81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0804 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0804  hypothetical protein  100 
 
 		 127 aa  249  8.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0734  putative transmembrane protein  97.64 
 
 		 127 aa  233  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.106149  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0788  hypothetical protein  71.65 
 
 		 127 aa  183  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.784909 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0816  hypothetical protein  55.12 
 
 		 127 aa  121  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0838282 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0493  hypothetical protein  51.56 
 
 		 128 aa  120  8e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0831  transmembrane protein  56.69 
 
 		 128 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.212434  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4845  hypothetical protein  51.2 
 
 		 128 aa  117  7e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.126737  normal  0.62859 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4972  hypothetical protein  51.2 
 
 		 128 aa  117  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.567754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5021  hypothetical protein  50.4 
 
 		 128 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.850985 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5274  hypothetical protein  50.41 
 
 		 127 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0450  membrane protein-like protein  51.56 
 
 		 128 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0643  hypothetical protein  50 
 
 		 128 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07020  hypothetical protein  49.22 
 
 		 128 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2432  hypothetical protein  48.36 
 
 		 128 aa  105  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.687414  normal  0.0885444 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0321  membrane protein-like protein  49.18 
 
 		 123 aa  104  5e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0441228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1132  hypothetical protein  45.16 
 
 		 126 aa  103  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.202391  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1964  membrane protein-like  45.83 
 
 		 123 aa  102  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0661  hypothetical protein  46.67 
 
 		 152 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.850631  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3444  membrane protein-like protein  45.83 
 
 		 123 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.579203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2271  membrane protein-like  48.7 
 
 		 159 aa  101  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0752  hypothetical protein  46.28 
 
 		 243 aa  100  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2042  hypothetical protein  46.28 
 
 		 243 aa  100  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0294  membrane protein-like protein  45.9 
 
 		 123 aa  99.8  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1679  membrane protein-like protein  50.41 
 
 		 124 aa  99  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.384201 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1928  transmembrane protein  45 
 
 		 123 aa  97.8  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.696294  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4287  membrane protein-like  45 
 
 		 123 aa  97.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4079  membrane protein-like protein  45 
 
 		 123 aa  97.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0906  hypothetical protein  43.2 
 
 		 127 aa  97.4  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4503  membrane protein-like protein  44.17 
 
 		 123 aa  96.7  9e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.151573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3491  membrane protein-like protein  43.33 
 
 		 123 aa  96.3  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.314493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4798  hypothetical protein  47.29 
 
 		 133 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467764 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0380  hypothetical protein  47.29 
 
 		 133 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2647  hypothetical protein  42.86 
 
 		 153 aa  95.9  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00167697 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3977  membrane protein-like protein  43.33 
 
 		 123 aa  95.1  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109107  normal  0.438253 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2333  membrane protein-like protein  41.8 
 
 		 130 aa  90.1  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.632219  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2347  membrane protein-like protein  47.5 
 
 		 135 aa  88.2  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3416  hypothetical protein  42.19 
 
 		 131 aa  88.6  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1510  membrane protein-like protein  47.5 
 
 		 131 aa  87.8  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1356  hypothetical protein  38.17 
 
 		 135 aa  87  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0636538 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2496  membrane protein-like protein  42.64 
 
 		 130 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.040419  normal  0.199912 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0927  hypothetical protein  40.62 
 
 		 132 aa  85.1  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3353  hypothetical protein  42.4 
 
 		 127 aa  85.1  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1621  hypothetical protein  42.19 
 
 		 133 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183989  normal  0.047816 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2164  hypothetical protein  40.52 
 
 		 128 aa  84.7  4e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1010  hypothetical protein  42.4 
 
 		 127 aa  84.3  5e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1022  hypothetical protein  42.4 
 
 		 127 aa  84.3  5e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.833543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0720  hypothetical protein  44.25 
 
 		 128 aa  83.6  8e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3004  hypothetical protein  41.6 
 
 		 127 aa  83.6  8e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.182987  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3708  hypothetical protein  40.8 
 
 		 127 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0988  hypothetical protein  41.6 
 
 		 127 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2191  hypothetical protein  39.66 
 
 		 128 aa  82.4  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3269  hypothetical protein  40 
 
 		 127 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3728  hypothetical protein  39.82 
 
 		 127 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.04039  normal  0.0800584 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3173  hypothetical protein  40.16 
 
 		 127 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0936  hypothetical protein  42.31 
 
 		 127 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000828174  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0849  hypothetical protein  39.2 
 
 		 127 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2531  hypothetical protein  45.3 
 
 		 133 aa  79.3  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.247104  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2866  hypothetical protein  36 
 
 		 127 aa  79  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4078  hypothetical protein  35.2 
 
 		 127 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000581683  normal  0.367426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3371  hypothetical protein  38.05 
 
 		 127 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.994357  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1222  hypothetical protein  43.96 
 
 		 128 aa  71.6  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4900  membrane protein-like protein  52.63 
 
 		 143 aa  71.2  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2308  hypothetical protein  39.5 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.868044 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2325  membrane protein-like protein  41.67 
 
 		 141 aa  65.5  0.0000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.540964 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2000  hypothetical protein  41.13 
 
 		 131 aa  63.5  0.0000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2005  hypothetical protein  40.34 
 
 		 141 aa  60.1  0.000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02203  hypothetical protein  31.45 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2885  hypothetical protein  34.02 
 
 		 129 aa  55.8  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.241636  normal  0.197361 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2623  inner membrane protein  32.73 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0963  inner membrane protein  32.73 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0835  inner membrane protein  34.65 
 
 		 136 aa  52.4  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.149897 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3506  inner membrane protein  32 
 
 		 136 aa  51.6  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.701287  normal  0.583809 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0552  inner membrane protein  27.08 
 
 		 130 aa  49.7  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.642383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2214  hypothetical protein  38.78 
 
 		 129 aa  50.1  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.843648  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2744  hypothetical protein  33.33 
 
 		 140 aa  47.8  0.00005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.200077 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1672  hypothetical protein  31.01 
 
 		 128 aa  47  0.00008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.50162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1826  hypothetical protein  37.19 
 
 		 135 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1852  hypothetical protein  37.19 
 
 		 135 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4119  hypothetical protein  34.38 
 
 		 139 aa  44.7  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0887  hypothetical protein  31.75 
 
 		 128 aa  43.5  0.0009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2145  inner membrane protein  30.58 
 
 		 133 aa  42.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>