More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3378 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3378  integration host factor, alpha subunit  100 
 
 		 125 aa  249  9.000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143005 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0651  integration host factor, alpha subunit  76.64 
 
 		 112 aa  170  5.999999999999999e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00749057 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1587  integration host factor subunit alpha  65.31 
 
 		 110 aa  141  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.526192  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3967  histone family protein DNA-binding protein  66.34 
 
 		 106 aa  140  9e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225814  normal  0.0228483 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7074  integration host factor, alpha subunit  65.35 
 
 		 105 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.15437  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4630  integration host factor subunit alpha  64.95 
 
 		 119 aa  139  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00633863  normal  0.0311538 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2677  integration host factor subunit alpha  64.95 
 
 		 108 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00137939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1408  integration host factor subunit alpha  64.95 
 
 		 106 aa  138  3e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.422535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2651  integration host factor subunit alpha  64.95 
 
 		 123 aa  138  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.030982  normal  0.0609514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2687  integration host factor subunit alpha  64.95 
 
 		 123 aa  138  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.48286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4386  integration host factor subunit alpha  67.02 
 
 		 105 aa  138  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6231  integration host factor, alpha subunit  66.34 
 
 		 104 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.75949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2016  histone family protein DNA-binding protein  67.01 
 
 		 108 aa  137  4.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2330  histone family protein DNA-binding protein  63.81 
 
 		 108 aa  136  8.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.45414 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2055  histone family protein DNA-binding protein  63.81 
 
 		 108 aa  136  8.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.283238 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3021  integration host factor subunit alpha  60.95 
 
 		 118 aa  135  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312717  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1668  integration host factor, alpha subunit  64.58 
 
 		 105 aa  131  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1522  integration host factor, alpha subunit  68.48 
 
 		 101 aa  131  3.9999999999999996e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00263552  normal  0.735039 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0771  integration host factor subunit alpha  68.13 
 
 		 128 aa  130  9e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.801748  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0778  integration host factor subunit alpha  68.13 
 
 		 107 aa  129  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2924  integration host factor, alpha subunit  66.3 
 
 		 105 aa  129  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0242436  hitchhiker  0.000500218 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2518  integration host factor subunit alpha  68.13 
 
 		 107 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1147  integration host factor subunit alpha  65.93 
 
 		 111 aa  128  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.205645  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4986  histone family protein DNA-binding protein  61.39 
 
 		 105 aa  127  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.777024  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1863  integration host factor subunit alpha  67.78 
 
 		 102 aa  126  8.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00832208  normal  0.529294 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1269  integration host factor subunit alpha  63.74 
 
 		 100 aa  124  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.272817 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2611  integration host factor subunit alpha  63.74 
 
 		 100 aa  124  6e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1913  integration host factor subunit alpha  63.74 
 
 		 100 aa  124  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.749601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1721  integration host factor subunit alpha  61.05 
 
 		 101 aa  123  9e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.20238 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0639  integration host factor subunit alpha  63.74 
 
 		 103 aa  122  2e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0913  integration host factor subunit alpha  60.44 
 
 		 100 aa  120  6e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1287  integration host factor subunit alpha  62.64 
 
 		 112 aa  120  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.921659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1198  integration host factor subunit alpha  62.64 
 
 		 112 aa  120  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0830  integration host factor subunit alpha  62.64 
 
 		 112 aa  119  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120813  normal  0.0891496 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1783  integration host factor subunit alpha  62.64 
 
 		 100 aa  119  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.783563  normal  0.198181 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1631  integration host factor subunit alpha  60.44 
 
 		 112 aa  117  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0268  integration host factor, alpha subunit  58.24 
 
 		 104 aa  114  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2365  integration host factor subunit alpha  57.14 
 
 		 98 aa  113  6.9999999999999995e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3294  integration host factor, alpha subunit  55.45 
 
 		 105 aa  112  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.13347 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3557  integration host factor subunit alpha  56.67 
 
 		 100 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1417  integration host factor, alpha subunit  53.26 
 
 		 97 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.097817  normal  0.411662 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1739  histone family protein DNA-binding protein  54.37 
 
 		 122 aa  109  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269584  decreased coverage  0.000883525 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1909  integration host factor subunit alpha  50 
 
 		 113 aa  107  5e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1994  integration host factor subunit alpha  50 
 
 		 113 aa  107  5e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.110028  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1969  integration host factor subunit alpha  50.55 
 
 		 113 aa  106  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0019696  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0796  histone family protein DNA-binding protein  51.52 
 
 		 118 aa  104  4e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0942374 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0376  histone family protein DNA-binding protein  53.68 
 
 		 171 aa  104  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.611734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1886  integration host factor, alpha subunit  47.92 
 
 		 99 aa  103  8e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.067674 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1424  integration host factor, alpha subunit  50 
 
 		 93 aa  102  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000184784  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1146  integration host factor subunit alpha  46.74 
 
 		 99 aa  100  9e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0580836  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1888  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 93 aa  99.8  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000630839  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1417  histone-like DNA-binding protein  47.78 
 
 		 91 aa  100  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000053245  normal  0.466182 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0433  integration host factor subunit alpha  45.45 
 
 		 101 aa  99.4  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2622  histone family protein DNA-binding protein  45.65 
 
 		 92 aa  99.8  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.349381  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1521  integration host factor, alpha subunit  45.56 
 
 		 91 aa  99.4  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.43426  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3742  integration host factor, alpha subunit  50 
 
 		 100 aa  98.6  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.266099  normal  0.554438 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1583  integration host factor subunit alpha  46.32 
 
 		 101 aa  98.6  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1996  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 92 aa  97.1  7e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2224  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 92 aa  97.1  7e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000923552 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3032  integration host factor subunit alpha  51.65 
 
 		 100 aa  97.1  8e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.814183  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2471  integration host factor subunit alpha  46.74 
 
 		 100 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3219  integration host factor subunit alpha  46.74 
 
 		 100 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1973  integration host factor subunit alpha  46.74 
 
 		 100 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0364622 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3475  integration host factor subunit alpha  46.74 
 
 		 100 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981005  hitchhiker  0.00278356 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1731  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 		 98 aa  96.3  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.074622  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1456  integration host factor, alpha subunit  45.65 
 
 		 99 aa  96.7  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.405955  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2384  integration host factor, alpha subunit  46.74 
 
 		 100 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0917658  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2168  integration host factor subunit alpha  46.74 
 
 		 100 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.895191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1937  integration host factor subunit alpha  46.74 
 
 		 100 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0682795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2510  integration host factor subunit alpha  46.74 
 
 		 100 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1472  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 		 103 aa  95.5  2e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.213571  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1409  integration host factor subunit alpha  49.44 
 
 		 103 aa  95.5  2e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0010312  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28720  integration host factor subunit alpha  46.74 
 
 		 100 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000206678  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1327  integration host factor, alpha subunit  47.83 
 
 		 113 aa  95.1  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.125041  hitchhiker  0.0021642 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1897  integration host factor subunit alpha  44.92 
 
 		 134 aa  95.1  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1718  integration host factor subunit alpha  48 
 
 		 134 aa  94.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1661  integration host factor, alpha subunit  44.57 
 
 		 97 aa  94.7  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1741  integration host factor subunit alpha  48 
 
 		 134 aa  94.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.394996  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1982  integration host factor subunit alpha  46.74 
 
 		 100 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0219997  normal  0.264768 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2356  histone family protein DNA-binding protein  45.74 
 
 		 94 aa  94.7  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2237  integration host factor, alpha subunit  46.15 
 
 		 99 aa  94.4  5e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0376768 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2302  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 		 97 aa  94.4  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0969  integration host factor subunit alpha  48 
 
 		 134 aa  94.4  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1090  integration host factor subunit alpha  48 
 
 		 134 aa  94.4  5e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2608  integration host factor, alpha subunit  46.15 
 
 		 99 aa  94.4  5e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0197  integration host factor subunit alpha  48 
 
 		 134 aa  94.4  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.878199  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1533  integration host factor subunit alpha  48 
 
 		 134 aa  94.4  5e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.612274  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0846  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 		 98 aa  94.4  5e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000670658  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2108  integration host factor subunit alpha  42 
 
 		 111 aa  94  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.283165  normal  0.12287 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1997  integration host factor subunit alpha  48.89 
 
 		 100 aa  94  7e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000120885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1805  integration host factor, alpha subunit  46.67 
 
 		 102 aa  93.6  8e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1792  integration host factor subunit alpha  42.86 
 
 		 99 aa  93.2  9e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704445  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2589  integration host factor subunit alpha  48.45 
 
 		 134 aa  93.6  9e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1434  integration host factor subunit alpha  43.3 
 
 		 99 aa  92.8  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0289441 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1450  integration host factor subunit alpha  43.3 
 
 		 99 aa  92.8  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2006  integration host factor subunit alpha  43.3 
 
 		 99 aa  92.8  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.608113 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1834  integration host factor subunit alpha  43.3 
 
 		 99 aa  92.8  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.155105  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2055  integration host factor subunit alpha  43.62 
 
 		 100 aa  93.2  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.549761  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1467  integration host factor subunit alpha  43.3 
 
 		 99 aa  92.8  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1166  integration host factor subunit alpha  48.39 
 
 		 136 aa  93.2  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.516424  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>