27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1871 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1871  patatin  100 
 
 		 499 aa  993    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0785452 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1250  patatin  44.6 
 
 		 521 aa  274  2.0000000000000002e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3189  hypothetical protein  42.23 
 
 		 210 aa  138  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00130632 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5219  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.85 
 
 		 1150 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000490282  unclonable  0.0000721023 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.39 
 
 		 1152 aa  64.3  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000971365  normal  0.0494922 
 
 
-
 
NC_003296  RS05823  hypothetical protein  28.11 
 
 		 1150 aa  63.2  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.483181 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1816  hypothetical protein  26.28 
 
 		 1152 aa  60.8  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649165 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.08 
 
 		 786 aa  59.7  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521503  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0848  patatin  27.02 
 
 		 377 aa  58.5  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785224 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5074  Patatin  23.93 
 
 		 332 aa  50.8  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2164  patatin  28 
 
 		 398 aa  50.4  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.22699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1198  patatin  27.46 
 
 		 394 aa  50.1  0.00009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0901523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0335  patatin  47.69 
 
 		 377 aa  48.5  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172701 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0299  hypothetical protein  24.71 
 
 		 285 aa  48.5  0.0003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5113  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.81 
 
 		 1132 aa  48.5  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302627  hitchhiker  0.00736765 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2256  Patatin  27.81 
 
 		 295 aa  46.2  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0386  patatin  26.01 
 
 		 387 aa  45.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0408  Patatin  40.74 
 
 		 256 aa  45.4  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.129061  normal  0.273153 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1865  patatin  23.7 
 
 		 387 aa  45.8  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4052  patatin  35.14 
 
 		 375 aa  45.1  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1094  Patatin  27.75 
 
 		 381 aa  44.7  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.982413  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0074  Patatin  26.38 
 
 		 283 aa  44.7  0.004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1079  Patatin  35.21 
 
 		 251 aa  44.3  0.005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0128373  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3682  Patatin  27.54 
 
 		 357 aa  44.3  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1075  Patatin  42.31 
 
 		 378 aa  44.3  0.006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2802  Patatin  31.52 
 
 		 256 aa  43.5  0.009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3639  patatin  20.75 
 
 		 349 aa  43.5  0.01  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>