52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_R0029 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  167  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.289699 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4301  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 84 bp  143  7e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.640502  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0014  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 84 bp  143  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA43  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815799  normal  0.0189224 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t36  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0727385  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0044  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 89 bp  60  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0970337  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309259  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0698432 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0044  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1651  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA26  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.211066 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0041  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168959  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0005  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0039  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna29  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181713  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0025  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0926964  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0025  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.262204  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0023  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.53531  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0036  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309350  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.901814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0022  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0559105  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0058  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.555666  normal  0.0187408 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0047  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0023  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473121  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0070  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.128359 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0016  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.465569  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0019  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0069  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.365522  normal  0.0296897 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0015  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.660647 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0073  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.218287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0037  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.17364  normal  0.432753 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0026  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00329777  normal  0.13088 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0082  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212211  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0045  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0002  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0023  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000058482  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0066  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.421355 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0014  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.472539  normal  0.286694 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0008  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.429157  normal  0.0709893 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>