More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_1932 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_1932  30S ribosomal protein S8  100 
 
 
130 aa  261  3e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.64721  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2980  30S ribosomal protein S8  86.15 
 
 
132 aa  231  3e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2674  30S ribosomal protein S8  75.38 
 
 
132 aa  206  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.169773  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1339  30S ribosomal protein S8  65.38 
 
 
131 aa  173  8e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.150246 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2750  ribosomal protein S8  64.62 
 
 
132 aa  171  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0659049  normal  0.320849 
 
 
-
 
NC_004310  BR1219  30S ribosomal protein S8  63.08 
 
 
132 aa  170  5e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1182  30S ribosomal protein S8  63.08 
 
 
132 aa  170  5e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.358375  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1263  30S ribosomal protein S8  64.89 
 
 
131 aa  170  5e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.476198  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1368  30S ribosomal protein S8  63.08 
 
 
132 aa  167  3e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.380373  normal  0.0838424 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2520  30S ribosomal protein S8  63.85 
 
 
132 aa  167  4e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1970  30S ribosomal protein S8  61.54 
 
 
132 aa  167  4e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00042719  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2150  ribosomal protein S8  63.85 
 
 
131 aa  167  5e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1729  30S ribosomal protein S8  63.85 
 
 
132 aa  166  8e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0813826  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0375  30S ribosomal protein S8  63.85 
 
 
132 aa  166  8e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0773  30S ribosomal protein S8  63.85 
 
 
132 aa  166  9e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.590694  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0566  30S ribosomal protein S8  62.31 
 
 
132 aa  166  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1000  30S ribosomal protein S8  62.31 
 
 
132 aa  166  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.361404  normal  0.0173239 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3653  30S ribosomal protein S8  62.5 
 
 
132 aa  165  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1559  30S ribosomal protein S8  61.72 
 
 
132 aa  165  2e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2465  ribosomal protein S8  63.08 
 
 
131 aa  165  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.20418  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2187  ribosomal protein S8  63.08 
 
 
131 aa  165  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.966556  normal  0.921197 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1855  30S ribosomal protein S8  62.31 
 
 
132 aa  164  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236028  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1378  30S ribosomal protein S8  62.5 
 
 
132 aa  164  2.9999999999999998e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62644  normal  0.800261 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2804  30S ribosomal protein S8  62.12 
 
 
134 aa  164  5e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.804499  normal  0.451487 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3434  30S ribosomal protein S8  60.94 
 
 
132 aa  163  8e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.133502  normal  0.350498 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2204  ribosomal protein S8  63.08 
 
 
131 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.184093  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0339  ribosomal protein S8  60.77 
 
 
131 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1444  30S ribosomal protein S8  60.77 
 
 
132 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.18582 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1628  30S ribosomal protein S8  63.08 
 
 
132 aa  162  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.569201  normal  0.282916 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1346  30S ribosomal protein S8  60.77 
 
 
132 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.000055965  normal  0.0735318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1922  ribosomal protein S8  60 
 
 
131 aa  160  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.688198  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2309  30S ribosomal protein S8  60.94 
 
 
132 aa  160  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0143917  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3170  30S ribosomal protein S8  60.94 
 
 
132 aa  160  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.623127  normal  0.454242 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0268  30S ribosomal protein S8  60.77 
 
 
130 aa  160  4.0000000000000004e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0501606  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4784  30S ribosomal protein S8  59.23 
 
 
132 aa  160  6e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00859793  hitchhiker  0.0000000067379 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5056  30S ribosomal protein S8  59.38 
 
 
132 aa  159  9e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.589266  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0299  30S ribosomal protein S8  63.64 
 
 
130 aa  157  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.541435 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1664  30S ribosomal protein S8  57.69 
 
 
132 aa  157  6e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0768138  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0712  30S ribosomal protein S8  59.23 
 
 
132 aa  152  1e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0273003  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1781  SSU ribosomal protein S8P  58.91 
 
 
132 aa  152  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0284489  normal  0.0855864 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0605  30S ribosomal protein S8  55.38 
 
 
130 aa  148  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.354431  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08990  30S ribosomal protein S8  58.02 
 
 
130 aa  147  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000305934  normal  0.17912 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0851  30S ribosomal protein S8  58.02 
 
 
189 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000583772  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3895  30S ribosomal protein S8  58.02 
 
 
130 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000590966  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5065  30S ribosomal protein S8  58.02 
 
 
130 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000451262  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4735  30S ribosomal protein S8  56.49 
 
 
130 aa  139  9e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000117347  normal  0.480985 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0468  30S ribosomal protein S8  56.49 
 
 
130 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00000537928  hitchhiker  0.00000317372 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0640  ribosomal protein S8  56.49 
 
 
130 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000305932  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0501  30S ribosomal protein S8  56.49 
 
 
130 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000611084  normal  0.097534 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4534  30S ribosomal protein S8  56.49 
 
 
130 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000327382  normal  0.123392 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0498  30S ribosomal protein S8  56.49 
 
 
130 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000149249  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3303  30S ribosomal protein S8  55.81 
 
 
131 aa  138  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0633742  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3981  ribosomal protein S8  49.23 
 
 
131 aa  137  7e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0489  30S ribosomal protein S8  54.26 
 
 
131 aa  136  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000854539  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3429  SSU ribosomal protein S8P  54.96 
 
 
131 aa  135  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.401313  normal  0.18397 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3165  30S ribosomal protein S8  54.26 
 
 
131 aa  134  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000492861  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3935  ribosomal protein S8  52.71 
 
 
131 aa  134  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0334  30S ribosomal protein S8  54.26 
 
 
131 aa  134  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000103559  hitchhiker  0.000409506 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0309  ribosomal protein S8  48.84 
 
 
131 aa  134  5e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000138309  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3324  30S ribosomal protein S8  53.49 
 
 
131 aa  134  5e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000115862  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2219  30S ribosomal protein S8  53.38 
 
 
133 aa  134  6.0000000000000005e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.969535  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4012  30S ribosomal protein S8  52.67 
 
 
132 aa  133  7.000000000000001e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000425242  hitchhiker  0.0000631247 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1171  30S ribosomal protein S8  53.44 
 
 
130 aa  133  9e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152092  normal  0.183963 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3010  30S ribosomal protein S8  52.67 
 
 
133 aa  133  9e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0643705  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0973  30S ribosomal protein S8  51.54 
 
 
130 aa  132  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000165521  hitchhiker  0.000000973471 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2358  ribosomal protein S8  54.26 
 
 
131 aa  131  1.9999999999999998e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0333  30S ribosomal protein S8  51.94 
 
 
131 aa  131  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000752194  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0208  SSU ribosomal protein S8P  49.24 
 
 
132 aa  132  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0121954  normal  0.508174 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0733  30S ribosomal protein S8  53.44 
 
 
130 aa  132  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00108537  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3005  30S ribosomal protein S8  53.49 
 
 
131 aa  131  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00104823  normal  0.0533117 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03157  30S ribosomal protein S8  49.23 
 
 
130 aa  130  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000452809  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0407  ribosomal protein S8  49.23 
 
 
130 aa  130  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000058536  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0407  30S ribosomal protein S8  49.23 
 
 
130 aa  130  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000202289  hitchhiker  0.00000218378 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3789  30S ribosomal protein S8  49.23 
 
 
130 aa  130  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000933012  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0072  30S ribosomal protein S8  46.97 
 
 
132 aa  130  3.9999999999999996e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00771687  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0387  30S ribosomal protein S8  51.94 
 
 
131 aa  130  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000185574  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3730  30S ribosomal protein S8  49.23 
 
 
130 aa  130  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0711258  normal  0.0251967 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3622  30S ribosomal protein S8  49.23 
 
 
130 aa  130  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0133012  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3691  30S ribosomal protein S8  49.23 
 
 
130 aa  130  3.9999999999999996e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000772145  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03108  hypothetical protein  49.23 
 
 
130 aa  130  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000188552  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3793  30S ribosomal protein S8  49.23 
 
 
130 aa  130  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.114774  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0293  SSU ribosomal protein S8P  54.26 
 
 
131 aa  130  3.9999999999999996e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000301121  hitchhiker  0.00000201574 
 
 
 
NC_011353  ECH74115_4629  30S ribosomal protein S8  49.23 
 
 
130 aa  130  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000277802  normal  0.781469 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0395  30S ribosomal protein S8  51.94 
 
 
131 aa  130  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00245288  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3695  30S ribosomal protein S8  49.23 
 
 
130 aa  130  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.068441  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3601  30S ribosomal protein S8  49.23 
 
 
130 aa  130  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000126765  normal  0.0104758 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3622  30S ribosomal protein S8  49.23 
 
 
130 aa  130  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000167775  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3500  30S ribosomal protein S8  49.23 
 
 
130 aa  130  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000345465  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1036  30S ribosomal protein S8  51.16 
 
 
131 aa  130  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000159627  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0472  30S ribosomal protein S8  50.76 
 
 
131 aa  130  6.999999999999999e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0598  30S ribosomal protein S8  43.85 
 
 
132 aa  130  9e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0508893  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3737  30S ribosomal protein S8  48.46 
 
 
130 aa  129  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000362987  decreased coverage  0.00101243 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2936  30S ribosomal protein S8  52.71 
 
 
131 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000152051  hitchhiker  0.000000826655 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3283  30S ribosomal protein S8  52.71 
 
 
131 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000000196614  hitchhiker  0.00000244921 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1893  30S ribosomal protein S8  47.73 
 
 
132 aa  129  1.0000000000000001e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00000438805  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0667  30S ribosomal protein S8  47.69 
 
 
131 aa  128  2.0000000000000002e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.237911  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0297  30S ribosomal protein S8  48.46 
 
 
130 aa  129  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000747182  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1932  30S ribosomal protein S8  51.52 
 
 
132 aa  129  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2311  30S ribosomal protein S8  51.16 
 
 
131 aa  129  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0101074  normal  0.226186 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3900  30S ribosomal protein S8  48.46 
 
 
130 aa  129  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000634775  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>