More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1634 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
294 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0230  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  92.52 
 
 
292 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3435  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.59 
 
 
287 aa  382  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.185404  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.55 
 
 
289 aa  250  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.38 
 
 
280 aa  250  2e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.16 
 
 
299 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.36 
 
 
296 aa  242  5e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.52 
 
 
294 aa  240  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.73 
 
 
311 aa  239  5e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.16 
 
 
290 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.17 
 
 
299 aa  238  1e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.04 
 
 
298 aa  238  1e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.2 
 
 
298 aa  237  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.6 
 
 
300 aa  237  1e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  43.53 
 
 
299 aa  237  2e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  43.53 
 
 
299 aa  237  2e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  43.53 
 
 
299 aa  237  2e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  43.53 
 
 
299 aa  237  2e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  43.53 
 
 
299 aa  237  2e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.45 
 
 
294 aa  236  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.82 
 
 
299 aa  236  4e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.91 
 
 
299 aa  235  6e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  51 
 
 
285 aa  235  7e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.76 
 
 
287 aa  234  9e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  44.52 
 
 
300 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 
301 aa  231  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.86 
 
 
303 aa  229  3e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.42 
 
 
301 aa  230  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  43.86 
 
 
303 aa  229  3e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  43.86 
 
 
303 aa  229  3e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  43.86 
 
 
303 aa  229  3e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  43.51 
 
 
303 aa  229  5e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.51 
 
 
303 aa  229  5e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  43.51 
 
 
303 aa  229  5e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  43.86 
 
 
303 aa  229  5e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 
297 aa  228  7e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.68 
 
 
313 aa  228  8e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  46.69 
 
 
303 aa  228  8e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.73 
 
 
303 aa  228  1e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.36 
 
 
284 aa  227  2e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.6 
 
 
300 aa  227  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.31 
 
 
304 aa  226  3e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.52 
 
 
300 aa  226  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.52 
 
 
300 aa  226  3e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.27 
 
 
277 aa  226  3e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
301 aa  225  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.26 
 
 
290 aa  225  5.0000000000000005e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.118139  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.26 
 
 
291 aa  225  7e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.64 
 
 
297 aa  225  8e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.29 
 
 
301 aa  224  9e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
280 aa  225  9e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.64 
 
 
297 aa  224  9e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.94 
 
 
291 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.12 
 
 
303 aa  224  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  44.29 
 
 
297 aa  224  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.93 
 
 
297 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.93 
 
 
297 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  44.75 
 
 
303 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.84 
 
 
280 aa  224  2e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  47.69 
 
 
321 aa  224  2e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  44.75 
 
 
303 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  44.75 
 
 
303 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  44.75 
 
 
303 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.78 
 
 
285 aa  223  2e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  44.75 
 
 
303 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.57 
 
 
297 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.29 
 
 
300 aa  223  4e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.56 
 
 
285 aa  223  4e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  45.35 
 
 
299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 
301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.44 
 
 
310 aa  222  6e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.06 
 
 
296 aa  222  6e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.33 
 
 
300 aa  222  7e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  49.59 
 
 
282 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.84 
 
 
302 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  43.84 
 
 
302 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.84 
 
 
302 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  44.06 
 
 
279 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  43.84 
 
 
302 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.84 
 
 
302 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  43.84 
 
 
302 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  43.84 
 
 
302 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.33 
 
 
278 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.96 
 
 
299 aa  219  3e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  41.85 
 
 
301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.47 
 
 
307 aa  219  5e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
308 aa  219  5e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.76 
 
 
306 aa  218  7e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.15 
 
 
284 aa  218  7.999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  45.65 
 
 
276 aa  218  7.999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.27 
 
 
280 aa  218  8.999999999999998e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.19 
 
 
299 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.36 
 
 
307 aa  217  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0838  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  48.37 
 
 
301 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00766751  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.69 
 
 
300 aa  216  5e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  46.39 
 
 
867 aa  216  5e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  42.64 
 
 
284 aa  215  5.9999999999999996e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.47 
 
 
280 aa  215  5.9999999999999996e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.1 
 
 
300 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  44.57 
 
 
300 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>