90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0027 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0027  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  100 
 
 		 336 aa  696    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0026  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  96.73 
 
 		 336 aa  678    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0146  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  67.66 
 
 		 334 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3586  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  67.66 
 
 		 334 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3430  heterodisulfide reductase, iron-sulfur binding subunit, putative  66.17 
 
 		 342 aa  475  1e-133  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0087  heterodisulfide reductase, iron-sulfur binding subunit, putative  66.47 
 
 		 334 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.941895  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0867  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  60.48 
 
 		 334 aa  442  1e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1112  hydrogenase/sulfur reductase, beta subunit  43.7 
 
 		 337 aa  285  5.999999999999999e-76  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.338031 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1032  hydrogenase/sulfur reductase, beta subunit  40.12 
 
 		 337 aa  271  1e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.203704  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1197  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  42.86 
 
 		 337 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1303  hydrogenase/sulfur reductase, beta subunit  40.71 
 
 		 337 aa  266  4e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1257  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  40.12 
 
 		 337 aa  263  2e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1280  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.05 
 
 		 343 aa  242  7e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.73743 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0140  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  36.76 
 
 		 334 aa  242  7.999999999999999e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0147  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  36.76 
 
 		 334 aa  242  7.999999999999999e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1330  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.47 
 
 		 344 aa  232  8.000000000000001e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0568  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  36.76 
 
 		 342 aa  227  2e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0815  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  35.76 
 
 		 333 aa  225  1e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00070784 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2312  iron-sulfur binding protein  38.11 
 
 		 349 aa  220  3e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0193  iron-sulfur binding protein  38.11 
 
 		 349 aa  220  3e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1356  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.06 
 
 		 346 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.128683  normal  0.36604 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17800  4Fe-4S protein  33.53 
 
 		 341 aa  211  1e-53  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1212  hydrogenase, putative  34.8 
 
 		 359 aa  211  2e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2102  hydrogenase, putative  34.17 
 
 		 357 aa  204  2e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0303976  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0401  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  32.23 
 
 		 339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0326  hydrogenase, putative  34.86 
 
 		 363 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.384947 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0830  hydrogenase, putative  34.01 
 
 		 359 aa  196  7e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1971  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  38.91 
 
 		 350 aa  195  1e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0853  hydrogenase, putative  34.41 
 
 		 342 aa  188  1e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2659  putative anaerobic sulfite reductase, A subunit  30.17 
 
 		 359 aa  187  3e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0525885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3529  hydrogenase, putative  36.24 
 
 		 362 aa  181  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1971  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  36.22 
 
 		 325 aa  161  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2246  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.81 
 
 		 325 aa  160  3e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0083  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.4 
 
 		 339 aa  157  2e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.249908  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0503  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  30.49 
 
 		 386 aa  158  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.213945  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04360  Soluble hydrogenase, alpha or beta chain  29.86 
 
 		 382 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.157479  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2586  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  27.35 
 
 		 379 aa  151  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0912  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  33.22 
 
 		 329 aa  150  3e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.974369  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2664  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  26.98 
 
 		 391 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1253  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein  30.31 
 
 		 345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0881  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.57 
 
 		 349 aa  146  4.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274237 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1170  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  29.39 
 
 		 340 aa  146  5e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0381801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1125  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.71 
 
 		 327 aa  144  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2390  hypothetical protein  28.3 
 
 		 379 aa  142  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3482  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.2 
 
 		 352 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0532647 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3430  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.2 
 
 		 352 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.259101  normal  0.252658 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3419  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  28.2 
 
 		 352 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1134  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  28.65 
 
 		 375 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0260075  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1861  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  29.18 
 
 		 356 aa  136  5e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.292424  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2535  hypothetical protein  27.47 
 
 		 379 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2602  Ni/Fe hydrogenase beta subunit  27.87 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2798  putative anaerobic sulfite reductase, A subunit  29.91 
 
 		 360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2789  putative anaerobic sulfite reductase, A subunit  29.91 
 
 		 360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3471  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  32.62 
 
 		 370 aa  134  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.495148 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4823  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  28.69 
 
 		 357 aa  133  5e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1260  hypothetical protein  32.82 
 
 		 373 aa  133  5e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.62411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1926  hydrogenase/sulfur reductase, beta subunit  25.5 
 
 		 359 aa  132  1.0000000000000001e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2166  hydrogenase/sulfur reductase, beta subunit  25.42 
 
 		 359 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4500  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  32.47 
 
 		 395 aa  129  8.000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1015  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.18 
 
 		 389 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00582823 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2094  hydrogenase/sulfur reductase, beta subunit  25.57 
 
 		 359 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2496  hydrogenase/sulfur reductase, beta subunit  25.14 
 
 		 359 aa  126  6e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2129  hydrogenase/sulfur reductase, beta subunit  26.21 
 
 		 359 aa  125  7e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.33959  hitchhiker  0.00742423 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0940  [NiFe] hydrogenase, beta subunit, putative  25.99 
 
 		 368 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1058  hypothetical protein  25.99 
 
 		 368 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.637836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1427  sulfite reductase, iron-sulfur subunit  25.29 
 
 		 338 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.131604  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1693  sulfite reductase, iron-sulfur subunit  25.57 
 
 		 338 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.060829  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1566  hydrogenase/sulfur reductase, beta subunit  25.93 
 
 		 359 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0555  sulfite reductase, subunit A  26.52 
 
 		 341 aa  118  9.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1601  sulfite reductase, subunit A  25.73 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1789  anaerobic sulfite reductase, A subunit  23.6 
 
 		 343 aa  110  3e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0801796  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0285  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.79 
 
 		 349 aa  109  6e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2810  sulfite reductase subunit A  26.69 
 
 		 347 aa  93.2  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2748  sulfite reductase subunit A  26.12 
 
 		 347 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2923  sulfite reductase, subunit A  26.4 
 
 		 347 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2703  sulfite reductase, subunit A  26.4 
 
 		 347 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.15911  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2789  sulfite reductase subunit A  26.12 
 
 		 347 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.427719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0567  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.73 
 
 		 328 aa  50.1  0.00005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2273  putative pyruvate oxidoreductase  30.17 
 
 		 1197 aa  47.4  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3528  hydrogenase, iron-sulfur cluster-binding subunit, putative  27.98 
 
 		 320 aa  47  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2101  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  25.15 
 
 		 482 aa  47  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.212274  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1972  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.66 
 
 		 316 aa  45.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0769  pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase family protein  31.53 
 
 		 1188 aa  43.9  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2346  Formate dehydrogenase  27.62 
 
 		 380 aa  44.3  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0566  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.37 
 
 		 438 aa  43.5  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.742352  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1763  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding:FAD linked oxidase, C-terminal:FAD linked oxidase, N-terminal  25.3 
 
 		 923 aa  43.1  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.575647  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01205  prefoldin subunit 5, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G10740)  30.77 
 
 		 173 aa  43.5  0.006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0207761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2146  hypothetical protein  30 
 
 		 441 aa  42.7  0.008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2987  pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase domain protein  25.18 
 
 		 1217 aa  42.7  0.009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.105642 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0665  pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase family protein  29 
 
 		 1186 aa  42.7  0.009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>