28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2450 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2450  tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  100 
 
 		 150 aa  300  3.0000000000000004e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1767  Tetratricopeptide TPR_4  94.67 
 
 		 150 aa  285  1e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00416182 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2155  TPR repeat-containing protein  48.98 
 
 		 147 aa  154  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000155032  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1585  tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  55.03 
 
 		 150 aa  144  6e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0728  TPR repeat-containing protein  40.29 
 
 		 147 aa  110  7.000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00492584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2945  hypothetical protein  42.34 
 
 		 147 aa  107  5e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000103456  hitchhiker  0.00885992 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0702  TPR repeat-containing protein  40.29 
 
 		 159 aa  107  8.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.452088  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1057  hypothetical protein  38.81 
 
 		 134 aa  104  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.572849  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0931  hypothetical protein  38.1 
 
 		 147 aa  102  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.411142  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0576  hypothetical protein  35.37 
 
 		 147 aa  95.5  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1411  Dihydrofolate reductase  37.06 
 
 		 306 aa  89.7  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000149982 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0701  hypothetical protein  35.04 
 
 		 147 aa  89.7  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2799  dihydrofolate reductase region  36.36 
 
 		 306 aa  86.3  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0621  TPR repeat-containing protein  34.56 
 
 		 164 aa  79  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.20092e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0607  TPR repeat-containing protein  33.09 
 
 		 164 aa  77  0.00000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1481  TPR repeat-containing protein  32.58 
 
 		 179 aa  57.8  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0771879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2386  TPR repeat-containing protein  30.3 
 
 		 259 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.114848  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  33.02 
 
 		 725 aa  47.4  0.00006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24191  hypothetical protein  31.91 
 
 		 545 aa  46.2  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  39.39 
 
 		 594 aa  46.6  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  37.88 
 
 		 1676 aa  45.8  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23981  hypothetical protein  28.26 
 
 		 587 aa  45.8  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1573  Tetratricopeptide domain protein  31.43 
 
 		 278 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.845234  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02811  hypothetical protein  34.85 
 
 		 837 aa  43.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.370164 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1478  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.71 
 
 		 271 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0671338  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1550  TPR repeat-containing protein  30 
 
 		 562 aa  42  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.119519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4040  TPR domain-containing protein  33.33 
 
 		 540 aa  41.2  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.186285 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20571  SAM-binding motif-containing protein  30.67 
 
 		 780 aa  40.4  0.009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.183834 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>