44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3276 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3276  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  100 
 
 		 247 aa  501  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4021  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  52.7 
 
 		 241 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3921  extracellular solute-binding protein family 3  52.25 
 
 		 241 aa  251  6e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4114  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  51.8 
 
 		 241 aa  251  9.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3998  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  51.8 
 
 		 241 aa  249  2e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3190  extracellular solute-binding protein  35.43 
 
 		 226 aa  149  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0211783 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2915  extracellular solute-binding protein  33.89 
 
 		 270 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.418761 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3307  extracellular solute-binding protein  30.54 
 
 		 286 aa  126  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3146  extracellular solute-binding protein  33.74 
 
 		 285 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0876  extracellular solute-binding protein  33.74 
 
 		 285 aa  125  9e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1044  extracellular solute-binding protein  33.05 
 
 		 286 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.523341 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3247  extracellular solute-binding protein  33.63 
 
 		 285 aa  122  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1011  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 		 285 aa  121  9e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3328  extracellular solute-binding protein  32.64 
 
 		 286 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2979  extracellular solute-binding protein  32.64 
 
 		 285 aa  120  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1032  extracellular solute-binding protein family 3  33.05 
 
 		 285 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.267396 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1807  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 		 260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3620  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.53 
 
 		 278 aa  107  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03935  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  31.28 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3196  hypothetical protein  31.02 
 
 		 322 aa  104  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.144092 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3267  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  30.64 
 
 		 260 aa  103  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2793  putative amino acid-binding protein  27.88 
 
 		 231 aa  96.3  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287982  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3920  putative amino acid-binding protein  29.17 
 
 		 246 aa  87.8  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1048  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems  27.97 
 
 		 260 aa  87  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0704  putative amino acid-binding protein  27.56 
 
 		 257 aa  86.3  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.440677  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0551  hypothetical protein  26.24 
 
 		 257 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.831394  decreased coverage  0.00317207 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0850  hypothetical protein  26.64 
 
 		 275 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000173614  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3588  hypothetical protein  24.43 
 
 		 247 aa  75.1  0.0000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.623219  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2369  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  28.3 
 
 		 233 aa  73.9  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  23.61 
 
 		 2213 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1591  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.7 
 
 		 230 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.115336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0627  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems  21.1 
 
 		 280 aa  59.7  0.00000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.225445  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.54 
 
 		 243 aa  59.3  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 262 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2682  ABC transporter  28.63 
 
 		 235 aa  48.1  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.76928 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.32 
 
 		 265 aa  48.1  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0574  putative cation efflux protein  25.4 
 
 		 243 aa  45.4  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0793473  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  25.31 
 
 		 251 aa  45.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4859  putative cation efflux protein  22.92 
 
 		 292 aa  44.7  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  24.21 
 
 		 262 aa  43.1  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.68 
 
 		 253 aa  42.7  0.006  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0388  hypothetical protein  23.31 
 
 		 274 aa  42.7  0.006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.333934 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.68 
 
 		 253 aa  42.7  0.006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.56 
 
 		 253 aa  42  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>