230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_R0065 on replicon NC_014211
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014211  Ndas_R0065  tRNA-Tyr  100 
 
 		 82 bp  163  8.000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0649781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0012  tRNA-Tyr  97.56 
 
 		 82 bp  147  5e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0054  tRNA-Tyr  92.31 
 
 		 82 bp  107  4e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.593906  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0006  tRNA-Tyr  91.57 
 
 		 86 bp  101  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0005  tRNA-Tyr  91.57 
 
 		 86 bp  101  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.1889 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0005  tRNA-Tyr  91.57 
 
 		 86 bp  101  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.998784  normal  0.9875 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0055  tRNA-Tyr  91.57 
 
 		 86 bp  101  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0070  tRNA-Tyr  91.03 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0009  tRNA-Tyr  100 
 
 		 83 bp  97.6  4e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.227795  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0006  tRNA-Tyr  98 
 
 		 86 bp  91.7  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14005  tRNA-Tyr  100 
 
 		 84 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.844659 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0013  tRNA-Tyr  97.83 
 
 		 81 bp  83.8  0.000000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.167432  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0008  tRNA-Tyr  100 
 
 		 84 bp  83.8  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.323474  normal  0.504997 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0014  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0008  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.321126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0010  tRNA-Tyr  100 
 
 		 84 bp  83.8  0.000000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0074  tRNA-Tyr  100 
 
 		 84 bp  83.8  0.000000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.727456  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0049  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.338684 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0010  tRNA-Tyr  100 
 
 		 84 bp  83.8  0.000000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.112796 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21340  tRNA-Tyr  95.83 
 
 		 86 bp  79.8  0.00000000000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0704715  hitchhiker  0.000101375 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0016  tRNA-Tyr  86.59 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.972544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  89.06 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0011  tRNA-Tyr  86.75 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0053  tRNA-Tyr  95.12 
 
 		 83 bp  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0051  tRNA-Tyr  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0652874  normal  0.021739 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  89.23 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  89.23 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0008  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0010  tRNA-Tyr  88.33 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  7.29414e-23  normal  0.0775658 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0005  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.434844  hitchhiker  0.00676871 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0018  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0013  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0012  tRNA-Tyr  93.18 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0787862  normal  0.921618 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  87.3 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011625  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0012  tRNA-Tyr  94.87 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.790999  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0008  tRNA-Tyr  89.8 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.300582 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0014  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526877  normal  0.0596738 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0010  tRNA-Tyr  86.76 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000367926  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0114  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.524989  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0049  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00226201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0116  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.427011  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t047  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0014  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000039467  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt04  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt04  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4666  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000338441  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0113  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.532695  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0005  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000002791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0074  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.700319  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0075  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0076  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0066  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.119149  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0097  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186117  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0013  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000911406  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0093  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00406786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0095  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000439573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0010  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000604621  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0067  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.439921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0068  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314206  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0069  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304114  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0115  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.542258  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0013  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000166479  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0092  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0093  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000411147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0094  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000444037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0067  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.11453  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000044302  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0070  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.157981  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0071  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0977282  normal  0.857098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0072  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0964412  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0014  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000873726  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t04  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t05  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t06  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0048  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0073  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.92183 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4665  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00193221  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0047  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0048  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0055  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.337665  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0056  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.229214  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0126  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000986876  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5032  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0306816  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0068  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112006  normal  0.55842 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2336  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000102833  normal  0.0356366 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0006  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000863158  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0020  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.230904  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5031  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0188651  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0012  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000467845  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0056  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.153406  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0057  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0058  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.17611  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4231  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011802  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4232  tRNA-Tyr  85.94 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011561  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>