More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0195 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0195  arginine--tRNA ligase  100 
 
 		 598 aa  1222    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1605  arginyl-tRNA synthetase  75.81 
 
 		 620 aa  949    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2467  arginyl-tRNA synthetase  57.46 
 
 		 566 aa  646    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0465289  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09800  arginyl-tRNA synthetase  55.5 
 
 		 559 aa  633  1e-180  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0453043  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1052  arginyl-tRNA synthetase  54.89 
 
 		 560 aa  623  1e-177  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.473063 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1250  arginyl-tRNA synthetase  54.59 
 
 		 554 aa  616  1e-175  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0409478  normal  0.0986355 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1793  arginyl-tRNA synthetase  54.65 
 
 		 558 aa  616  1e-175  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.203439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11319  arginyl-tRNA synthetase  51.67 
 
 		 550 aa  582  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3653  arginyl-tRNA synthetase  49.83 
 
 		 554 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2296  arginyl-tRNA synthetase  50.17 
 
 		 550 aa  568  1e-161  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.847928 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1228  arginyl-tRNA synthetase  50.17 
 
 		 550 aa  566  1e-160  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1899  arginyl-tRNA synthetase  51.31 
 
 		 550 aa  565  1e-160  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4350  arginyl-tRNA synthetase  50.42 
 
 		 550 aa  565  1e-160  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301994 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3884  arginyl-tRNA synthetase  50.33 
 
 		 550 aa  561  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.103344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29980  arginyl-tRNA synthetase  49.42 
 
 		 551 aa  564  1.0000000000000001e-159  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.661681  normal  0.169962 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4035  arginyl-tRNA synthetase  49.17 
 
 		 554 aa  561  1e-158  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.205832  hitchhiker  0.00704959 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3898  arginyl-tRNA synthetase  50.17 
 
 		 550 aa  560  1e-158  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0879275  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3972  arginyl-tRNA synthetase  50.17 
 
 		 550 aa  560  1e-158  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4155  arginyl-tRNA synthetase  49.08 
 
 		 553 aa  553  1e-156  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.60572  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5548  arginyl-tRNA synthetase  47.51 
 
 		 550 aa  541  9.999999999999999e-153  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.598965  normal  0.0339829 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6158  arginyl-tRNA synthetase  46.99 
 
 		 550 aa  536  1e-151  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2092  arginyl-tRNA synthetase  50 
 
 		 551 aa  526  1e-148  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000567814  normal  0.0511831 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18400  arginyl-tRNA synthetase  46.58 
 
 		 547 aa  516  1.0000000000000001e-145  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.25654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1197  arginyl-tRNA synthetase  46.61 
 
 		 556 aa  516  1.0000000000000001e-145  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08000  arginyl-tRNA synthetase  47.41 
 
 		 556 aa  516  1.0000000000000001e-145  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00405045  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0628  arginyl-tRNA synthetase  44.82 
 
 		 562 aa  508  9.999999999999999e-143  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0559225  decreased coverage  0.00224273 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1742  arginyl-tRNA synthetase  46.63 
 
 		 522 aa  508  9.999999999999999e-143  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.599853  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2358  arginyl-tRNA synthetase  46.1 
 
 		 554 aa  503  1e-141  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000260389 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2625  arginyl-tRNA synthetase  45.54 
 
 		 554 aa  503  1e-141  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.657674  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1004  arginyl-tRNA synthetase  45.34 
 
 		 570 aa  501  1e-140  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3348  arginyl-tRNA synthetase  40.46 
 
 		 556 aa  422  1e-117  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000185624  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3457  arginyl-tRNA synthetase  41.46 
 
 		 557 aa  424  1e-117  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3878  arginyl-tRNA synthetase  40.33 
 
 		 556 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.542874  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0820  arginyl-tRNA synthetase  39.31 
 
 		 561 aa  412  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0474084  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0262  arginyl-tRNA synthetase  38.7 
 
 		 553 aa  412  1e-113  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5493  arginyl-tRNA synthetase  39.29 
 
 		 556 aa  409  1e-113  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5045  arginyl-tRNA synthetase  39.46 
 
 		 556 aa  410  1e-113  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5485  arginyl-tRNA synthetase  39.36 
 
 		 556 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5542  arginyl-tRNA synthetase  39.29 
 
 		 556 aa  409  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.051551  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5213  arginyl-tRNA synthetase  39.36 
 
 		 556 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5455  arginyl-tRNA synthetase  39.53 
 
 		 556 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5061  arginyl-tRNA synthetase  39.53 
 
 		 556 aa  409  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5158  arginyl-tRNA synthetase  39.53 
 
 		 556 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5611  arginyl-tRNA synthetase  39.36 
 
 		 556 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5465  arginyl-tRNA synthetase  39.7 
 
 		 556 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0648  arginyl-tRNA synthetase  39.1 
 
 		 559 aa  402  9.999999999999999e-111  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0541152  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0602  arginyl-tRNA synthetase  40.16 
 
 		 561 aa  399  9.999999999999999e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.154913  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0630  arginyl-tRNA synthetase  38.6 
 
 		 553 aa  398  1e-109  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0645  arginyl-tRNA synthetase  38.6 
 
 		 553 aa  398  1e-109  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4846  arginyl-tRNA synthetase  39.63 
 
 		 561 aa  395  1e-108  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000272186  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0529  arginyl-tRNA synthetase  37.5 
 
 		 614 aa  390  1e-107  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000661895 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1316  arginyl-tRNA synthetase  40.28 
 
 		 551 aa  388  1e-106  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.73633  normal  0.0144234 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02918  arginyl-tRNA synthetase  40.68 
 
 		 562 aa  388  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0280  arginyl-tRNA synthetase  38.93 
 
 		 562 aa  385  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0920432  normal  0.27324 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0742  arginyl-tRNA synthetase  39.57 
 
 		 554 aa  383  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000856279  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0263  arginyl-tRNA synthetase  39.76 
 
 		 586 aa  384  1e-105  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0052  arginyl-tRNA synthetase  38.07 
 
 		 570 aa  382  1e-104  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000995895  decreased coverage  0.000521306 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1944  arginyl-tRNA synthetase  38.66 
 
 		 575 aa  381  1e-104  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.567724  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0561  arginyl-tRNA synthetase  38.7 
 
 		 559 aa  380  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.433886 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0247  arginyl-tRNA synthetase  38.37 
 
 		 587 aa  375  1e-103  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0358001  normal  0.157381 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0109  arginyl-tRNA synthetase  38.4 
 
 		 562 aa  375  1e-103  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0124  arginyl-tRNA synthetase  38.23 
 
 		 562 aa  375  1e-102  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1935  arginyl-tRNA synthetase  37.23 
 
 		 564 aa  373  1e-102  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000950947  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2283  arginyl-tRNA synthetase  37.67 
 
 		 554 aa  372  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.263992  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01700  arginyl-tRNA synthetase  36.59 
 
 		 583 aa  373  1e-102  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000411406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2673  arginyl-tRNA synthetase  37.56 
 
 		 556 aa  374  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1940  arginyl-tRNA synthetase  38.01 
 
 		 554 aa  374  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0198  arginyl-tRNA synthetase  37.58 
 
 		 592 aa  371  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06570  arginyl-tRNA synthetase  37.56 
 
 		 575 aa  371  1e-101  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.645664 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1137  arginyl-tRNA synthetase  37.02 
 
 		 564 aa  371  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0701665  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2295  arginyl-tRNA synthetase  38.93 
 
 		 551 aa  365  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3183  arginyl-tRNA synthetase  38.26 
 
 		 561 aa  367  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000169325  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2416  arginyl-tRNA synthetase  39.48 
 
 		 584 aa  366  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.615558  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1814  arginyl-tRNA synthetase  39.2 
 
 		 551 aa  367  1e-100  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.679896  normal  0.951448 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1946  arginyl-tRNA synthetase  37.04 
 
 		 609 aa  365  1e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2239  arginyl-tRNA synthetase  37.21 
 
 		 609 aa  365  1e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.183357 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1659  arginyl-tRNA synthetase  39.79 
 
 		 543 aa  365  2e-99  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.826444  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1812  arginyl-tRNA synthetase  37.26 
 
 		 568 aa  364  3e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246046  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1607  arginyl-tRNA synthetase  38.36 
 
 		 551 aa  364  3e-99  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.113173  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2410  arginyl-tRNA synthetase  38.53 
 
 		 560 aa  363  5.0000000000000005e-99  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000917803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2421  arginyl-tRNA synthetase  36.56 
 
 		 559 aa  361  2e-98  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0639128  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0410  arginyl-tRNA synthetase  38.45 
 
 		 594 aa  360  4e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.987717  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0430  arginyl-tRNA synthetase  38.45 
 
 		 594 aa  360  4e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2114  arginyl-tRNA synthetase  38.27 
 
 		 588 aa  360  5e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3089  arginyl-tRNA synthetase  38.28 
 
 		 586 aa  359  6e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.191401  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3215  arginyl-tRNA synthetase  37.48 
 
 		 556 aa  360  6e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2013  arginyl-tRNA synthetase  34.46 
 
 		 589 aa  359  7e-98  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0294  arginyl-tRNA synthetase  36.15 
 
 		 609 aa  358  1.9999999999999998e-97  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1997  arginyl-tRNA synthetase  38.29 
 
 		 594 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0084  arginyl-tRNA synthetase  38.29 
 
 		 594 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.72933  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2008  arginyl-tRNA synthetase  34.94 
 
 		 589 aa  357  2.9999999999999997e-97  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0592  arginyl-tRNA synthetase  38.29 
 
 		 594 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.597736  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3099  arginyl-tRNA synthetase  38.29 
 
 		 594 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2304  arginyl-tRNA synthetase  36.63 
 
 		 561 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0307018  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2291  arginyl-tRNA synthetase  38.29 
 
 		 594 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0188  arginyl-tRNA synthetase  38.13 
 
 		 594 aa  357  5e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.826253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0050  arginyl-tRNA synthetase  37.17 
 
 		 564 aa  356  5.999999999999999e-97  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.302748  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2181  arginyl-tRNA synthetase  37.33 
 
 		 563 aa  356  6.999999999999999e-97  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.264732  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0355  arginyl-tRNA synthetase  37.82 
 
 		 594 aa  355  1e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0704  arginyl-tRNA synthetase  36.1 
 
 		 575 aa  353  5e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281403 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>