71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0997 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0997  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase-like  100 
 
 		 299 aa  613  1e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000450509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4476  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.38 
 
 		 294 aa  89  8e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0553  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.39 
 
 		 294 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.15699 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0677  lipopolysaccharide biosynthesis protein, putative  25.59 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0545  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.39 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06570  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.41 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0500  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.1 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0535  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.1 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5031  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.42 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.424029 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3875  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.6 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.400709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11250  hypothetical protein  23.39 
 
 		 294 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1032  hypothetical protein  23.79 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.34 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.9 
 
 		 302 aa  66.6  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0454  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.27 
 
 		 320 aa  60.5  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3502  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.73 
 
 		 292 aa  59.7  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.7 
 
 		 283 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.23 
 
 		 291 aa  57  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.51 
 
 		 281 aa  53.9  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4077  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.64 
 
 		 283 aa  53.1  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.362561  normal  0.125461 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.27 
 
 		 299 aa  52.8  0.000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.51 
 
 		 299 aa  52.8  0.000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  21.72 
 
 		 281 aa  52.4  0.000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4057  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.1 
 
 		 297 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.558933 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.7 
 
 		 288 aa  51.2  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.36 
 
 		 287 aa  50.8  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3546  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.34 
 
 		 299 aa  50.4  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.02 
 
 		 306 aa  50.1  0.00005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.2 
 
 		 291 aa  50.1  0.00005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  26.19 
 
 		 294 aa  49.7  0.00005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  25.6 
 
 		 294 aa  50.1  0.00005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  21.89 
 
 		 299 aa  49.7  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.45 
 
 		 291 aa  48.9  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.04 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0620  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.12 
 
 		 296 aa  47.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.326399 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.09 
 
 		 291 aa  48.1  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.13 
 
 		 312 aa  47.8  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  19.79 
 
 		 288 aa  48.1  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.89 
 
 		 287 aa  47.8  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  23.44 
 
 		 299 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  23.44 
 
 		 299 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2379  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.11 
 
 		 290 aa  47.4  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.502871  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  21.98 
 
 		 292 aa  47.4  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.48 
 
 		 299 aa  47  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  21.21 
 
 		 299 aa  46.2  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000104564 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2221  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  21.21 
 
 		 299 aa  46.2  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.303713  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2329  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  21.21 
 
 		 299 aa  46.2  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.124762 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.05 
 
 		 296 aa  46.2  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1193  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.27 
 
 		 299 aa  46.2  0.0006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.984118  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.88 
 
 		 284 aa  46.2  0.0007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.04 
 
 		 283 aa  45.8  0.0009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  21.89 
 
 		 300 aa  45.4  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.02 
 
 		 304 aa  45.4  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4165  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.15 
 
 		 296 aa  45.4  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.187685  normal  0.0599581 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.41 
 
 		 291 aa  44.7  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.15 
 
 		 301 aa  44.7  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.562974 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.77 
 
 		 291 aa  44.7  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1080  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.2 
 
 		 301 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.945649  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.92 
 
 		 298 aa  44.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  24.11 
 
 		 293 aa  43.9  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  20.85 
 
 		 291 aa  43.5  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.29 
 
 		 308 aa  43.9  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.85 
 
 		 299 aa  43.9  0.004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.67 
 
 		 306 aa  43.5  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2180  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  21.91 
 
 		 296 aa  43.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.15285  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.23 
 
 		 283 aa  43.1  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0575  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.9 
 
 		 305 aa  43.5  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  20.83 
 
 		 299 aa  43.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000731521 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2322  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  20.83 
 
 		 299 aa  43.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0148362 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.21 
 
 		 300 aa  42.7  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.26 
 
 		 287 aa  42.4  0.009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>