More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1481 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_1481  putative subunit of succinyl-CoA:benzylsuccinate CoA-transferase  100 
 
 
406 aa  822    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0135296  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.02 
 
 
406 aa  230  4e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.66 
 
 
398 aa  222  9.999999999999999e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  34.32 
 
 
396 aa  220  5e-56  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.95 
 
 
407 aa  214  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.99 
 
 
406 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3563  Formyl-CoA transferase  31.34 
 
 
399 aa  213  5.999999999999999e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  34.83 
 
 
398 aa  212  1e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  33.42 
 
 
404 aa  207  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.04 
 
 
433 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4496  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.63 
 
 
441 aa  207  2e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0953  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.55 
 
 
384 aa  207  2e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1522  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.11 
 
 
409 aa  207  3e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.79 
 
 
406 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0174  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  34.58 
 
 
400 aa  204  3e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1234  Formyl-CoA transferase  34.99 
 
 
402 aa  202  9e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  34.66 
 
 
411 aa  202  9e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1041  Formyl-CoA transferase  36.43 
 
 
402 aa  202  9e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0990  putative carnitine dehydratase  34.65 
 
 
396 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2861  Formyl-CoA transferase  32.34 
 
 
410 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.744926  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.58 
 
 
406 aa  200  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  34.15 
 
 
406 aa  200  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.39 
 
 
398 aa  200  3.9999999999999996e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1691  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.22 
 
 
396 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.22 
 
 
396 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.45 
 
 
397 aa  199  7e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1133  Formyl-CoA transferase  36.43 
 
 
402 aa  199  9e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.55814 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  32.18 
 
 
402 aa  199  9e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.98 
 
 
397 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  31.53 
 
 
404 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000862475  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.15 
 
 
452 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4229  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.71 
 
 
836 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.96 
 
 
396 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3835  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.35 
 
 
811 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1449  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34 
 
 
401 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.35 
 
 
811 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.24 
 
 
401 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176134  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  34.81 
 
 
418 aa  197  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.22 
 
 
396 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1197  hypothetical protein  36.79 
 
 
405 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.71679  normal  0.667677 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  33.82 
 
 
406 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  33.82 
 
 
406 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.39 
 
 
406 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.6 
 
 
406 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  33.82 
 
 
406 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  33.82 
 
 
406 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34 
 
 
401 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34 
 
 
401 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.2305  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  33.82 
 
 
577 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  33.82 
 
 
568 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  33.82 
 
 
544 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  31.19 
 
 
402 aa  196  8.000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2722  hypothetical protein  36.62 
 
 
406 aa  195  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.835037 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.68 
 
 
406 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.96 
 
 
396 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1848  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.99 
 
 
401 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  0.159448 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2358  hypothetical protein  34 
 
 
413 aa  195  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0628874  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.15 
 
 
426 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.75 
 
 
401 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126904  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1735  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34 
 
 
401 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0615326 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2108  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.84 
 
 
398 aa  194  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.92 
 
 
406 aa  194  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3774  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.11 
 
 
811 aa  194  3e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199117  normal  0.974632 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2222  CAIB/BAIF family protein  33.83 
 
 
401 aa  194  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.274305  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  32.36 
 
 
406 aa  194  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2730  acyl-CoA transferases/carnitine dehydratase  34 
 
 
405 aa  194  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743365  normal  0.0955095 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.27 
 
 
393 aa  193  4e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1663  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.45 
 
 
396 aa  193  4e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3391  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
399 aa  193  6e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.592416  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3718  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.92 
 
 
402 aa  192  7e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2423  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.49 
 
 
805 aa  192  7e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1288  hypothetical protein  33.09 
 
 
409 aa  192  8e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.9 
 
 
406 aa  192  9e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1473  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.94 
 
 
411 aa  192  9e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1829  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
413 aa  192  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.198369 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0872  Formyl-CoA transferase  32.25 
 
 
397 aa  192  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00148474  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1581  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.02 
 
 
814 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.861297 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0365  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.06 
 
 
396 aa  192  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5552  putative formyl-coenzyme A transferase  32.01 
 
 
429 aa  192  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  33.66 
 
 
406 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.66 
 
 
433 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.615075  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5093  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.64 
 
 
397 aa  191  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.432845 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.66 
 
 
406 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.21 
 
 
406 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2370  CAIB/BAIF family protein  34.7 
 
 
401 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.907744  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0346  Formyl-CoA transferase  33.98 
 
 
412 aa  190  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.45 
 
 
396 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0314834 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.03 
 
 
446 aa  190  2.9999999999999997e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2240  CAIB/BAIF family protein  34.45 
 
 
401 aa  190  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422635  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3894  CAIB/BAIF family protein  33.59 
 
 
396 aa  190  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0523257  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1358  CAIB/BAIF family protein  34.45 
 
 
401 aa  190  4e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1120  CAIB/BAIF family protein  34.45 
 
 
401 aa  190  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0049  CAIB/BAIF family protein  34.45 
 
 
401 aa  190  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.182363  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1848  CAIB/BAIF family protein  34.45 
 
 
401 aa  190  4e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00504727  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2202  CAIB/BAIF family protein  34.45 
 
 
401 aa  190  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.020872  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.14 
 
 
407 aa  189  5e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5909  L-carnitine dehydratase  35.06 
 
 
383 aa  189  5.999999999999999e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.17 
 
 
397 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  35.28 
 
 
420 aa  189  7e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.17 
 
 
395 aa  189  7e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>