40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3193 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2287  methyltransferase type 11  90.95 
 
 		 688 aa  1296    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0245071  normal  0.708351 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3456  methyltransferase type 11  81.54 
 
 		 698 aa  1193    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0101492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3193  methyltransferase type 11  100 
 
 		 689 aa  1427    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.212638  normal  0.208503 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1533  amine oxidase  75.18 
 
 		 682 aa  1104    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.799563  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3685  amine oxidase  86.05 
 
 		 687 aa  1249    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.336746  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5079  hypothetical protein  78 
 
 		 687 aa  1138    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0326804 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1545  amine oxidase  43.17 
 
 		 732 aa  576  1.0000000000000001e-163  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6705  Methyltransferase type 11  30.43 
 
 		 810 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5641  putative S-adenosyl-L-methionine (SAM)-dependent methyltransferase  31.61 
 
 		 220 aa  52.4  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.772214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2016  Methyltransferase type 11  30.86 
 
 		 276 aa  51.6  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.544717 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2098  amine oxidase, flavin-containing  22.71 
 
 		 490 aa  51.6  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1876  amine oxidase flavin-containing  22.43 
 
 		 482 aa  51.6  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1830  amine oxidase, flavin-containing  22.43 
 
 		 482 aa  51.6  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2018  amine oxidase, flavin-containing  22.43 
 
 		 482 aa  51.6  0.00005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2053  amine oxidase, flavin-containing  22.43 
 
 		 487 aa  51.6  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3477  Methyltransferase type 11  37.04 
 
 		 187 aa  50.4  0.00009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.124831  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2020  amine oxidase, flavin-containing  22.63 
 
 		 487 aa  49.3  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1846  amine oxidase, flavin-containing  21.78 
 
 		 485 aa  48.9  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.921085  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5972  amine oxidase  39.56 
 
 		 349 aa  48.5  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.824241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3289  amine oxidase, flavin-containing  22.22 
 
 		 487 aa  48.9  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2502  amine oxidase  47.73 
 
 		 557 aa  47.8  0.0007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2131  amine oxidase, flavin-containing  21.55 
 
 		 490 aa  47.8  0.0007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.764398  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1366  protoporphyrinogen oxidase  57.5 
 
 		 482 aa  47.4  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.409095  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1880  amine oxidase  21.94 
 
 		 490 aa  47  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.277928  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2850  methylase  27.21 
 
 		 235 aa  46.2  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00782865  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1553  protoporphyrinogen oxidase  24.66 
 
 		 473 aa  46.2  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4447  Methyltransferase type 11  26.71 
 
 		 219 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1178  amine oxidase  19.9 
 
 		 454 aa  46.2  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0392628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0696  methyltransferase  32.61 
 
 		 217 aa  45.4  0.003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57813  predicted protein  39.44 
 
 		 494 aa  45.8  0.003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.266253  normal  0.196096 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6784  protoporphyrinogen oxidase  51.22 
 
 		 488 aa  45.4  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.429215 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2889  Protoporphyrinogen oxidase-like protein  32.5 
 
 		 496 aa  45.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.693571  normal  0.756055 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3571  amine oxidase  34 
 
 		 461 aa  45.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.689303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1885  protoporphyrinogen oxidase  57.14 
 
 		 466 aa  44.7  0.006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000633111  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0801  putative methyltransferase  32.61 
 
 		 217 aa  44.7  0.006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1919  protoporphyrinogen oxidase  57.14 
 
 		 466 aa  44.7  0.006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00206772  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1249  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  52.63 
 
 		 1073 aa  44.3  0.007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0309731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3809  SAM binding protein  26.8 
 
 		 219 aa  44.3  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.914048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1193  Methyltransferase type 11  37.63 
 
 		 215 aa  44.3  0.008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0170367  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5205  amine oxidase  46.15 
 
 		 565 aa  43.9  0.01  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>