185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3912 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3912  hypothetical protein  100 
 
 		 66 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4986  histone family protein DNA-binding protein  84.31 
 
 		 105 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.777024  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6231  integration host factor, alpha subunit  82 
 
 		 104 aa  84.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.75949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7074  integration host factor, alpha subunit  82 
 
 		 105 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.15437  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3967  histone family protein DNA-binding protein  75 
 
 		 106 aa  77  0.00000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225814  normal  0.0228483 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2055  histone family protein DNA-binding protein  79.07 
 
 		 108 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.283238 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2330  histone family protein DNA-binding protein  79.07 
 
 		 108 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.45414 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2016  histone family protein DNA-binding protein  79.07 
 
 		 108 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0651  integration host factor, alpha subunit  67.35 
 
 		 112 aa  67.8  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00749057 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3378  integration host factor, alpha subunit  62 
 
 		 125 aa  67.4  0.00000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143005 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4386  integration host factor subunit alpha  60.78 
 
 		 105 aa  65.1  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4630  integration host factor subunit alpha  66.67 
 
 		 119 aa  64.3  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00633863  normal  0.0311538 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3294  integration host factor, alpha subunit  62.75 
 
 		 105 aa  63.5  0.0000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.13347 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1587  integration host factor subunit alpha  66.67 
 
 		 110 aa  63.5  0.0000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.526192  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3021  integration host factor subunit alpha  54.55 
 
 		 118 aa  62.8  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312717  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2651  integration host factor subunit alpha  67.5 
 
 		 123 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.030982  normal  0.0609514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2687  integration host factor subunit alpha  67.5 
 
 		 123 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.48286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2677  integration host factor subunit alpha  57.69 
 
 		 108 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00137939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1408  integration host factor subunit alpha  67.5 
 
 		 106 aa  61.6  0.000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.422535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1668  integration host factor, alpha subunit  68.29 
 
 		 105 aa  60.5  0.000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1739  histone family protein DNA-binding protein  55.93 
 
 		 122 aa  59.7  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269584  decreased coverage  0.000883525 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1198  integration host factor subunit alpha  71.05 
 
 		 112 aa  58.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1287  integration host factor subunit alpha  71.05 
 
 		 112 aa  58.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.921659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0830  integration host factor subunit alpha  62 
 
 		 112 aa  59.3  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120813  normal  0.0891496 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1417  integration host factor, alpha subunit  61.9 
 
 		 97 aa  58.5  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.097817  normal  0.411662 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1147  integration host factor subunit alpha  71.05 
 
 		 111 aa  58.5  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.205645  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1522  integration host factor, alpha subunit  63.04 
 
 		 101 aa  58.5  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00263552  normal  0.735039 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2518  integration host factor subunit alpha  71.05 
 
 		 107 aa  58.2  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1969  integration host factor subunit alpha  55.56 
 
 		 113 aa  58.2  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0019696  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0778  integration host factor subunit alpha  71.05 
 
 		 107 aa  57.8  0.00000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2611  integration host factor subunit alpha  58.14 
 
 		 100 aa  57.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1269  integration host factor subunit alpha  58.14 
 
 		 100 aa  57.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.272817 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1913  integration host factor subunit alpha  58.14 
 
 		 100 aa  57.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.749601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0771  integration host factor subunit alpha  71.05 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.801748  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3557  integration host factor subunit alpha  55.81 
 
 		 100 aa  57.8  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0796  histone family protein DNA-binding protein  54.55 
 
 		 118 aa  57  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0942374 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0913  integration host factor subunit alpha  60.47 
 
 		 100 aa  56.6  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1721  integration host factor subunit alpha  58.14 
 
 		 101 aa  56.2  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.20238 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3742  integration host factor, alpha subunit  58.14 
 
 		 100 aa  56.2  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.266099  normal  0.554438 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1994  integration host factor subunit alpha  52.17 
 
 		 113 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.110028  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1863  integration host factor subunit alpha  58.14 
 
 		 102 aa  56.2  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00832208  normal  0.529294 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1909  integration host factor subunit alpha  52.17 
 
 		 113 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0268  integration host factor, alpha subunit  60.47 
 
 		 104 aa  56.2  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2924  integration host factor, alpha subunit  63.41 
 
 		 105 aa  54.7  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0242436  hitchhiker  0.000500218 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1631  integration host factor subunit alpha  65.79 
 
 		 112 aa  54.3  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1783  integration host factor subunit alpha  58.14 
 
 		 100 aa  54.7  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.783563  normal  0.198181 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2237  integration host factor, alpha subunit  59.52 
 
 		 99 aa  54.3  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0376768 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2608  integration host factor, alpha subunit  59.52 
 
 		 99 aa  54.3  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2365  integration host factor subunit alpha  55 
 
 		 98 aa  53.5  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0639  integration host factor subunit alpha  50 
 
 		 103 aa  52.8  0.000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1521  integration host factor, alpha subunit  51.22 
 
 		 91 aa  51.6  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.43426  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1886  integration host factor, alpha subunit  59.46 
 
 		 99 aa  50.8  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.067674 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2622  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 92 aa  51.2  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.349381  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1417  histone-like DNA-binding protein  50 
 
 		 91 aa  50.8  0.000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000053245  normal  0.466182 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1146  integration host factor subunit alpha  54 
 
 		 99 aa  49.7  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0580836  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1424  integration host factor, alpha subunit  52.5 
 
 		 93 aa  49.7  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000184784  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2224  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 92 aa  49.3  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000923552 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3057  histone-like DNA-binding protein  47.73 
 
 		 97 aa  48.9  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.581982 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1918  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 92 aa  48.9  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000225021  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1996  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 92 aa  49.3  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1456  integration host factor, alpha subunit  55 
 
 		 99 aa  48.9  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.405955  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2302  histone family protein DNA-binding protein  56.76 
 
 		 97 aa  48.1  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1888  histone family protein DNA-binding protein  48.78 
 
 		 93 aa  47.4  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000630839  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1805  integration host factor, alpha subunit  50.94 
 
 		 102 aa  47.4  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0433  integration host factor subunit alpha  55.26 
 
 		 101 aa  47  0.00009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2471  integration host factor subunit alpha  57.89 
 
 		 100 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2510  integration host factor subunit alpha  57.89 
 
 		 100 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2384  integration host factor, alpha subunit  57.89 
 
 		 100 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0917658  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2168  integration host factor subunit alpha  57.89 
 
 		 100 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.895191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1937  integration host factor subunit alpha  57.89 
 
 		 100 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0682795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3475  integration host factor subunit alpha  57.89 
 
 		 100 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981005  hitchhiker  0.00278356 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1583  integration host factor subunit alpha  57.89 
 
 		 101 aa  47  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1604  integration host factor subunit alpha  55.26 
 
 		 99 aa  46.2  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0316087  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0762  integration host factor subunit alpha  55.26 
 
 		 101 aa  46.2  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.306695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28720  integration host factor subunit alpha  57.89 
 
 		 100 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000206678  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1973  integration host factor subunit alpha  57.89 
 
 		 100 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0364622 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1951  integration host factor subunit alpha  47.73 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0689999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1982  integration host factor subunit alpha  57.89 
 
 		 100 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0219997  normal  0.264768 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3219  integration host factor subunit alpha  57.89 
 
 		 100 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20480  integration host factor, alpha subunit  57.89 
 
 		 92 aa  46.2  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02112  integration host factor subunit alpha  55.26 
 
 		 98 aa  45.4  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3032  integration host factor subunit alpha  53.66 
 
 		 100 aa  45.4  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.814183  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1731  integration host factor subunit alpha  55.26 
 
 		 98 aa  45.4  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.074622  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0918  integration host factor, alpha subunit  47.5 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1919  integration host factor subunit alpha  52.63 
 
 		 99 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.445655 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1467  integration host factor subunit alpha  52.63 
 
 		 99 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1792  integration host factor subunit alpha  52.63 
 
 		 99 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704445  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1834  integration host factor subunit alpha  52.63 
 
 		 99 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.155105  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1472  integration host factor subunit alpha  46.94 
 
 		 103 aa  45.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.213571  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2430  integration host factor subunit alpha  52.63 
 
 		 99 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.446554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1405  integration host factor subunit alpha  54.76 
 
 		 131 aa  45.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1710  integration host factor subunit alpha  52.63 
 
 		 99 aa  45.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.707381  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1365  integration host factor subunit alpha  54.76 
 
 		 131 aa  45.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1409  integration host factor subunit alpha  46.94 
 
 		 103 aa  45.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0010312  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2068  integration host factor subunit alpha  52.63 
 
 		 97 aa  45.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0298794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1434  integration host factor subunit alpha  52.63 
 
 		 99 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0289441 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1450  integration host factor subunit alpha  52.63 
 
 		 99 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2214  integration host factor subunit alpha  52.63 
 
 		 98 aa  45.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.600475  normal  0.239128 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1730  integration host factor subunit alpha  45.65 
 
 		 99 aa  45.4  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.976876  normal  0.494462 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0846  integration host factor subunit alpha  55.26 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000670658  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>