42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2486 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2486  hypothetical protein  100 
 
 		 204 aa  396  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2892  putative transmembrane protein  92.16 
 
 		 204 aa  363  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2655  hypothetical protein  76.96 
 
 		 206 aa  272  2.0000000000000002e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0995  hypothetical protein  58.99 
 
 		 204 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0244119  normal  0.470108 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1031  transmembrane protein  60.1 
 
 		 192 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.281068  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2016  rhomboid-like protein  30.43 
 
 		 218 aa  61.2  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2504  hypothetical protein  29.78 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2060  rhomboid family protein  29.31 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00283359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1088  integral membrane protein  30.46 
 
 		 186 aa  60.1  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3518  hypothetical protein  37.74 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00267741 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1915  rhomboid family protein  28.9 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2165  rhomboid family protein  28.9 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0257176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02194  membrane protein, Rhomboid family  29.74 
 
 		 194 aa  57  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.411202  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2553  rhomboid family protein  29.3 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0621154  normal  0.0170558 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1853  rhomboid family protein  31.84 
 
 		 188 aa  55.5  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.124866  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004038  membrane protein  32.1 
 
 		 183 aa  54.3  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.03896  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0888  rhomboid family protein  24.22 
 
 		 186 aa  54.3  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.86404 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2522  rhomboid family membrane protein  34.39 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2350  rhomboid family protein  32.26 
 
 		 200 aa  53.9  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0538538  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2047  rhomboid family protein  26.32 
 
 		 171 aa  53.5  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.285623  normal  0.248889 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2270  Rhomboid family protein  29.78 
 
 		 198 aa  52.8  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00653341  normal  0.491355 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4542  hypothetical protein  29.78 
 
 		 198 aa  52.8  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2256  rhomboid family protein  29.78 
 
 		 187 aa  52.8  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.18089  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2114  rhomboid family protein  29.78 
 
 		 198 aa  52.8  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00343017  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1467  hypothetical protein  34.04 
 
 		 211 aa  52  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3112  rhomboid family protein  31.74 
 
 		 199 aa  50.8  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0169  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 187 aa  50.8  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.406273  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2160  rhomboid family protein  29.21 
 
 		 198 aa  50.8  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0175034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01423  hypothetical protein  32.21 
 
 		 162 aa  50.1  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3691  hypothetical protein  26.74 
 
 		 237 aa  48.5  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.265806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2063  rhomboid family protein  26.63 
 
 		 194 aa  47.8  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0230  membrane protein, rhomboid family  46.15 
 
 		 193 aa  47.4  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1875  rhomboid family protein  30.77 
 
 		 209 aa  46.6  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0241  hypothetical protein  31.21 
 
 		 190 aa  46.2  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1567  hypothetical protein  28.57 
 
 		 183 aa  45.8  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.018833  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  27.17 
 
 		 190 aa  43.9  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  27.17 
 
 		 190 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  27.17 
 
 		 190 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  27.17 
 
 		 190 aa  43.9  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  27.17 
 
 		 190 aa  43.9  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0227  rhomboid family protein  25.3 
 
 		 182 aa  41.2  0.01  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1827  hypothetical protein  34.07 
 
 		 205 aa  41.2  0.01  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal  0.567455 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>