139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0024 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0024  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  100 
 
 
107 aa  218  9.999999999999999e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2503  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  78.3 
 
 
109 aa  174  3e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0118079  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3378  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  76.42 
 
 
109 aa  171  2.9999999999999996e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3432  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  66.98 
 
 
107 aa  158  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.328509  normal  0.0986406 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1194  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  63.21 
 
 
107 aa  148  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.300764 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1185  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  57.55 
 
 
106 aa  131  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.660905 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2247  PemK family protein  60.67 
 
 
109 aa  129  9e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.191111  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2470  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  51.43 
 
 
107 aa  127  7.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2605  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  56.73 
 
 
109 aa  125  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5455  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  51.89 
 
 
107 aa  117  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.724766  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2437  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  53.93 
 
 
107 aa  116  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6740  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  50.48 
 
 
106 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1876  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  46.73 
 
 
109 aa  103  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0041  mRNA endonuclease-like protein PemK  42.72 
 
 
105 aa  97.1  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0352  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  45.83 
 
 
97 aa  83.2  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013518  Sterm_4177  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  36.79 
 
 
107 aa  77.4  0.00000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.150234  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0033  PemK-like protein  42.05 
 
 
110 aa  75.1  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2699  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  40.71 
 
 
116 aa  72.4  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0038479  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0402  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  34.91 
 
 
107 aa  72.4  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1901  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  44.55 
 
 
147 aa  71.2  0.000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00690873  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0966  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  43.69 
 
 
116 aa  70.1  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0906  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  38.94 
 
 
133 aa  67.4  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000297621  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3399  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  37.84 
 
 
117 aa  66.6  0.0000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.398521  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2165  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  40.78 
 
 
116 aa  66.6  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000312533  decreased coverage  0.0000125897 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2894  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  40.78 
 
 
116 aa  66.2  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.219474  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0291  PemK family protein  42.57 
 
 
117 aa  65.5  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1483  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  38.39 
 
 
118 aa  65.1  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2924  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  37.17 
 
 
116 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.13253  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3743  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  38.46 
 
 
116 aa  64.3  0.0000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000296135  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0286  PemK family protein  41.58 
 
 
117 aa  63.9  0.0000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.2389  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1191  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  37.84 
 
 
118 aa  62.8  0.000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.325689  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1093  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  39.81 
 
 
116 aa  62.8  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1718  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  36.84 
 
 
118 aa  62.4  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.341117  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0212  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  39.81 
 
 
116 aa  62.8  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.200733  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01740  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  41.75 
 
 
116 aa  62  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4624  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  32.35 
 
 
116 aa  61.2  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0274  PemK family transcriptional regulator  41.76 
 
 
116 aa  60.1  0.000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0240  PemK family transcriptional regulator  41.76 
 
 
116 aa  60.1  0.000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0226  pemK-like protein  41.76 
 
 
116 aa  60.1  0.000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0228  pemK-like protein  41.76 
 
 
116 aa  60.1  0.000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0254  PemK family transcriptional regulator  41.76 
 
 
116 aa  60.1  0.000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.725358  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0240  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  41.76 
 
 
116 aa  60.1  0.000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0288  transcriptional regulator, PemK family  41.76 
 
 
116 aa  60.1  0.000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0266  transcriptional regulator, PemK family  41.76 
 
 
116 aa  60.1  0.000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0232  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  41.76 
 
 
116 aa  60.1  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5124  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  36.45 
 
 
108 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.067207 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0269  transcriptional regulator, PemK family  41.76 
 
 
116 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.76825  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5056  transcriptional regulator, PemK family  41.76 
 
 
116 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.213232  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0974  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  32.41 
 
 
116 aa  59.3  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.836231  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2715  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  35.4 
 
 
119 aa  59.3  0.00000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.0883325 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0256  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  37.86 
 
 
124 aa  59.3  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000117261  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0359  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  40.66 
 
 
116 aa  58.9  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3086  toxin ChpA  32.18 
 
 
111 aa  58.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109045  n/a   
 
 
-
 
NC_011723  PCC8801_4547  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  42.35 
 
 
112 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  normal  normal  0.653702 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1348  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  36.89 
 
 
116 aa  58.9  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000815798  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02627  toxin of the ChpA-ChpR toxin-antitoxin system, endoribonuclease  32.18 
 
 
111 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000370759  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0906  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  32.18 
 
 
111 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000283509  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1228  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  34.58 
 
 
114 aa  58.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2926  toxin ChpA  32.18 
 
 
111 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000398718  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0930  toxin ChpA  32.18 
 
 
103 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000206991  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2920  toxin ChpA  32.18 
 
 
111 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000686349  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02589  hypothetical protein  32.18 
 
 
111 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000056084  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4042  toxin ChpA  32.18 
 
 
111 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000388483  normal  0.446754 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1199  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  34.58 
 
 
114 aa  58.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2105  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  35.19 
 
 
120 aa  58.2  0.00000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2143  PemK family protein  35.19 
 
 
120 aa  58.2  0.00000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4955  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  36.84 
 
 
118 aa  58.2  0.00000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5889  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  36.79 
 
 
119 aa  57.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000397508 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3091  toxin ChpA  33.33 
 
 
111 aa  57.4  0.00000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00144272  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1640  toxin-antitoxin addiction module toxin component MazF (an endoRNAse)  43.68 
 
 
118 aa  56.2  0.0000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0998854  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0309  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  34.95 
 
 
116 aa  56.6  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1681  PemK family transcriptional regulator  36.96 
 
 
120 aa  55.8  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2436  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  34.62 
 
 
128 aa  55.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3598  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  34.58 
 
 
108 aa  55.1  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1021  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  35.06 
 
 
115 aa  54.7  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000310459  unclonable  0.00000000357935 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2435  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  37.5 
 
 
113 aa  54.3  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.250291  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4757  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  29.9 
 
 
115 aa  52.8  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.424428  normal  0.0249219 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2866  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  33.64 
 
 
120 aa  53.1  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.134272  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1971  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  30.61 
 
 
114 aa  53.1  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011723  PCC8801_4535  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  36.17 
 
 
102 aa  53.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  normal  0.0469599  normal  0.805558 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3250  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  30.77 
 
 
123 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.493991  normal  0.819791 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2067  toxin ChpA  32.18 
 
 
108 aa  52.4  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0346  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  37.39 
 
 
199 aa  52.4  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3202  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  34 
 
 
119 aa  52.4  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1319  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  31.3 
 
 
117 aa  52  0.000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00212253  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0745  growth inhibitor, PemK-like protein  36.56 
 
 
110 aa  52  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1811  toxin-antitoxin addiction module toxin component MazF (an endoRNAse)  39.53 
 
 
121 aa  52  0.000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0166728  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3898  toxin ChpA  29.41 
 
 
110 aa  52  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.363948  normal  0.172464 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01482  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  35.62 
 
 
112 aa  50.8  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1707  toxin-antitoxin addiction module toxin component MazF (an endoRNAse)  28.3 
 
 
113 aa  50.8  0.000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000119812 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0890  toxin ChpB  36.94 
 
 
115 aa  50.4  0.000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21830  growth inhibitor  31.07 
 
 
110 aa  49.7  0.00001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000000451152  normal  0.350233 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2646  MazE/toxin transcriptional modulator MazF  33.64 
 
 
114 aa  50.1  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0795384  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4224  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  40.74 
 
 
120 aa  48.9  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2490  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  25 
 
 
109 aa  49.3  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2312  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  32.99 
 
 
117 aa  48.9  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1568  PemK-like protein  34.78 
 
 
112 aa  48.5  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4159  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  32.05 
 
 
115 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.445345 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1107  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  29.17 
 
 
113 aa  48.5  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0785  transcriptional modulator of MazE/toxin, MazF  28.3 
 
 
123 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0655537 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>