296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Tyr-1 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  100 
 
 		 82 bp  163  8.000000000000001e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0037  tRNA-Tyr  92.42 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0466069  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0008  tRNA-Tyr  92.31 
 
 		 82 bp  89.7  9e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.355435  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0001  tRNA-Tyr  96.15 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000232487  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0024  tRNA-Tyr  91.04 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0005  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.434844  hitchhiker  0.00676871 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0018  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  89.06 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0065  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0649781  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00106012  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt04  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt04  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0007  tRNA-Tyr  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000312079  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0021  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000249749  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0013  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0008  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0004  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000291052  hitchhiker  0.00000658966 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0038  tRNA-Tyr  92.45 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481051  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0308  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.0000522223  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0010  tRNA-Tyr  88.33 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  7.29414e-23  normal  0.0775658 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0021  tRNA-Tyr  91.07 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0044  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0060  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.500822  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0050  tRNA-Tyr  88.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.563652  normal  0.998749 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2436  tRNA-Tyr  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2438  tRNA-Tyr  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2441  tRNA-Tyr  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2146  tRNA-Tyr  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2148  tRNA-Tyr  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2151  tRNA-Tyr  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0021  tRNA-Tyr  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000055523  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0007  tRNA-Tyr  87.1 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000157532  hitchhiker  0.000000000121254 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0050  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  60  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00161887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0063  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0010  tRNA-Tyr  86.36 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000639751  normal  0.164042 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0059  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000803667  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0012  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  60  0.00000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000201631  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0063  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0059  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111463  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_003295  RS05585  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000486194  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Tyr-3  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000509746  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0058  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0117646  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3797  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000392981  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011625  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0072  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000172192  normal  0.224883 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0020  tRNA-Tyr  100 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3087  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000100368  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0079  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3827  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400436  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0059  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0009  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000816684  normal  0.0119926 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0061  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000782814  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0012  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000122749  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0058  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0028  tRNA-Tyr  91.84 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0846245 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0012  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000498022  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0053  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798877 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0050  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0012  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000828702  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3765  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000159613  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0011  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000561505  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0009  tRNA-Tyr  91.84 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0003  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3458  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000255407  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0060  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000231954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0057  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.658819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3189  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533959  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0025  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.578313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0068  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.544581  normal  0.0861147 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1903  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000431131  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1446  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4425  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000181979  hitchhiker  0.0000468307 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4665  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00193221  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0056  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133037 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0065  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.695286  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1910  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178107  normal  0.179459 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0006  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000863158  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2800  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000115343  normal  0.0987715 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0020  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.230904  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0108  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000394419  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1886  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0997724 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4288  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4666  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000338441  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0064  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390421  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0012  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000806893  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0012  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2336  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000102833  normal  0.0356366 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1884  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.162729 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4718  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.22023e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5031  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0188651  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0021  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.173415  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>