42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0694 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3278  hypothetical protein  55.57 
 
 		 966 aa  716    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0694  conserved repeat domain protein  100 
 
 		 848 aa  1699    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0143238  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3227  hypothetical protein  55.72 
 
 		 996 aa  739    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.640032  normal  0.507723 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0581  conserved repeat domain protein  42.82 
 
 		 880 aa  655    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0366  chromosome segregation ATPase-like protein  62.31 
 
 		 1030 aa  756    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.641713  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0705  conserved repeat domain protein  97.33 
 
 		 847 aa  1076    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.63202e-21 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1012  hypothetical protein  32.46 
 
 		 432 aa  99  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.217202  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  40 
 
 		 258 aa  58.2  0.0000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  40 
 
 		 258 aa  58.2  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0623  signal recognition particle-docking protein FtsY  34.75 
 
 		 453 aa  57.4  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2799  conserved repeat domain protein  26.29 
 
 		 898 aa  56.2  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.581071  normal  0.278482 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  38.33 
 
 		 269 aa  55.8  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  38.33 
 
 		 272 aa  53.5  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  37.1 
 
 		 269 aa  52.4  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  37.1 
 
 		 269 aa  52.4  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  37.1 
 
 		 269 aa  52.4  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3980  signal recognition particle-docking protein FtsY  38.61 
 
 		 643 aa  52  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00176908  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  37.29 
 
 		 262 aa  50.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  37.29 
 
 		 262 aa  50.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  37.29 
 
 		 262 aa  50.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  37.29 
 
 		 262 aa  50.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  37.29 
 
 		 262 aa  50.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  37.29 
 
 		 264 aa  50.1  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0936  hypothetical protein  44.92 
 
 		 801 aa  49.3  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0857  glycosyl hydrolase  32.38 
 
 		 2821 aa  49.3  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2383  TPR domain-containing protein  32.35 
 
 		 245 aa  48.5  0.0006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.28487e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5066  hypothetical protein  32.14 
 
 		 807 aa  47  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.493331  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  35.48 
 
 		 266 aa  47.8  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  39.13 
 
 		 263 aa  46.6  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  39.13 
 
 		 263 aa  46.6  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  39.13 
 
 		 263 aa  46.6  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  39.13 
 
 		 263 aa  46.6  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  39.13 
 
 		 263 aa  46.6  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  39.13 
 
 		 263 aa  46.6  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5328  phage minor structural protein  29.27 
 
 		 2196 aa  46.6  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  39.13 
 
 		 263 aa  46.6  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  39.13 
 
 		 263 aa  46.6  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  24.8 
 
 		 304 aa  47  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  39.13 
 
 		 263 aa  47  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2719  conserved repeat domain protein  29.55 
 
 		 435 aa  45.1  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1354  Sporulation domain protein  23.71 
 
 		 409 aa  45.1  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.89794e-26 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1954  hypothetical protein  38.3 
 
 		 517 aa  44.7  0.008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.960644  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>