56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3636 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3636  hypothetical protein  100 
 
 		 421 aa  870    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4063  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  92.4 
 
 		 421 aa  787    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.797968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3337  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  92.16 
 
 		 421 aa  786    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.874781  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2658  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  68.33 
 
 		 432 aa  593  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2919  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  67.86 
 
 		 432 aa  588  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6278  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  67.22 
 
 		 429 aa  590  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0101  ABC transporter substrate-binding protein  63.54 
 
 		 427 aa  520  1e-146  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0635162  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4739  ABC transporter substrate-binding protein  63.8 
 
 		 426 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3943  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  62.41 
 
 		 420 aa  514  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.627454  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1010  twin-arginine translocation pathway signal  59.9 
 
 		 431 aa  508  1e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617003  hitchhiker  0.00435801 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5902  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  59.04 
 
 		 433 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5257  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  58.67 
 
 		 431 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.726657 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1361  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  58.81 
 
 		 431 aa  501  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.721333  normal  0.0486797 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3269  twin-arginine translocation pathway signal  58.8 
 
 		 429 aa  501  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3374  ABC transporter substrate-binding protein  58.94 
 
 		 415 aa  499  1e-140  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3534  twin-arginine translocation pathway signal  58.21 
 
 		 422 aa  492  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393147  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0208  twin-arginine translocation pathway signal  58.99 
 
 		 435 aa  489  1e-137  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0825185 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2893  putative ABC transporter substrate-binding protein  58.92 
 
 		 429 aa  491  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2472  twin-arginine translocation pathway signal  57.49 
 
 		 433 aa  488  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1905  putative ABC transporter substrate-binding protein  50.12 
 
 		 421 aa  432  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7129  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  45.58 
 
 		 435 aa  387  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1216  signal peptide prediction  38.37 
 
 		 428 aa  307  2.0000000000000002e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1002  hypothetical protein  38.64 
 
 		 412 aa  298  2e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.290932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3722  signal peptide prediction  35.63 
 
 		 435 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3931  hypothetical protein  36.25 
 
 		 398 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2912  signal peptide prediction  35.83 
 
 		 423 aa  277  2e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.511961 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5885  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  36.82 
 
 		 405 aa  275  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29258  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4197  hypothetical protein  35.38 
 
 		 398 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982148  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2087  hypothetical protein  36.1 
 
 		 396 aa  270  2.9999999999999997e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0716956 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01580  signal peptide prediction  35.53 
 
 		 427 aa  251  1e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0997  putative substrate-binding component of ABC transporter  32.47 
 
 		 406 aa  184  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.88303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5880  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  31.79 
 
 		 437 aa  182  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1052  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  27.83 
 
 		 389 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5836  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  27.44 
 
 		 392 aa  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.174731  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0815  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.88 
 
 		 348 aa  63.2  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2141  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.88 
 
 		 348 aa  63.2  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.315963  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4308  extracellular solute-binding protein  22.01 
 
 		 369 aa  52.8  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00256094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  21.37 
 
 		 360 aa  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  22.38 
 
 		 374 aa  50.8  0.00004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  22.76 
 
 		 351 aa  50.8  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  23.23 
 
 		 360 aa  50.4  0.00006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3955  twin-arginine translocation pathway signal  20.95 
 
 		 374 aa  50.4  0.00006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  20.07 
 
 		 345 aa  50.1  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  26.6 
 
 		 348 aa  49.7  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2854  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  28.4 
 
 		 367 aa  49.7  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404932  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  24.03 
 
 		 355 aa  49.7  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  22.9 
 
 		 360 aa  48.5  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  21.36 
 
 		 362 aa  47.8  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  21.13 
 
 		 366 aa  46.6  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 		 348 aa  44.7  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1581  putative ABC transport system, exported substrate-binding protein  20.77 
 
 		 452 aa  44.3  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1367  transcription factor jumonji, jmjC  23.53 
 
 		 365 aa  43.9  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 		 343 aa  44.3  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0098  ABC transport system, exported substrate-binding protein  20.77 
 
 		 343 aa  43.9  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0086  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein, putative  20.42 
 
 		 343 aa  43.1  0.009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.67 
 
 		 348 aa  43.1  0.01  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>