22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5390 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5390  DNA polymerase beta domain protein region  100 
 
 		 191 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.536785  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0814  DNA polymerase beta subunit  61.08 
 
 		 185 aa  223  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.626754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0359  DNA polymerase, beta-like region  61.54 
 
 		 196 aa  221  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.193538  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0842  DNA polymerase beta subunit  61.54 
 
 		 196 aa  221  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0461071  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0103  DNA polymerase beta subunit  34.76 
 
 		 206 aa  112  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0007  DNA polymerase beta subunit  39.66 
 
 		 209 aa  108  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3611  hypothetical protein  35.64 
 
 		 215 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.559317  normal  0.0155573 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2615  DNA polymerase beta subunit  36.65 
 
 		 195 aa  102  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.506514  normal  0.0510048 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0094  hypothetical protein  35.52 
 
 		 192 aa  101  7e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2343  putative transcriptional regulator  33.68 
 
 		 210 aa  100  9e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1731  putative transcriptional regulator  33.68 
 
 		 210 aa  100  9e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4942  regulatory protein ArsR  33.33 
 
 		 199 aa  96.7  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.480424  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1516  nucleotidyltransferase domain-containing protein  28.33 
 
 		 203 aa  84  0.000000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.387412  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6014  hypothetical protein  27.89 
 
 		 216 aa  71.6  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.427837  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3250  putative transcriptional regulator, GntR family  28.4 
 
 		 191 aa  58.5  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3684  hypothetical protein  27.27 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00270  hypothetical protein  32 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0701  hypothetical protein  27.59 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000726563  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1617  hypothetical protein  27.71 
 
 		 182 aa  52.8  0.000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3725  regulatory protein ArsR  31.02 
 
 		 197 aa  50.4  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2688  hypothetical protein  30.08 
 
 		 212 aa  48.1  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.100137  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0533  hypothetical protein  27.92 
 
 		 183 aa  47.4  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>