172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_R0013 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 296 bp  587  1e-166  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    87.58 
 
 		 296 bp  285  3.0000000000000004e-75  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    87.58 
 
 		 296 bp  285  3.0000000000000004e-75  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0054  rnpB RNA  87.33 
 
 		 298 bp  256  3e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  84.95 
 
 		 299 bp  222  3.9999999999999997e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55190  RNase P RNA component precursor RnpB  85.42 
 
 		 296 bp  184  9.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0127  RNA component of RNaseP  84.96 
 
 		 304 bp  168  5e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0007  bacterial RNase P  82.89 
 
 		 294 bp  168  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0011    85 
 
 		 295 bp  165  9e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0092  RNA component of RNaseP  85 
 
 		 295 bp  165  9e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347533  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  84.94 
 
 		 293 bp  163  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA62  RNA component of RNaseP  84.45 
 
 		 292 bp  153  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0088  RNA component of RNaseP  84.17 
 
 		 295 bp  149  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.338139 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R74  RNA component of RNaseP  83.97 
 
 		 291 bp  143  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0051  RNA component of RNaseP  85.86 
 
 		 297 bp  141  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  84.97 
 
 		 299 bp  139  5e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  85 
 
 		 298 bp  137  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  83.94 
 
 		 302 bp  123  3e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  86.81 
 
 		 296 bp  119  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0061  RNA component of RNaseP  80.6 
 
 		 295 bp  117  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.773331  unclonable  0.00000000000486767 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0146  RNA component of RNaseP  82.52 
 
 		 299 bp  117  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpps01    83.41 
 
 		 205 bp  115  7.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpls01    83.41 
 
 		 205 bp  115  7.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0010  RNA component of RNaseP  93.59 
 
 		 302 bp  115  7.000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0305173  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0025  RNA component of RNaseP  82.11 
 
 		 298 bp  111  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0126    82.11 
 
 		 298 bp  111  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.400198  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0134  RNA component of RNaseP  82.11 
 
 		 298 bp  111  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  93.42 
 
 		 303 bp  111  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  93.42 
 
 		 303 bp  111  1e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  82.93 
 
 		 303 bp  109  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  82.93 
 
 		 303 bp  109  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_McrnpB1  sRNA  92.31 
 
 		 359 bp  107  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0051  RNA component of RNaseP  80.94 
 
 		 295 bp  105  7e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.90798  normal  0.258556 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0120  RNA component of RNaseP  81.71 
 
 		 298 bp  103  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2222  bacterial RNase P, class A  91.25 
 
 		 292 bp  103  3e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  82.44 
 
 		 303 bp  101  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  89.47 
 
 		 322 bp  101  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  91.03 
 
 		 302 bp  99.6  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0003  RNA component of RNaseP  79.86 
 
 		 305 bp  99.6  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.135716  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0043  RNA component of RNaseP  91.03 
 
 		 312 bp  99.6  4e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.282999  hitchhiker  0.0000000823282 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  90.79 
 
 		 308 bp  95.6  7e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0042  RNA component of RNaseP  90.79 
 
 		 332 bp  95.6  7e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.522525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0137  RNA component of RNaseP  84.78 
 
 		 300 bp  93.7  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0019  RNA component of RNaseP  84.78 
 
 		 300 bp  93.7  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0137  RNA component of RNaseP  84.78 
 
 		 300 bp  93.7  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  85.09 
 
 		 329 bp  91.7  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  88.04 
 
 		 301 bp  89.7  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  88.04 
 
 		 301 bp  89.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  88.04 
 
 		 301 bp  89.7  4e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  88.04 
 
 		 301 bp  89.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  88.04 
 
 		 301 bp  89.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    88.04 
 
 		 301 bp  89.7  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  88.04 
 
 		 301 bp  89.7  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  88.04 
 
 		 301 bp  89.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  88.04 
 
 		 301 bp  89.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  88.04 
 
 		 301 bp  89.7  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  88.04 
 
 		 301 bp  89.7  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  88.04 
 
 		 303 bp  89.7  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  89.47 
 
 		 305 bp  87.7  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  87.91 
 
 		 335 bp  85.7  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0064  RNA component of RNaseP  89.53 
 
 		 316 bp  85.7  0.000000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0444698  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  87.91 
 
 		 365 bp  85.7  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  87.78 
 
 		 378 bp  83.8  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  87.1 
 
 		 386 bp  81.8  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0070  RNA component of RNaseP  87.64 
 
 		 357 bp  81.8  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  86.96 
 
 		 369 bp  79.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0014  RNA component of RNaseP  88.16 
 
 		 331 bp  79.8  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000221757  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  80 
 
 		 294 bp  79.8  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  80 
 
 		 294 bp  79.8  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  80 
 
 		 346 bp  79.8  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0039    86.81 
 
 		 363 bp  77.8  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.368998 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  86.81 
 
 		 355 bp  77.8  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0017  RNA component of RNaseP  83.33 
 
 		 300 bp  77.8  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.585767  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  86.67 
 
 		 354 bp  75.8  0.000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  86.67 
 
 		 366 bp  75.8  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  86.17 
 
 		 358 bp  75.8  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  93.88 
 
 		 317 bp  73.8  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  86.02 
 
 		 333 bp  73.8  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  85.87 
 
 		 359 bp  71.9  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0031  RNA component of RNaseP  88.16 
 
 		 346 bp  71.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    86.21 
 
 		 341 bp  69.9  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  97.44 
 
 		 349 bp  69.9  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 418 bp  69.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0081  RNA component of RNaseP  95.35 
 
 		 327 bp  69.9  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000487507  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  85.71 
 
 		 333 bp  69.9  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0146  RNA component of RNaseP  80.49 
 
 		 298 bp  69.9  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0972194  hitchhiker  0.00000000182865 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0013  RNA component of RNaseP  92 
 
 		 291 bp  67.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0046  RNA component of RNaseP  97.37 
 
 		 427 bp  67.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0219533  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0013  RNA component of RNaseP  92 
 
 		 306 bp  67.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.321462 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0019  RNA component of RNaseP  84.44 
 
 		 297 bp  67.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000680683  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  85.11 
 
 		 338 bp  67.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  84.95 
 
 		 333 bp  65.9  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    85.39 
 
 		 320 bp  65.9  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0002  RNA component of RNaseP  85.39 
 
 		 346 bp  65.9  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.269548 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0030  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 309 bp  63.9  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0366488 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0972  sRNA  97.22 
 
 		 292 bp  63.9  0.00000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0068  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 350 bp  63.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000826287  normal  0.155561 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0023  RNA component of RNaseP  97.22 
 
 		 304 bp  63.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000192247  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0022  RNaseP RNA  97.22 
 
 		 347 bp  63.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00017502  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0009    97.22 
 
 		 350 bp  63.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711209  normal  0.574363 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>