More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_2503 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_2503  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
70 aa  142  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.731962 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2208  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
70 aa  142  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5567  cold shock protein  87.14 
 
 
70 aa  128  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197261  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1620  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.26 
 
 
70 aa  119  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.246445 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2134  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.71 
 
 
70 aa  112  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895111  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2135  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.53 
 
 
70 aa  105  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24851  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3003  cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 
71 aa  104  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3156  cold shock protein  71.64 
 
 
71 aa  104  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2743  cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 
71 aa  104  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 
71 aa  103  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611476  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1650  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.29 
 
 
71 aa  98.6  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2873  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.77 
 
 
70 aa  98.6  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1514  cold-shock family protein  64.29 
 
 
71 aa  97.4  5e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1464  cold-shock family protein  64.29 
 
 
83 aa  97.4  5e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 
70 aa  96.3  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.662229 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1730  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.57 
 
 
71 aa  95.9  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.244991 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3148  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
71 aa  95.9  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0858327  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1364  cold-shock DNA-binding domain protein  58.57 
 
 
71 aa  95.5  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185476  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0899  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.57 
 
 
70 aa  95.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1283  cold-shock DNA-binding domain protein  57.14 
 
 
70 aa  94.4  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1179  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
70 aa  93.6  8e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.810409  normal  0.131975 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3947  cold-shock protein DNA-binding  60.61 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.246482 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4315  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0374104  normal  0.166197 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4422  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.369024 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6274  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.52 
 
 
69 aa  84.3  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517051  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0591  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.54 
 
 
68 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2024  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.54 
 
 
68 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
68 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.976411  normal  0.373537 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
68 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0495  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
68 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.309606 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4329  hypothetical protein  63.24 
 
 
68 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.208733 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 
67 aa  82  0.000000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1914  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 
68 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3436  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 
69 aa  81.3  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4258  hypothetical protein  63.16 
 
 
68 aa  81.3  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.321323  normal  0.982609 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2980  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.16 
 
 
73 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0073832  normal  0.0936276 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5163  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
67 aa  80.5  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160929  normal  0.551155 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  59.42 
 
 
67 aa  80.5  0.000000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2219  putative cold-shock DNA-binding domain protein  58.21 
 
 
68 aa  79.7  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3140  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.73 
 
 
68 aa  79.7  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.577228  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1345  cold-shock DNA-binding domain protein  63.16 
 
 
69 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.708004 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  57.58 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1952  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.4 
 
 
77 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3621  cold-shock DNA-binding protein  61.4 
 
 
77 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0841  cold-shock DNA-binding domain protein  56.06 
 
 
69 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  57.58 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  57.58 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  62.32 
 
 
67 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  57.58 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  55.22 
 
 
70 aa  79  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  57.58 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.38 
 
 
75 aa  79  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000214016  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1185  cold-shock protein DNA-binding  63.16 
 
 
69 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0202677 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  57.58 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.97 
 
 
67 aa  79  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  57.58 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  57.58 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  59.42 
 
 
67 aa  78.2  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  57.58 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3161  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161902  normal  0.108125 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.22 
 
 
70 aa  78.2  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5433  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
67 aa  78.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0949203  hitchhiker  0.00613475 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2904  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 
71 aa  78.6  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0532076  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0603  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.4 
 
 
68 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  57.58 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1913  cold shock-like protein CspC  57.58 
 
 
69 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000658  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01793  stress protein, member of the CspA-family  57.58 
 
 
69 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000145825  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  57.58 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  57.58 
 
 
69 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000376643  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2393  cold shock-like protein CspC  57.58 
 
 
69 aa  77.8  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1478  cold shock-like protein CspC  57.58 
 
 
69 aa  77.8  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000112944  normal  0.636634 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0009  cold-shock DNA-binding domain protein  57.35 
 
 
68 aa  78.2  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2038  cold shock-like protein CspC  57.58 
 
 
69 aa  77.8  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  57.58 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  57.58 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1365  cold shock-like protein CspC  57.58 
 
 
69 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000234098  normal  0.0150165 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1977  cold shock-like protein CspC  57.58 
 
 
69 aa  77.8  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000786929  normal  0.190727 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2051  cold shock-like protein CspC  57.58 
 
 
69 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000465967  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.47 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.392301 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  57.58 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1250  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 
71 aa  77.8  0.00000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.124236  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  57.58 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1981  cold shock-like protein CspC  57.58 
 
 
69 aa  77.8  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000173649  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.72 
 
 
67 aa  78.2  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  57.58 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2089  cold shock-like protein CspC  57.58 
 
 
69 aa  77.8  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.57783e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1294  cold shock-like protein CspC  57.58 
 
 
69 aa  77.8  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000632959  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2554  cold shock-like protein CspC  57.58 
 
 
69 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810099  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4290  hypothetical protein  59.65 
 
 
68 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01781  hypothetical protein  57.58 
 
 
69 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000220518  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 
70 aa  77.8  0.00000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  60 
 
 
70 aa  77.8  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  60 
 
 
70 aa  77.8  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  60 
 
 
70 aa  77.8  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  60 
 
 
70 aa  77.8  0.00000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  60 
 
 
70 aa  77.8  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  60 
 
 
70 aa  77.8  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  60 
 
 
70 aa  77.8  0.00000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  60 
 
 
70 aa  77.8  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  60 
 
 
70 aa  77.8  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>