More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1049 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0946  Iron-containing alcohol dehydrogenase  83.04 
 
 
395 aa  641    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1049  iron-containing alcohol dehydrogenase  100 
 
 
414 aa  822    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1767  iron-containing alcohol dehydrogenase  64.99 
 
 
395 aa  501  1e-141  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000492004  normal  0.76767 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1004  iron-containing alcohol dehydrogenase  44.16 
 
 
383 aa  322  6e-87  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1273  iron-containing alcohol dehydrogenase  46.04 
 
 
397 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1485  iron-containing alcohol dehydrogenase  44.81 
 
 
407 aa  300  3e-80  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.593755  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1246  iron-containing alcohol dehydrogenase  42.6 
 
 
393 aa  295  7e-79  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.404887  normal  0.363683 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0888  alcohol dehydrogenase, iron-containing  42.09 
 
 
402 aa  291  1e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.867893  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1426  iron-containing alcohol dehydrogenase  43.04 
 
 
396 aa  289  5.0000000000000004e-77  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0211  Iron-containing alcohol dehydrogenase  43.42 
 
 
395 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1636  iron-containing alcohol dehydrogenase  43.51 
 
 
390 aa  243  7e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.262392  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0253  iron-containing alcohol dehydrogenase  43.44 
 
 
384 aa  226  8e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0492  iron-containing alcohol dehydrogenase  40.3 
 
 
384 aa  219  1e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0717  iron-containing alcohol dehydrogenase  33.76 
 
 
422 aa  207  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2617  iron-containing alcohol dehydrogenase  38.56 
 
 
377 aa  207  3e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.465254  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1319  iron-containing alcohol dehydrogenase  42.89 
 
 
380 aa  203  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.256005  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2661  Iron-containing alcohol dehydrogenase  42.39 
 
 
380 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0534  iron-containing alcohol dehydrogenase  40.93 
 
 
378 aa  192  1e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.334737  hitchhiker  0.0000192772 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02634  alcohol dehydrogenase  32.65 
 
 
414 aa  186  5e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1199  iron-containing alcohol dehydrogenase  41.67 
 
 
380 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003761  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.96 
 
 
414 aa  179  7e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0152546  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2802  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.85 
 
 
395 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4097  iron-containing alcohol dehydrogenase  34.51 
 
 
387 aa  171  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.244199  normal  0.516922 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2252  alcohol dehydrogenase, iron-containing  29 
 
 
400 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.366861  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_24600  predicted protein  32.77 
 
 
413 aa  167  2e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.366572  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2334  alcohol dehydrogenase, iron-containing  28.72 
 
 
400 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0717342  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2066  alcohol dehydrogenase, iron-containing  28.97 
 
 
400 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.904837  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2006  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.97 
 
 
400 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.857021  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2250  alcohol dehydrogenase, iron-containing  28.97 
 
 
400 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32939e-26 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0140  iron-containing alcohol dehydrogenase  35.77 
 
 
399 aa  164  3e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2005  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.72 
 
 
400 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000571381  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1632  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.98 
 
 
383 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3348  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.45 
 
 
386 aa  162  8.000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.51164  normal  0.478769 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1628  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.64 
 
 
398 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.197511  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2222  alcohol dehydrogenase  28.97 
 
 
392 aa  162  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.662473  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0740  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.3 
 
 
395 aa  158  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1166  iron-containing alcohol dehydrogenase  34.06 
 
 
382 aa  157  3e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.020336  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13900  Iron-containing alcohol dehydrogenase  33.24 
 
 
386 aa  157  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00279166  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0441  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.17 
 
 
399 aa  157  3e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3225  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.58 
 
 
382 aa  157  3e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.470368  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3781  iron-containing alcohol dehydrogenase  35.52 
 
 
384 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1776  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.67 
 
 
383 aa  155  9e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.137736  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0599  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.22 
 
 
393 aa  154  2e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.155589  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1279  iron-containing alcohol dehydrogenase  33.77 
 
 
384 aa  154  2e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00932196  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1233  iron-containing alcohol dehydrogenase  37.18 
 
 
387 aa  152  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0415  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.77 
 
 
385 aa  152  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00838464  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0826  iron-containing alcohol dehydrogenase  34.75 
 
 
392 aa  151  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3121  alcohol dehydrogenase, iron-containing  28.61 
 
 
400 aa  150  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000481233 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2204  alcohol dehydrogenase, iron-containing  28.61 
 
 
400 aa  150  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6952  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.74 
 
 
388 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0618427  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0668  iron-containing alcohol dehydrogenase  34.92 
 
 
383 aa  150  4e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2506  alcohol dehydrogenase, class IV  32.27 
 
 
387 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.75007e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0611  iron-containing alcohol dehydrogenase  36.07 
 
 
375 aa  149  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0423  bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase  29.85 
 
 
873 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2047  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.5 
 
 
400 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0159898  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1719  iron-containing alcohol dehydrogenase  33.33 
 
 
390 aa  147  3e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.614663 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1046  iron-containing alcohol dehydrogenase  33.92 
 
 
382 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1481  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.62 
 
 
382 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2279  iron-containing alcohol dehydrogenase  43.33 
 
 
374 aa  146  7.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3781  iron-containing alcohol dehydrogenase  37.19 
 
 
397 aa  146  7.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0115621 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1536  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.23 
 
 
388 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6293  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.23 
 
 
388 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.488488 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5965  iron-containing alcohol dehydrogenase  34.23 
 
 
388 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1609  alcohol dehydrogenase  32.43 
 
 
382 aa  145  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0257  alcohol dehydrogenase, class IV  30.75 
 
 
383 aa  145  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00437  Iron-containing alcohol dehydrogenase  37.28 
 
 
382 aa  145  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000107236  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0080  alcohol dehydrogenase, iron-containing  27.32 
 
 
384 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0627  bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase  29.38 
 
 
872 aa  144  3e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1990  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.65 
 
 
390 aa  142  8e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.352675  normal  0.0179199 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2277  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.88 
 
 
388 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2795  iron-containing alcohol dehydrogenase  33.09 
 
 
385 aa  142  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.281179  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4960  putative alcohol dehydrogenase  32.03 
 
 
383 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5121  Iron-containing alcohol dehydrogenase  37.88 
 
 
382 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.493266  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0554  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.14 
 
 
387 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3794  putative alcohol dehydrogenase  31.07 
 
 
383 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03444  predicted Fe-containing alcohol dehydrogenase  31.07 
 
 
383 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0119  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.07 
 
 
383 aa  140  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0717  alcohol dehydrogenase, iron-containing family protein  34.51 
 
 
382 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1050  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.85 
 
 
373 aa  140  3e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03395  hypothetical protein  31.07 
 
 
383 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4115  bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase  31.47 
 
 
867 aa  140  3e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0905  alcohol dehydrogenase, iron-containing family protein  34.51 
 
 
382 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.631296  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1823  alcohol dehydrogenase, iron-containing family protein  34.51 
 
 
382 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0124  putative alcohol dehydrogenase  31.07 
 
 
383 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3917  putative alcohol dehydrogenase  31.07 
 
 
383 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1646  putative NAD-dependent 4-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.51 
 
 
382 aa  141  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.627044  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4087  putative alcohol dehydrogenase  31.07 
 
 
383 aa  140  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1668  NAD-dependent 4-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.51 
 
 
382 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1435  alcohol dehydrogenase, iron-containing family protein  34.51 
 
 
382 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0755  bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase  35.23 
 
 
872 aa  140  3e-32  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000101238 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0445  alcohol dehydrogenase, iron-containing family protein  34.51 
 
 
382 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0174  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.66 
 
 
387 aa  140  3.9999999999999997e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249342  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1857  iron-containing alcohol dehydrogenase  33.43 
 
 
382 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.263837  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1552  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.93 
 
 
391 aa  140  3.9999999999999997e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2420  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.03 
 
 
387 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4004  putative alcohol dehydrogenase  31.77 
 
 
383 aa  140  4.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4594  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.29 
 
 
384 aa  139  7e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02110  bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase  29.83 
 
 
887 aa  139  7e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2962  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.55 
 
 
387 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.656985  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1935  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.9 
 
 
389 aa  139  7.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>