More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2323 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2323  ABC transporter related  100 
 
 
277 aa  554  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.936398 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4177  ABC transporter related  82.97 
 
 
277 aa  473  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3849  ABC transporter related  82.97 
 
 
277 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.997638 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1903  ABC transporter related  80.14 
 
 
277 aa  454  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.264494  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3885  ABC transporter  77.54 
 
 
277 aa  436  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3832  ABC transporter related  73.29 
 
 
280 aa  411  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.817561  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0375  ABC transporter related  72.26 
 
 
274 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.157561  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2462  ABC transporter related  72.26 
 
 
274 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.612548  normal  0.124723 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0804  ABC dipeptide transporter, ATPase subunit DppD  72.26 
 
 
274 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.69273  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1251  ABC transporter related  65.45 
 
 
284 aa  358  6e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3864  ABC transporter related  61.31 
 
 
295 aa  347  8e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4041  ABC transporter related protein  60.95 
 
 
295 aa  347  1e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0035  ABC transporter related  61.82 
 
 
285 aa  344  8e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00363386  normal  0.320006 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2717  ABC transporter related  63.14 
 
 
279 aa  344  1e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3368  ABC transporter related  61.03 
 
 
297 aa  342  4e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1882  ABC transporter related  61.62 
 
 
279 aa  342  5e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.573524  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3534  ABC transporter related  62.77 
 
 
295 aa  340  2e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.463988 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3990  ABC transporter related  61.76 
 
 
276 aa  338  5.9999999999999996e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3251  dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  60.15 
 
 
279 aa  334  9e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0275021  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5170  ABC transporter related  60.95 
 
 
285 aa  334  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.219608  normal  0.319827 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2703  ABC transporter related  59.85 
 
 
287 aa  332  3e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5439  ABC transporter related  60.36 
 
 
285 aa  332  5e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.476246  hitchhiker  0.0038839 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0138  ABC transporter related  60.29 
 
 
276 aa  330  1e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3738  ABC transporter related  58.82 
 
 
276 aa  329  3e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0710924  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1027  dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein  60 
 
 
291 aa  327  9e-89  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.26315  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3091  ABC transporter related  57.88 
 
 
287 aa  323  2e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1920  ABC transporter component  60.95 
 
 
276 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0194  peptide/opine/nickel ABC transporter ATPase  57.55 
 
 
296 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0233708 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4053  ABC transporter related  57.91 
 
 
301 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.149041  normal  0.435082 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4007  ABC transporter related  57.4 
 
 
297 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6304  ABC transporter related  57.61 
 
 
292 aa  304  8.000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4482  ABC transporter related  57.76 
 
 
304 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.959295 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4020  ABC transporter related  57.76 
 
 
304 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.732506  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5711  ABC transporter related  57.76 
 
 
304 aa  300  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0661262 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3774  ABC transporter related  57.76 
 
 
304 aa  300  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4594  ABC transporter related  57.76 
 
 
304 aa  300  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.254879  normal  0.570129 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1250  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter ATPase  57.4 
 
 
304 aa  300  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.544036  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2043  ABC transporter related  56.41 
 
 
276 aa  297  2e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.336265  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7647  ABC transporter related  55.96 
 
 
291 aa  289  3e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1277  ABC transporter, ATP-binding protein  57.61 
 
 
293 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846067  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1047  ABC transporter, ATP-binding protein  57.61 
 
 
293 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0250  ABC transporter, ATP-binding protein  57.61 
 
 
293 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0521  ABC transporter, ATP-binding protein  57.61 
 
 
293 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.939776  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1308  ABC transporter, ATP-binding protein  57.25 
 
 
293 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0652042  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1445  ABC transporter, ATP-binding protein  56.52 
 
 
293 aa  280  1e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1389  ABC transporter, ATP-binding protein  56.88 
 
 
293 aa  280  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0826888  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2558  ABC transporter, ATP-binding protein  56.88 
 
 
293 aa  279  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3201  ABC transporter related  52.36 
 
 
291 aa  279  3e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.776015  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2913  ABC transporter-related protein  51.12 
 
 
278 aa  275  7e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3382  ABC transporter related  52.4 
 
 
274 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.235988 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0802  ABC transporter component  54.68 
 
 
276 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.051347  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1881  ABC transporter related  56.2 
 
 
281 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.176759  normal  0.192809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1695  ABC transporter related  55.72 
 
 
286 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.930247  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2059  ABC transporter related  47.23 
 
 
283 aa  266  2.9999999999999995e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.113348  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2965  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  52.26 
 
 
338 aa  258  9e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000541635 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2723  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  53.11 
 
 
324 aa  256  3e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  0.451475 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5509  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  47.43 
 
 
347 aa  253  3e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.435754 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1063  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.52 
 
 
339 aa  252  4.0000000000000004e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3115  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  50 
 
 
671 aa  251  1e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.426861  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1226  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.19 
 
 
357 aa  250  2e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0418  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.74 
 
 
339 aa  249  3e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.755562  normal  0.486324 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0759  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.62 
 
 
353 aa  249  4e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4046  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.34 
 
 
353 aa  249  5e-65  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2365  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.63 
 
 
338 aa  249  5e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.115358  normal  0.0275961 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3821  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.71 
 
 
332 aa  248  7e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.282595  normal  0.751344 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4502  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.36 
 
 
329 aa  248  9e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.301743 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4731  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50 
 
 
329 aa  248  1e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1102  ABC transporter related  47.25 
 
 
278 aa  247  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1615  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.23 
 
 
353 aa  247  2e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0487  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  51.75 
 
 
340 aa  246  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.97 
 
 
342 aa  246  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0955  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.84 
 
 
346 aa  246  4e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.781626  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5513  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATPase subunit  51.74 
 
 
353 aa  245  4e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.472941 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1695  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.99 
 
 
322 aa  245  6.999999999999999e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000898255 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0313  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.84 
 
 
332 aa  244  9.999999999999999e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3627  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.19 
 
 
324 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0452  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.26 
 
 
332 aa  243  1.9999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0320  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.38 
 
 
322 aa  244  1.9999999999999999e-63  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.173398 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1303  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.62 
 
 
347 aa  242  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.92932  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1237  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.62 
 
 
347 aa  242  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.180341  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2573  peptide ABC transporter, ATP-binding protein  50.58 
 
 
333 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.194756  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0899  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50 
 
 
347 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.61652  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1341  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.62 
 
 
347 aa  242  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000765858  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1104  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  49.62 
 
 
347 aa  242  5e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1086  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.62 
 
 
347 aa  242  5e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1080  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.62 
 
 
347 aa  242  5e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1264  oligopeptide ABC transporter, ATP-binding protein  49.62 
 
 
347 aa  242  5e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1194  oligopeptide ABC transporter ATP-binding protein  49.62 
 
 
347 aa  242  5e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118138  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1092  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.62 
 
 
347 aa  242  6e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00314713  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3504  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.19 
 
 
339 aa  241  7e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.307632  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1870  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like protein  49.61 
 
 
333 aa  241  7e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0687438  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1929  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component  47.27 
 
 
349 aa  241  7e-63  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.727479  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0091  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.68 
 
 
325 aa  241  7.999999999999999e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02946  oligopeptide transporter ATP-binding component  46.91 
 
 
324 aa  241  9e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0612  oligopeptide transporter ATP-binding component  46.55 
 
 
324 aa  241  1e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1082  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.5 
 
 
348 aa  240  1e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2264  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein, C-terminal  50.19 
 
 
333 aa  240  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0319063  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1163  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.25 
 
 
329 aa  241  1e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0503612  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0024  oligopeptide transporter ATP-binding component  48.16 
 
 
348 aa  240  2e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.586703  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1712  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.34 
 
 
320 aa  240  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000540803  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>