31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_R0048 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_R0048    100 
 
 		 389 bp  771    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA65    90.77 
 
 		 392 bp  81.8  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.852572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0098    90.62 
 
 		 398 bp  79.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0003    90.62 
 
 		 391 bp  79.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000332407 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0096    90.32 
 
 		 389 bp  75.8  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.430458  normal  0.0134001 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R17    95.56 
 
 		 390 bp  73.8  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.138375  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5663  tmRNA  95.45 
 
 		 387 bp  71.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.420561  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55180  10Sa RNA SsrA (tmRNA)  87.69 
 
 		 352 bp  65.9  0.000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4696  tRNA-OTHER  87.69 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0092    88.33 
 
 		 361 bp  63.9  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.320994 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0009    100 
 
 		 366 bp  63.9  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101649  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0016    87.1 
 
 		 354 bp  60  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4254  10Sa RNA (tmRNA)  86.15 
 
 		 364 bp  58  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000812239  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4223    86.15 
 
 		 364 bp  58  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140145  normal  0.0140433 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0081    85.94 
 
 		 380 bp  56  0.000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.124848  normal  0.269068 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0007    96.88 
 
 		 356 bp  56  0.000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000338261  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0074    96.88 
 
 		 358 bp  56  0.000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312491  normal  0.744934 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0007    96.67 
 
 		 354 bp  52  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000281938  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0049    96.55 
 
 		 360 bp  50.1  0.0005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0042  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000030299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0032    93.75 
 
 		 377 bp  48.1  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.309906  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0012    93.75 
 
 		 359 bp  48.1  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0012    93.75 
 
 		 384 bp  48.1  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.766656  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    93.75 
 
 		 362 bp  48.1  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    93.75 
 
 		 362 bp  48.1  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0012    93.75 
 
 		 351 bp  48.1  0.002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0050    93.55 
 
 		 353 bp  46.1  0.007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00374528  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3178s    100 
 
 		 364 bp  46.1  0.007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0069    100 
 
 		 360 bp  46.1  0.007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.217492 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0041    100 
 
 		 384 bp  46.1  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00705432  hitchhiker  0.00312299 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0019    100 
 
 		 384 bp  46.1  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170499  unclonable  0.0000024281 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>