More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1187 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1187  citrate synthase  100 
 
 		 431 aa  898    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0061  citrate synthase  73.18 
 
 		 430 aa  689    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0890712  normal  0.301769 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1600  citrate synthase  65.97 
 
 		 433 aa  618  1e-176  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6851  type II citrate synthase  66.59 
 
 		 433 aa  615  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.622921 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4194  type II citrate synthase  66.9 
 
 		 429 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0867349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3832  type II citrate synthase  66.59 
 
 		 433 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.418606 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1626  type II citrate synthase  66.59 
 
 		 433 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00616613  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1660  type II citrate synthase  66.9 
 
 		 429 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1744  type II citrate synthase  66.59 
 
 		 433 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.676143  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0788  type II citrate synthase  66.59 
 
 		 433 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0858919  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4366  type II citrate synthase  66.59 
 
 		 433 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0504  type II citrate synthase  66.59 
 
 		 433 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.405584  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1834  type II citrate synthase  66.59 
 
 		 433 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0219356  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2467  type II citrate synthase  66.59 
 
 		 433 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00536833  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0665  type II citrate synthase  66.82 
 
 		 433 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.170997  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2890  type II citrate synthase  66.35 
 
 		 433 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2329  type II citrate synthase  66.59 
 
 		 433 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004117  citrate synthase (si)  66.59 
 
 		 429 aa  611  9.999999999999999e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3316  type II citrate synthase  66.82 
 
 		 433 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.229262  normal  0.697255 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4643  type II citrate synthase  66.82 
 
 		 433 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3765  type II citrate synthase  66.9 
 
 		 429 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0679988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3517  type II citrate synthase  66.43 
 
 		 429 aa  609  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2147  type II citrate synthase  66.59 
 
 		 433 aa  610  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.787035  normal  0.703076 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0858  citrate synthase I  66.2 
 
 		 433 aa  609  1e-173  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4428  type II citrate synthase  66.59 
 
 		 433 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3939  type II citrate synthase  66.59 
 
 		 433 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01350  type II citrate synthase  65.87 
 
 		 429 aa  608  1e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3589  type II citrate synthase  66.59 
 
 		 433 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0248785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1149  citrate synthase I  67.31 
 
 		 424 aa  608  1e-173  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1148  type II citrate synthase  65.73 
 
 		 430 aa  606  9.999999999999999e-173  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2194  citrate synthase I  65.95 
 
 		 429 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1678  type II citrate synthase  65.34 
 
 		 431 aa  605  9.999999999999999e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0407476  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2004  type II citrate synthase  66.19 
 
 		 429 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.719341  normal  0.158891 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2545  citrate synthase I  64.57 
 
 		 431 aa  604  9.999999999999999e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1646  type II citrate synthase  65.65 
 
 		 429 aa  605  9.999999999999999e-173  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0982845  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5525  type II citrate synthase  65.5 
 
 		 432 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.615237  normal  0.487627 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1106  type II citrate synthase  65.73 
 
 		 435 aa  607  9.999999999999999e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2860  citrate synthase  64.57 
 
 		 432 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1609  type II citrate synthase  66.19 
 
 		 429 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.706948  normal  0.65049 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5205  type II citrate synthase  65.8 
 
 		 433 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.237518  normal  0.311757 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1134  type II citrate synthase  65.27 
 
 		 432 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.066915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1262  type II citrate synthase  66.27 
 
 		 430 aa  601  1.0000000000000001e-171  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.728692  normal  0.31118 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3694  type II citrate synthase  65.63 
 
 		 428 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44070  type II citrate synthase  65.63 
 
 		 428 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1422  type II citrate synthase  66.27 
 
 		 428 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000689188  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1926  type II citrate synthase  67.7 
 
 		 428 aa  598  1e-170  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2042  type II citrate synthase  64.79 
 
 		 430 aa  598  1e-170  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0529149  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2481  type II citrate synthase  66.12 
 
 		 433 aa  600  1e-170  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.523496  normal  0.0627534 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2919  type II citrate synthase  66.59 
 
 		 428 aa  598  1e-170  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1831  type II citrate synthase  67.46 
 
 		 428 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000179965  normal  0.249033 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0646  citrate synthase I  65.01 
 
 		 430 aa  595  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.615558 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2633  type II citrate synthase  67.46 
 
 		 428 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000579193  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2320  type II citrate synthase  65.41 
 
 		 433 aa  596  1e-169  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2513  type II citrate synthase  67.46 
 
 		 428 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000256312  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2274  type II citrate synthase  67.46 
 
 		 428 aa  597  1e-169  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000358341  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1630  type II citrate synthase  67.46 
 
 		 428 aa  597  1e-169  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.01465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1705  type II citrate synthase  67.22 
 
 		 428 aa  595  1e-169  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00232802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4425  citrate synthase I  64.07 
 
 		 436 aa  596  1e-169  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.224643  normal  0.0272577 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1705  type II citrate synthase  67.46 
 
 		 428 aa  597  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0861056  normal  0.668035 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2520  type II citrate synthase  67.46 
 
 		 428 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0560239  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1789  type II citrate synthase  64.07 
 
 		 429 aa  594  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.069091  hitchhiker  0.00547545 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6352  type II citrate synthase  66.03 
 
 		 433 aa  592  1e-168  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0645718  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1596  type II citrate synthase  64.54 
 
 		 429 aa  594  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.218131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1144  type II citrate synthase  63.64 
 
 		 429 aa  593  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.300068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2111  citrate synthase  64.4 
 
 		 454 aa  591  1e-168  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000226419  normal  0.855626 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2189  type II citrate synthase  66.75 
 
 		 445 aa  592  1e-168  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00268971  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1409  citrate synthase I  64.3 
 
 		 429 aa  593  1e-168  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.423182 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1301  Citrate (Si)-synthase  63.32 
 
 		 431 aa  594  1e-168  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.115082  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3181  citrate synthase I  63.92 
 
 		 438 aa  592  1e-168  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.270593  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1231  type II citrate synthase  66.75 
 
 		 428 aa  591  1e-168  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0841  type II citrate synthase  63.47 
 
 		 429 aa  591  1e-168  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2257  citrate synthase I  66.01 
 
 		 431 aa  591  1e-168  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.19804  normal  0.414999 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00680  citrate synthase  65.86 
 
 		 427 aa  588  1e-167  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2916  citrate synthase I  65.86 
 
 		 427 aa  588  1e-167  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.349648  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0732  type II citrate synthase  65.86 
 
 		 427 aa  588  1e-167  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.482725  normal  0.945982 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2935  type II citrate synthase  65.86 
 
 		 427 aa  588  1e-167  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0764  type II citrate synthase  65.4 
 
 		 427 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0810  type II citrate synthase  65.86 
 
 		 427 aa  588  1e-167  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.659455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0763  type II citrate synthase  63.55 
 
 		 437 aa  588  1e-167  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2563  type II citrate synthase  65.38 
 
 		 429 aa  590  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.102281  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00669  hypothetical protein  65.86 
 
 		 427 aa  588  1e-167  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0790  type II citrate synthase  65.4 
 
 		 427 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.148883  normal  0.115118 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0747  type II citrate synthase  65.86 
 
 		 427 aa  588  1e-167  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0825  type II citrate synthase  65.4 
 
 		 427 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1681  citrate synthase I  64.32 
 
 		 429 aa  590  1e-167  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.592991 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0995  citrate synthase I  63.13 
 
 		 434 aa  589  1e-167  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.655069 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1524  citrate synthase I  64.3 
 
 		 430 aa  588  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.802094  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0854  type II citrate synthase  65.4 
 
 		 427 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000551297 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0768  type II citrate synthase  65.86 
 
 		 427 aa  588  1e-167  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0887  type II citrate synthase  65.4 
 
 		 427 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.304459 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29820  type II citrate synthase  63.96 
 
 		 427 aa  588  1e-167  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0638  type II citrate synthase  65.86 
 
 		 427 aa  588  1e-167  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0599  type II citrate synthase  64.82 
 
 		 430 aa  586  1e-166  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.281651  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3212  citrate synthase  63.95 
 
 		 427 aa  587  1e-166  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.215147  normal  0.134727 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2032  citrate synthase  65.32 
 
 		 428 aa  585  1e-166  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.808291  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1221  type II citrate synthase  64.69 
 
 		 427 aa  585  1e-166  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.233861  normal  0.0870629 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2146  type II citrate synthase  65.65 
 
 		 433 aa  587  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0058  citrate synthase I  64.89 
 
 		 432 aa  585  1e-166  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00358332  normal  0.0142462 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2450  type II citrate synthase  63.4 
 
 		 434 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5222  citrate synthase I  64.44 
 
 		 429 aa  587  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.827577  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>