72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6546 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6546  ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 		 335 aa  681    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.280995 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0736  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  68.17 
 
 		 346 aa  480  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7929  ABC transporter substrate binding protein  67.07 
 
 		 335 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221602  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0465  ABC transporter substrate-binding protein  56.34 
 
 		 342 aa  387  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0160657 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4507  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  29.15 
 
 		 326 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5147  extracellular solute-binding protein family 3  31.86 
 
 		 326 aa  72.8  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0576524  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16940  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  25.98 
 
 		 321 aa  68.2  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0876467  normal  0.275445 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2952  NMT1/THI5 like domain protein  25.97 
 
 		 318 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2838  twin-arginine translocation pathway signal  24.81 
 
 		 318 aa  67  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.884222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1032  putative aliphatic sulfonate binding protein precursor  23.66 
 
 		 327 aa  63.2  0.000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0167  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23.31 
 
 		 385 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1239  ABC-type nitrate/nitrite transport system substrate-binding protein  27.98 
 
 		 443 aa  61.6  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2131  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  23.64 
 
 		 319 aa  60.8  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.603164  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0409  putative substrate-binding protein of aliphatic sulfonate ABC transporter  24.56 
 
 		 348 aa  59.7  0.00000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.830213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1260  NMT1/THI5 like domain protein  24.23 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.807933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0665  nitrate-binding protein NrtA precursor, periplasmic  22.97 
 
 		 475 aa  57  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0120522  decreased coverage  0.00176089 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4569  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.69 
 
 		 316 aa  56.6  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1212  NMT1/THI5 like domain protein  26.34 
 
 		 326 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0153956  normal  0.631224 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2205  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  21.19 
 
 		 332 aa  55.5  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.142056  normal  0.465742 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4572  nitrate transport protein  30.26 
 
 		 442 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0520  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  20.71 
 
 		 323 aa  54.3  0.000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0396  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.77 
 
 		 315 aa  53.9  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.685181 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4459  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  26.97 
 
 		 444 aa  52.8  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.714854  normal  0.563168 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2802  NLPA lipoprotein  21.58 
 
 		 327 aa  52.8  0.000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000138117  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1423  extracellular solute-binding protein family 3  25.85 
 
 		 326 aa  52.8  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1262  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.85 
 
 		 326 aa  52.8  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.302787 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4396  nitrate transport protein  26.97 
 
 		 444 aa  52.8  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  25.63 
 
 		 334 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  25.63 
 
 		 334 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2504  nitrate-binding protein nrtA precursor, periplasmic  26.63 
 
 		 450 aa  52  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3501  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  23 
 
 		 347 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00652225  normal  0.464247 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3868  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  23.55 
 
 		 320 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.535808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4678  ABC-type bicarbonate transport system substrate-binding protein  24.81 
 
 		 452 aa  51.2  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3147  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.02 
 
 		 344 aa  51.2  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0085  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  21.14 
 
 		 350 aa  50.8  0.00003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1035  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  27.75 
 
 		 349 aa  51.2  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4470  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  27.2 
 
 		 437 aa  50.1  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.214365 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3749  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  23.18 
 
 		 321 aa  49.7  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3521  bicarbonate transport system substrate-binding protein  24.84 
 
 		 457 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2596  ABC transporter substrate binding protein (nitrate)  24.84 
 
 		 457 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1735  twin-arginine translocation pathway signal  25.31 
 
 		 319 aa  48.5  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2206  putative nitrate transporter component, NrtA  25 
 
 		 457 aa  48.9  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6461  nitrate ABC transporter, substrate-binding protein  26.4 
 
 		 437 aa  48.5  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.325074 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3806  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  22.75 
 
 		 321 aa  47.4  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0830  twin-arginine translocation pathway signal  24.43 
 
 		 425 aa  47.8  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3527  nitrate transport protein  28.57 
 
 		 442 aa  47  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.54237 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4052  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.61 
 
 		 354 aa  47  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.577447 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2820  nitrate transporter  24.7 
 
 		 397 aa  46.6  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.571583  normal  0.694753 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1488  membrane protein  31.43 
 
 		 450 aa  46.2  0.0007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.976236 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3890  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  23.61 
 
 		 321 aa  46.2  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1849  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.18 
 
 		 343 aa  45.8  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 340 aa  45.4  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1981  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  25.83 
 
 		 335 aa  45.4  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0169392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2336  NO3-/NO2-ABC transporter  26.52 
 
 		 407 aa  45.8  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1760  twin-arginine translocation pathway signal  23.5 
 
 		 434 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  0.0152873 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1047  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  23.63 
 
 		 385 aa  45.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817619  normal  0.872745 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1973  NLPA lipoprotein  26.23 
 
 		 335 aa  44.7  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000524772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1958  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.18 
 
 		 343 aa  44.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3337  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.67 
 
 		 326 aa  44.3  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.181277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2972  nitrate transporter component, nrtA  34.09 
 
 		 402 aa  44.3  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1297  putative substrate-binding protein of aliphatic sulfonate ABC transporter  19.7 
 
 		 357 aa  44.3  0.003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5012  twin-arginine translocation pathway signal  28.75 
 
 		 430 aa  44.3  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9276  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  25.36 
 
 		 355 aa  43.9  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2789  NLPA lipoprotein  22.91 
 
 		 360 aa  44.3  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0341  putative sulfonate transport system substrate-binding protein  32.88 
 
 		 323 aa  43.9  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2817  ABC transporter nitrate-binding protein (nrtA)  22.6 
 
 		 438 aa  43.9  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2774  ABC transporter substrate-binding protein  28.62 
 
 		 373 aa  43.1  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1820  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.19 
 
 		 327 aa  43.5  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.246405 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4959  twin-arginine translocation pathway signal  28.75 
 
 		 430 aa  43.1  0.007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  0.0837383 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4496  twin-arginine translocation pathway signal  28.75 
 
 		 430 aa  43.1  0.007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1234  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  23.01 
 
 		 352 aa  42.7  0.009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5617  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system periplasmic component  24.51 
 
 		 368 aa  42.4  0.01  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.415554 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>