61.6  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130685  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2252  transcriptional regulator, DeoR family  41.67 
 
 		 316 aa  60.1  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.345657  normal  0.232 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3422  transcriptional regulator, DeoR family  40.3 
 
 		 331 aa  53.1  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00167672  hitchhiker  0.0000946646 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0409  DeoR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 334 aa  52  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0717665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4524  sorbitol operon regulator SorC  34.72 
 
 		 315 aa  47.8  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4482  sorbitol operon regulator SorC  34.72 
 
 		 315 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.543234 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5499  sorbitol operon regulator SorC  34.72 
 
 		 315 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4738  DeoR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 339 aa  47  0.00008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4358  DeoR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 339 aa  47  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.948158  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4444  DeoR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 339 aa  47  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0599387 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3426  transcriptional regulator, DeoR family  37.1 
 
 		 336 aa  46.6  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000128102  hitchhiker  0.000369774 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22170  sugar-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 310 aa  45.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2573  putative sugar-binding region  39.06 
 
 		 337 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1990  transcriptional regulator, DeoR family  39.62 
 
 		 319 aa  45.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.356638  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0327  transcriptional regulator, putative  35.21 
 
 		 327 aa  45.1  0.0004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0172702  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2553  DeoR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 342 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1339  DeoR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 363 aa  44.3  0.0006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2598  DeoR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 342 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0969479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0087  transcriptional regulator  40 
 
 		 326 aa  44.3  0.0006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.284033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2592  DeoR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 342 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0641807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1126  DeoR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 307 aa  44.3  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1071  transcriptional regulator, DeoR family  34.78 
 
 		 308 aa  43.9  0.0007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0743327  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0115  DeoR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 310 aa  43.9  0.0007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156303  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1190  DeoR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 326 aa  42.7  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11475  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2050  transcriptional regulator, DeoR family  35.94 
 
 		 323 aa  42.7  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2524  DeoR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 357 aa  42  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1974  deoxyribonucleoside regulator DeoR, putative  36.36 
 
 		 315 aa  41.2  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00373249  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1894  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  35.71 
 
 		 315 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0693832  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1753  deoxyribonucleoside regulator DeoR  36.36 
 
 		 315 aa  41.2  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000750924  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1731  deoxyribonucleoside regulator  36.36 
 
 		 315 aa  41.2  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000228989  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1702  deoxyribonucleoside regulator  36.36 
 
 		 315 aa  41.2  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000147991  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03820  transcriptional regulator with sigma factor-related N-terminal domain  37.93 
 
 		 318 aa  41.6  0.004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1891  deoxyribonucleoside regulator DeoR  36.36 
 
 		 315 aa  41.2  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0535512  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0358  DeoR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 326 aa  41.6  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1926  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  36.36 
 
 		 315 aa  41.2  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.60106e-41 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3452  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  35.71 
 
 		 315 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00224195  hitchhiker  1.06699e-16 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2001  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  36.36 
 
 		 316 aa  41.2  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000544844  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1750  DeoR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 315 aa  41.2  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00345901  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2565  DeoR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 336 aa  40.8  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0409  DeoR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 339 aa  40  0.01  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.490388 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>