More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_R0017 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_R0017  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  232  2e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.711795  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0047  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 117 bp  232  2e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0798933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0015  5S ribosomal RNA  90.8 
 
 		 117 bp  109  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0009  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 117 bp  89.7  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0647002  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0025  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 117 bp  89.7  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0315832  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0019  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 132 bp  89.7  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0044  5S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 132 bp  89.7  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10570  5S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 123 bp  85.7  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.782601  normal  0.301698 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06930  5S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 123 bp  85.7  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.648291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22200  5S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 123 bp  85.7  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.380551  normal  0.811083 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37120  5S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 123 bp  85.7  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  Gs5SA  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 112 bp  81.8  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs5SB  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 112 bp  81.8  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.271264  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0028  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.349072  normal  0.465513 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0016  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0016  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0035  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0035  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0039  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 116 bp  81.8  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0015  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 117 bp  81.8  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0034  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 117 bp  81.8  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0025  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 117 bp  81.8  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.102792  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0036  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 117 bp  81.8  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.484974  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0050  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 117 bp  81.8  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00973992  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0060  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 117 bp  81.8  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.136348  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0055  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0012  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0060  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0031  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0017  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00334647  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0005  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.493215  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0028  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000903183  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0063  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  75.8  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00852672  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0043  5S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 117 bp  75.8  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.304759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0054  5S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0070  5S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 117 bp  73.8  0.000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.260067  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0069  5S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0059  5S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0037  5S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 117 bp  73.8  0.000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.047404  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0032  5S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 117 bp  73.8  0.000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0022  5S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0022  5S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 117 bp  73.8  0.000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0012  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 114 bp  73.8  0.000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0017  5S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 114 bp  73.8  0.000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0045  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 114 bp  71.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.490117  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0061  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 114 bp  71.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0051  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 115 bp  71.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.205109 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0008  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 120 bp  71.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.044416 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0066  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 120 bp  71.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0038  5S ribosomal RNA  89.06 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000916251  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0057  5S ribosomal RNA  89.06 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000233124  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0060  5S ribosomal RNA  89.06 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000527991  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0069  5S ribosomal RNA  89.06 
 
 		 117 bp  71.9  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.107578  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0016  5S ribosomal RNA  89.83 
 
 		 115 bp  69.9  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0042  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0020  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.12425  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0041  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 116 bp  67.9  0.0000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0021  5S ribosomal RNA  89.66 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.125284  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0031  5S ribosomal RNA  84.04 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618538  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0015  5S ribosomal RNA  84.04 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0047  5S ribosomal RNA  84.04 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0292676  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0050  5S ribosomal RNA  84.04 
 
 		 117 bp  67.9  0.0000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000265937  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0022  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 114 bp  65.9  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0034  5S ribosomal RNA  84.71 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.263469 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0014  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0025  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0005  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0067  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0068  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0071  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0106  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0017  5S ribosomal RNA  90.38 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0183737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0011  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0028  5S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6010  5SrRNA  88.14 
 
 		 118 bp  61.9  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.810803 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0030  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 114 bp  61.9  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6017  5SrRNA  88.14 
 
 		 118 bp  61.9  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0009  5S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 114 bp  61.9  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_R0038  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 		 122 bp  60  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_R0013  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 		 121 bp  60  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_R0057  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 		 121 bp  60  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_R0039  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 		 121 bp  60  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_R0014  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 		 122 bp  60  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_R0058  5S ribosomal RNA  94.74 
 
 		 122 bp  60  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0037  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 116 bp  58  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219392 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0027  5S ribosomal RNA  94.59 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0088  5S ribosomal RNA  94.59 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.875375  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0065  5S ribosomal RNA  94.59 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0014  5S ribosomal RNA  94.59 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0070  5S ribosomal RNA  94.59 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0003  5S ribosomal RNA  94.59 
 
 		 117 bp  58  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0011  5S ribosomal RNA  84.93 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.222869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0051  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.658738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0058  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000857994  normal  0.747107 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0026  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0094  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.109009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0040  5S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 116 bp  56  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199446  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0082  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0040  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000114332 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0034  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 117 bp  56  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.480679  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>