38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6253 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6253  MFS permease  100 
 
 		 402 aa  775    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.244233  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6620  major facilitator superfamily MFS_1  52.96 
 
 		 399 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.397819  normal  0.21382 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5677  major facilitator superfamily MFS_1  53.37 
 
 		 407 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.813519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4655  major facilitator transporter  55.42 
 
 		 403 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.347673  normal  0.129123 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0897  major facilitator superfamily MFS_1  44.08 
 
 		 403 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.521313 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0783  major facilitator superfamily MFS_1  43.94 
 
 		 403 aa  300  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374247  normal  0.125612 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1339  major facilitator superfamily sugar efflux pump  25.36 
 
 		 456 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0241988 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1163  major facilitator transporter  24.29 
 
 		 415 aa  76.3  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.235509 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5278  major facilitator superfamily MFS_1  24.82 
 
 		 444 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.804388  normal  0.835878 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0194  major facilitator transporter  26.95 
 
 		 405 aa  72  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2537  major facilitator superfamily MFS_1  25.31 
 
 		 411 aa  64.3  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.224335  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4014  sugar efflux transporter C  22.52 
 
 		 394 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0046  sugar efflux transporter  22.52 
 
 		 394 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4174  major facilitator transporter  23.75 
 
 		 433 aa  54.7  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03484  hypothetical protein  22.52 
 
 		 394 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3871  sugar efflux transporter C  22.52 
 
 		 394 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4166  sugar efflux transporter C  22.52 
 
 		 394 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0041  sugar efflux transporter  22.52 
 
 		 394 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03542  predicted sugar efflux system  22.52 
 
 		 394 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3539  sugar efflux transporter  24.86 
 
 		 393 aa  52.4  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2940  sugar efflux transporter A  24.86 
 
 		 393 aa  51.2  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3409  sugar efflux transporter A  24.86 
 
 		 393 aa  51.2  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3289  major facilitator transporter  24.2 
 
 		 431 aa  50.4  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4876  major facilitator transporter  24.2 
 
 		 431 aa  50.4  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4114  sugar efflux transporter C  22.61 
 
 		 344 aa  50.4  0.00006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.741083  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6328  major facilitator transporter  23.74 
 
 		 431 aa  49.7  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.769672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0713  major facilitator transporter  22.67 
 
 		 404 aa  47.8  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000944208  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0697  major facilitator transporter  22.67 
 
 		 404 aa  47.8  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3834  sugar efflux transporter  23.83 
 
 		 371 aa  47.8  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3234  sugar efflux transporter  25 
 
 		 409 aa  47  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000446244 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6028  major facilitator transporter  22.98 
 
 		 431 aa  46.2  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.320097  normal  0.669923 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2764  sugar efflux transporter  22.85 
 
 		 393 aa  45.4  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.846637  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1488  sugar efflux transporter  21.75 
 
 		 393 aa  44.3  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116753  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0329  sugar efflux transporter, putative  21.49 
 
 		 402 aa  43.9  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1651  sugar efflux transporter  24.43 
 
 		 392 aa  43.9  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0566929  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1922  sugar efflux transporter  24.43 
 
 		 392 aa  43.5  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0164772  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0740  sugar efflux transporter  26.4 
 
 		 399 aa  43.1  0.008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.797465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3590  putative MFS metabolite transporter  27.97 
 
 		 383 aa  43.1  0.01  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>