More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1484 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1484  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 126 aa  257  4e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.944176  normal  0.368372 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3192  MerR family transcriptional regulator  76.19 
 
 		 126 aa  197  3.9999999999999996e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.375407 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2847  transcriptional regulator, MerR family  66.67 
 
 		 169 aa  174  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.444422  hitchhiker  0.0000160217 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1504  MerR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 166 aa  174  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1534  MerR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 182 aa  174  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1498  MerR family transcriptional regulator  65.87 
 
 		 163 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2588  MerR family transcriptional regulator  63.49 
 
 		 129 aa  166  9e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0158199 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1687  MerR family transcriptional regulator  63.49 
 
 		 129 aa  166  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1407  MerR family transcriptional regulator  63.49 
 
 		 133 aa  166  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2655  MerR family transcriptional regulator  62.7 
 
 		 129 aa  164  4e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2762  MerR family transcriptional regulator  62.7 
 
 		 129 aa  163  9e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2773  MerR family transcriptional regulator  58.4 
 
 		 132 aa  156  9e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3790  MerR family transcriptional regulator  48.41 
 
 		 132 aa  131  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0361759  normal  0.548118 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4066  MerR family transcriptional regulator  48.41 
 
 		 132 aa  131  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1130  MerR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 140 aa  123  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  44.44 
 
 		 132 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0537  MerR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 133 aa  120  4e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.705155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  44.09 
 
 		 135 aa  120  9e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  43.65 
 
 		 131 aa  118  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  45.24 
 
 		 129 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  50 
 
 		 138 aa  117  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 137 aa  116  9e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 137 aa  116  9e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  45.24 
 
 		 129 aa  116  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 130 aa  116  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2087  MerR family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 128 aa  115  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.545443  normal  0.539836 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1639  MerR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 159 aa  115  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.270848  normal  0.040207 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 136 aa  113  8.999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1967  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 141 aa  111  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.775323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0198  MerR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 137 aa  110  5e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2267  MerR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 132 aa  110  7.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3237  MerR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 171 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.839111  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 139 aa  108  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 137 aa  108  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0388  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  43.65 
 
 		 154 aa  106  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0393  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  43.65 
 
 		 154 aa  106  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.493726  hitchhiker  2.73635e-17 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0407  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  43.65 
 
 		 154 aa  106  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267625 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0385  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  43.65 
 
 		 154 aa  106  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000075209 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0448  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  43.65 
 
 		 154 aa  106  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.17179e-17 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  44.09 
 
 		 132 aa  106  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 134 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1915  MerR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 136 aa  105  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2152  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 137 aa  105  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.845816  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  45.24 
 
 		 132 aa  105  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  44.09 
 
 		 132 aa  105  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 137 aa  105  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  41.73 
 
 		 147 aa  105  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0295  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 149 aa  105  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 136 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 137 aa  104  4e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0089  MerR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 137 aa  104  4e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0221  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 149 aa  104  5e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4091  MerR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 138 aa  103  6e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.903901  normal  0.433272 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2538  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 157 aa  103  6e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 136 aa  103  7e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 136 aa  103  7e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0211  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.94 
 
 		 149 aa  103  7e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  43.65 
 
 		 142 aa  103  7e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  42.52 
 
 		 133 aa  103  8e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0017  MerR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 167 aa  103  9e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.801756 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3961  MerR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 142 aa  102  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.146237  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1373  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 159 aa  103  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.366441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3623  MerR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 142 aa  102  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0035  transcriptional regulator, MerR family  37.01 
 
 		 167 aa  103  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.987448  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0178  MerR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 142 aa  102  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0926305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  40.94 
 
 		 140 aa  102  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3542  transcriptional regulator, MerR family  41.73 
 
 		 152 aa  102  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.387014 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  40.16 
 
 		 132 aa  103  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 143 aa  103  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  41.73 
 
 		 159 aa  102  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1328  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.48 
 
 		 142 aa  102  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 155 aa  102  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3726  MerR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 140 aa  102  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0034  MerR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 144 aa  102  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  41.27 
 
 		 132 aa  101  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1595  putative heavy metal regulator HmrR  38.4 
 
 		 137 aa  101  4e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 147 aa  101  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1137  transcriptional regulator, MerR family  42.86 
 
 		 159 aa  101  4e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4873  MerR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 141 aa  100  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1785  MerR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 134 aa  100  6e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0498641 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9863  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.37 
 
 		 147 aa  100  7e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  42.06 
 
 		 151 aa  100  7e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7842  transcriptional regulator, MerR family  42.06 
 
 		 149 aa  100  9e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3680  transcriptional regulator, MerR family  40.94 
 
 		 133 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.446637  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0029  transcriptional regulator, MerR family  37.8 
 
 		 134 aa  99.8  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  40.94 
 
 		 155 aa  99.8  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0032  MerR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 134 aa  99.8  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.94 
 
 		 134 aa  99  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2144  MerR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 129 aa  98.6  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000183728  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2318  MerR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 143 aa  99  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4049  MerR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 149 aa  98.2  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2543  MerR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 128 aa  97.8  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.212021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2558  MerR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 139 aa  97.8  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3339  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 157 aa  97.8  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88053  normal  0.266963 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2333  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 162 aa  97.4  5e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00701798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3164  MerR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 139 aa  97.4  6e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1266  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.16 
 
 		 139 aa  97.4  6e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0668949 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 149 aa  97.1  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3026  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.16 
 
 		 139 aa  97.1  8e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>