30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_2906 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2906  putative DNA-binding protein  100 
 
 		 138 aa  276  9e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0408  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.416519  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  37.59 
 
 		 142 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  37.59 
 
 		 142 aa  92.8  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  37.59 
 
 		 142 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  37.59 
 
 		 142 aa  92.8  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3003  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  37.96 
 
 		 139 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  37.59 
 
 		 142 aa  92.8  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3264  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  38.24 
 
 		 138 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0071  hypothetical protein  37.3 
 
 		 138 aa  90.9  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.0908628  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4396  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  38.24 
 
 		 138 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0618  helix-turn-helix domain-containing protein  38.24 
 
 		 138 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02901  hypothetical protein  38.24 
 
 		 138 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02951  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.24 
 
 		 138 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3549  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  38.24 
 
 		 138 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0619  putative transcription regulator with HTH domain  38.24 
 
 		 138 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3518  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  38.24 
 
 		 138 aa  89.7  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1264  helix-turn-helix domain protein  35.77 
 
 		 139 aa  87  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0294  helix-turn-helix domain-containing protein  36.76 
 
 		 139 aa  84  6e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.21078 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0384  hypothetical protein  40.4 
 
 		 161 aa  79.3  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0231011  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2944  transcription regulator  31.54 
 
 		 155 aa  73.6  0.0000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3421  hypothetical protein  38.36 
 
 		 107 aa  46.2  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  29.03 
 
 		 126 aa  45.8  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  40 
 
 		 133 aa  45.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  31.36 
 
 		 124 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  27.12 
 
 		 121 aa  43.9  0.0007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  31.45 
 
 		 127 aa  43.9  0.0007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4211  hypothetical protein  29.07 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.717142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  27.97 
 
 		 126 aa  42.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  31.75 
 
 		 401 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>