46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0521 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0521  hypothetical protein  100 
 
 		 195 aa  400  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0357  CheW protein  34 
 
 		 183 aa  53.9  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0717557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5116  putative CheW protein  33.33 
 
 		 222 aa  48.9  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119327  normal  0.0201164 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3632  twitching motility protein PilI  33.9 
 
 		 179 aa  48.9  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0903  CheW protein  34.15 
 
 		 175 aa  47  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.629976 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0266  putative CheW protein  43.64 
 
 		 177 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719824  normal  0.452082 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03247  CheW protein  30.56 
 
 		 515 aa  47  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3317  CheW protein  26.17 
 
 		 166 aa  46.2  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2991  putative CheW protein  29.76 
 
 		 169 aa  45.4  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.5403  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2293  putative CheW protein  34.29 
 
 		 150 aa  45.1  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.164304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0581  CheW protein  30.12 
 
 		 331 aa  45.1  0.0007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1768  CheW protein  28.83 
 
 		 907 aa  45.1  0.0007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.52563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0723  putative CheW protein  30.3 
 
 		 142 aa  44.7  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1647  CheW protein  36.54 
 
 		 189 aa  44.7  0.0009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00542103 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3576  putative CheW protein  32.93 
 
 		 175 aa  44.7  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.510091  normal  0.211391 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2899  CheW protein  32.93 
 
 		 175 aa  43.9  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100159  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0510  twitching motility protein PilI  33.73 
 
 		 178 aa  43.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4864  putative CheW protein  30.12 
 
 		 184 aa  43.1  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0316337 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4990  type IV pili signal transduction protein PilI  30.12 
 
 		 184 aa  43.1  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.400912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5040  CheW protein  30.12 
 
 		 184 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3155  CheW protein  27.96 
 
 		 164 aa  43.5  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2902  putative CheW protein  36.21 
 
 		 181 aa  43.5  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1763  putative CheW protein  38.3 
 
 		 320 aa  43.5  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05340  twitching motility protein PilI  33.73 
 
 		 178 aa  43.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0875  CheW protein  27.12 
 
 		 154 aa  43.5  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0238  putative CheW protein  40 
 
 		 178 aa  43.5  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3245  CheW protein  35 
 
 		 528 aa  43.1  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.128469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1586  chemotaxis protein, CheW3  40 
 
 		 178 aa  43.5  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1106  CheW protein  27.96 
 
 		 164 aa  43.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1572  CheW protein  28.18 
 
 		 161 aa  42.4  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.650684  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5555  chemotaxis protein  27.38 
 
 		 157 aa  42  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2609  chemotaxis protein  24.73 
 
 		 157 aa  42  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112886  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0364  response regulator receiver modulated CheW protein  38.46 
 
 		 317 aa  42.4  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1574  CheW protein  31.25 
 
 		 175 aa  42.4  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.10393 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0598  CheW protein  30.23 
 
 		 211 aa  42  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0324  CheW protein  26.36 
 
 		 161 aa  42  0.006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3759  response regulator receiver modulated CheW protein  40.43 
 
 		 323 aa  42  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00050568  normal  0.01011 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2236  CheW protein  30.91 
 
 		 478 aa  42  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0734  response regulator receiver:CheW-like protein  32.26 
 
 		 322 aa  41.6  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0112  CheW protein  37.25 
 
 		 185 aa  41.6  0.007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3690  CheW protein  24.83 
 
 		 168 aa  41.6  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.158284  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0474  CheW protein  32.14 
 
 		 184 aa  41.6  0.008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2883  CheW protein  28.12 
 
 		 177 aa  41.6  0.008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.325772  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3106  biotin synthase  28.57 
 
 		 187 aa  41.2  0.009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2550  CheW protein  36.36 
 
 		 169 aa  41.2  0.009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.234406 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0003  CheW protein  32 
 
 		 200 aa  41.2  0.01  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0102214  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>