More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3254 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3254  hypothetical protein  100 
 
 
172 aa  347  5e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3452  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  78.31 
 
 
165 aa  271  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3124  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  77.25 
 
 
170 aa  266  1e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3250  hypothetical protein  62.2 
 
 
165 aa  201  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.131239  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3418  thioredoxin-like protein  60.37 
 
 
166 aa  193  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.308929  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3769  redoxin domain-containing protein  37.31 
 
 
167 aa  94.4  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2426  hypothetical protein  34.35 
 
 
182 aa  92  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4714  thioredoxin-like  36.29 
 
 
162 aa  91.3  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000807969  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18200  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.97 
 
 
178 aa  78.6  0.00000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000397372  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1221  peroxiredoxin-like protein  30.77 
 
 
173 aa  75.5  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2452  thioredoxin family protein  30.94 
 
 
170 aa  75.5  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000374764  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08080  Peroxiredoxin  31.3 
 
 
190 aa  74.3  0.0000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000479463 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1321  thioredoxin family protein  31.62 
 
 
168 aa  73.2  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1959  redoxin domain-containing protein  31.3 
 
 
189 aa  73.2  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0329542  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1155  redoxin  35.14 
 
 
137 aa  72.4  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1533  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  25.81 
 
 
193 aa  72  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2203  redoxin domain-containing protein  36.59 
 
 
203 aa  72  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03730  thiol-disulfide isomerase-like thioredoxin  32.56 
 
 
212 aa  72  0.000000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0104824  normal  0.12424 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4573  Redoxin domain protein  30.22 
 
 
191 aa  70.9  0.000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2903  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  24.46 
 
 
184 aa  70.5  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6264  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.21 
 
 
173 aa  68.9  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.92814  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0525  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  23.36 
 
 
178 aa  68.6  0.00000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000136072  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3412  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.91 
 
 
169 aa  68.2  0.00000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3822  putative thioredoxin  25.83 
 
 
164 aa  67.8  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.644902  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1049  thioredoxin  28.66 
 
 
167 aa  67.4  0.00000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0240  Redoxin domain protein  26.71 
 
 
188 aa  67.4  0.00000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3474  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.51 
 
 
169 aa  67.4  0.00000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.163841 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0284  putative transmembrane protein  30.43 
 
 
178 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2682  thioredoxin  29.17 
 
 
183 aa  65.9  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3927  thioredoxin-like  31.19 
 
 
174 aa  66.2  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298512  normal  0.186192 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1898  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  25.83 
 
 
166 aa  66.2  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000277693  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0399  thiol-disulfide oxidoreductase  32.12 
 
 
174 aa  66.2  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0861  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.46 
 
 
189 aa  65.9  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.155376  hitchhiker  0.00638708 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1809  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  25.19 
 
 
174 aa  65.9  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1411  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  26.72 
 
 
180 aa  65.5  0.0000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1661  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  26.72 
 
 
192 aa  64.3  0.0000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1197  thiol-disulfide oxidoreductase  21.49 
 
 
173 aa  64.3  0.0000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0325  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.7 
 
 
189 aa  64.3  0.0000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0365546 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1561  thioredoxin  32.68 
 
 
164 aa  64.3  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00616006  normal  0.258468 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1098  thioredoxin family protein, putative  27.78 
 
 
184 aa  64.3  0.0000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00211486  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1493  redoxin domain-containing protein  27.64 
 
 
190 aa  64.3  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3817  thiol-disulfide oxidoreductase  21.49 
 
 
173 aa  64.3  0.0000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000518727 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0333  putative transmembrane protein  27.03 
 
 
213 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.847937  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1598  thiol-disulfide oxidoreductase  20.66 
 
 
173 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.966744  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1356  thiol-disulfide oxidoreductase  20.66 
 
 
173 aa  63.5  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3710  redoxin domain-containing protein  32.81 
 
 
218 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0181  alkyl hydroperoxide reductase  29.06 
 
 
183 aa  63.5  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0243778  normal  0.461108 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1566  thiol-disulfide oxidoreductase  22.41 
 
 
173 aa  63.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.62392e-19 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1234  redoxin domain-containing protein  30 
 
 
167 aa  63.5  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0051  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  26.67 
 
 
178 aa  63.5  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.523254  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0228  redoxin domain-containing protein  25.47 
 
 
174 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.454071  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5347  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.81 
 
 
223 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0233  Redoxin domain protein  27.73 
 
 
178 aa  62.8  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.972798  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1383  thiol-disulfide oxidoreductase  22.41 
 
 
173 aa  63.2  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1355  thiol-disulfide oxidoreductase  22.41 
 
 
173 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3204  thioredoxin family protein, putative  29.03 
 
 
180 aa  62.8  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00906791 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1435  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  26.47 
 
 
206 aa  62.8  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.739092  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0049  Redoxin domain protein  28.35 
 
 
180 aa  63.2  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1528  thiol-disulfide oxidoreductase  22.41 
 
 
173 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1494  thiol-disulfide oxidoreductase  22.41 
 
 
173 aa  63.2  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0685  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.33 
 
 
203 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1890  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  26.03 
 
 
171 aa  63.2  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.326681  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5664  redoxin domain-containing protein  32.81 
 
 
223 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0705  redoxin domain-containing protein  33.33 
 
 
203 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.106229 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0692  redoxin  33.33 
 
 
203 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.988682  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0547  peroxiredoxin-like protein  26.52 
 
 
168 aa  62.8  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2921  Thiol-disulfide isomerase/thioredoxin-like  30.71 
 
 
269 aa  62  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.253355  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04460  methionine-R-sulfoxide reductase/methionine-S-sulfoxide reductase  27.46 
 
 
735 aa  62.4  0.000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.361205  normal  0.714911 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0746  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.77 
 
 
200 aa  62.4  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.204935  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3043  thioredoxin family protein  30.28 
 
 
433 aa  62.8  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3231  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.71 
 
 
160 aa  62.4  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0496837 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0022  thiol:disulfide interchange protein, thioredoxin family protein  28.8 
 
 
175 aa  62  0.000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.117242 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2812  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.55 
 
 
240 aa  62  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3802  redoxin domain-containing protein  32.03 
 
 
278 aa  62  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0196  Redoxin domain protein  25.3 
 
 
185 aa  62  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0104775 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0284  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.06 
 
 
188 aa  61.6  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.503124  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4046  redoxin domain-containing protein  29.53 
 
 
166 aa  61.2  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205313 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1839  cytochrome C biogenesis protein  31.2 
 
 
162 aa  61.2  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0573703  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1223  hypothetical protein  25.33 
 
 
172 aa  61.2  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0030  Redoxin domain protein  27.16 
 
 
179 aa  61.2  0.000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0190  Redoxin domain protein  25.56 
 
 
186 aa  61.2  0.000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.968687  normal  0.596413 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1257  resA domain-containing protein  30.63 
 
 
165 aa  61.2  0.000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0856  redoxin domain-containing protein  28.57 
 
 
195 aa  61.2  0.000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0694544 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1647  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.69 
 
 
184 aa  61.2  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.227241  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4515  Redoxin domain protein  32.71 
 
 
182 aa  60.8  0.000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.706217  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1627  thioredoxin family protein  26.98 
 
 
184 aa  60.8  0.000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000123929  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1829  thioredoxin family protein  26.98 
 
 
184 aa  60.8  0.000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1597  thioredoxin family protein  26.98 
 
 
184 aa  60.8  0.000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0109831  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1852  thioredoxin family protein  26.98 
 
 
184 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.056942  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2222  thiol-disulfide oxidoreductase  28.24 
 
 
174 aa  60.5  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000493791  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3638  ahpC/TSA family protein  23.4 
 
 
191 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00315479  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0521  Redoxin domain protein  24.37 
 
 
176 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.037804  normal  0.85402 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10537  thioredoxin  34.68 
 
 
216 aa  60.5  0.00000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.154005  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5382  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.34 
 
 
240 aa  60.1  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3720  ahpC/TSA family protein  24.11 
 
 
191 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1634  thiol-disulfide oxidoreductase  19.83 
 
 
173 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1904  thioredoxin family protein  26.98 
 
 
184 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000368388  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4236  redoxin domain protein  30.72 
 
 
278 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1396  thiol-disulfide oxidoreductase  19.83 
 
 
173 aa  59.3  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2276  Redoxin domain protein  26.36 
 
 
171 aa  59.7  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>