280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4105 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_6150  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  83.75 
 
 
714 aa  1264    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.353308 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1018  acetone carboxylase, beta subunit  91.56 
 
 
715 aa  1353    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6172  acetone carboxylase, beta subunit  93 
 
 
714 aa  1387    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1778  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  50.64 
 
 
715 aa  721    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2091  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  50.85 
 
 
715 aa  724    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3605  hydantoinase/oxoprolinase  69.86 
 
 
717 aa  1036    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.995812  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20910  Acetone carboxylase beta subunit; AcxA  83.17 
 
 
717 aa  1246    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.746979  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4105  acetone carboxylase subunit beta  100 
 
 
722 aa  1491    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3471  Hydantoinase/oxoprolinase  90.07 
 
 
716 aa  1339    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3509  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  69.92 
 
 
717 aa  1014    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0697266  normal  0.425504 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0943  hydantoinase/oxoprolinase  79.86 
 
 
715 aa  1197    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1031  acetone carboxylase, beta subunit  68.74 
 
 
717 aa  1008    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.860062  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5523  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  70.34 
 
 
717 aa  1031    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.089614 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4263  hydantoinase/oxoprolinase  69.05 
 
 
723 aa  1031    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3717  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.03 
 
 
709 aa  499  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112806  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1848  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.87 
 
 
726 aa  319  1e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0551032  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2239  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.31 
 
 
708 aa  283  6.000000000000001e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0220335 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5622  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.59 
 
 
706 aa  281  3e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.49803 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2130  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.47 
 
 
687 aa  278  2e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11390  acetophenone carboxylase  27.26 
 
 
711 aa  276  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1151  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.35 
 
 
710 aa  272  1e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0498  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.37 
 
 
704 aa  269  1e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.530751  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4898  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.1 
 
 
709 aa  268  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.466599  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3097  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.33 
 
 
702 aa  263  8.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364987  normal  0.554031 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2368  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.86 
 
 
680 aa  263  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.773275  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1833  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.45 
 
 
731 aa  261  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.995863 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1245  Hydantoinase/oxoprolinase  31.3 
 
 
679 aa  261  3e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529227  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1967  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.45 
 
 
683 aa  260  7e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.471219  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5243  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.13 
 
 
765 aa  260  7e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1163  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.43 
 
 
711 aa  260  8e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1206  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.78 
 
 
725 aa  259  1e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128177  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2507  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.41 
 
 
708 aa  259  1e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0475  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.91 
 
 
680 aa  256  8e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2035  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.44 
 
 
701 aa  256  1.0000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4360  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.73 
 
 
708 aa  254  3e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4408  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.18 
 
 
711 aa  254  6e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1449  acetone carboxylase beta subunit  26.58 
 
 
712 aa  253  1e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.667418 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.05 
 
 
694 aa  252  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.858122  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.9 
 
 
694 aa  251  4e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0560  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.13 
 
 
657 aa  251  4e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.341867  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3515  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.47 
 
 
694 aa  250  8e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113195  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4697  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.06 
 
 
692 aa  249  9e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599265  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8320  hydantoin utilization protein  29.79 
 
 
676 aa  248  4e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5632  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.25 
 
 
698 aa  247  6e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0796839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.47 
 
 
694 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3957  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.82 
 
 
674 aa  244  3e-63  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1063  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.15 
 
 
663 aa  244  3.9999999999999997e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.39661  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1519  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.61 
 
 
690 aa  244  3.9999999999999997e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1559  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.18 
 
 
680 aa  244  6e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.63787  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4581  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.56 
 
 
690 aa  241  2.9999999999999997e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3115  Hydantoinase/oxoprolinase  29.25 
 
 
686 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3601  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.38 
 
 
682 aa  240  8e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2447  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.97 
 
 
683 aa  240  9e-62  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4353  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.04 
 
 
692 aa  239  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3091  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.06 
 
 
681 aa  238  3e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.435048  normal  0.0725739 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9128  hydantoin utilization protein  29.52 
 
 
680 aa  238  4e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2209  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.97 
 
 
690 aa  238  4e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.454656  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1980  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.53 
 
 
693 aa  235  3e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8176  hydantoin utilization protein  27.17 
 
 
681 aa  232  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6536  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.13 
 
 
678 aa  231  4e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.234426 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2299  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.96 
 
 
694 aa  231  5e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.375878  normal  0.208319 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4085  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.55 
 
 
706 aa  230  6e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5988  N-methylhydantoinase A (Hydantoin utilization protein A)  29.25 
 
 
685 aa  230  6e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.553202  normal  0.148202 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3493  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.82 
 
 
681 aa  229  1e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.875843  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6272  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.08 
 
 
687 aa  228  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.106273 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4193  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.77 
 
 
765 aa  228  2e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3765  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.81 
 
 
690 aa  229  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.32896  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4047  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.23 
 
 
676 aa  228  4e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0166577  decreased coverage  0.00142198 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3641  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.45 
 
 
676 aa  228  4e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4226  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.81 
 
 
690 aa  227  6e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3103  N-methylhydantoinase A/acetone carboxylase, beta subunit  29.28 
 
 
660 aa  227  7e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.133099  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3664  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.47 
 
 
691 aa  225  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00438442 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6260  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.07 
 
 
691 aa  224  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00292738  normal  0.765217 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.12 
 
 
684 aa  224  3e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4325  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.73 
 
 
691 aa  224  6e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.79538  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1935  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.81 
 
 
690 aa  223  9e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6595  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.93 
 
 
674 aa  220  7e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2860  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.67 
 
 
684 aa  219  1e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5220  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.13 
 
 
680 aa  219  1e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.46382  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0803  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.76 
 
 
684 aa  218  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148951  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4143  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.4 
 
 
702 aa  217  7e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3416  Hydantoinase/oxoprolinase  28.83 
 
 
698 aa  216  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1876  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.37 
 
 
690 aa  215  1.9999999999999998e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0377  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.49 
 
 
676 aa  213  7e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5474  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.76 
 
 
692 aa  212  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2647  hydantoinase/oxoprolinase  28.53 
 
 
678 aa  212  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2226  5-oxoprolinase  26.84 
 
 
680 aa  210  9e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460045  normal  0.133433 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0371  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.11 
 
 
707 aa  209  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8488  Hydantoinase/oxoprolinase  26.47 
 
 
682 aa  209  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.593385  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4426  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.89 
 
 
692 aa  207  5e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2083  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.47 
 
 
712 aa  206  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.359641  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1913  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.26 
 
 
684 aa  205  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0388506 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3811  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.41 
 
 
693 aa  205  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0144893 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1577  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.63 
 
 
739 aa  204  3e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3568  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.31 
 
 
701 aa  204  4e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01100  hypothetical 5-oxoprolinase (Eurofung)  28.17 
 
 
1355 aa  203  7e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0381114 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0079  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.32 
 
 
687 aa  202  1.9999999999999998e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2410  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.47 
 
 
658 aa  201  3.9999999999999996e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2850  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.06 
 
 
690 aa  201  5e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2208  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.59 
 
 
688 aa  199  1.0000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170446  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>