23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0216 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0216  transcription activator, effector binding  100 
 
 		 252 aa  497  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.05327  hitchhiker  0.00731322 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0513  transcription activator, effector binding  75.82 
 
 		 268 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0250  transcription activator effector binding  82.05 
 
 		 260 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.495724  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2777  transcription activator, effector binding  75.58 
 
 		 242 aa  267  8.999999999999999e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0772774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0371  hypothetical protein  76.77 
 
 		 240 aa  267  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.548098  normal  0.611025 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3576  transcription activator, effector binding  58.5 
 
 		 242 aa  265  4e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2841  transcription activator effector binding  39.35 
 
 		 249 aa  142  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.491142  normal  0.203894 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0182  transcription activator effector binding  45.64 
 
 		 236 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2946  transcription activator effector binding  37.82 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  hitchhiker  0.00143394 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3657  transcription activator effector binding  42.95 
 
 		 259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217912  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2719  transcription activator effector binding  36.97 
 
 		 257 aa  133  3e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0410  transcription activator effector binding  40.53 
 
 		 227 aa  130  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122194  normal  0.857811 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5334  transcription activator effector binding  40.58 
 
 		 255 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.313635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1851  transcription activator effector binding  39.15 
 
 		 241 aa  116  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.493771 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3021  transcription activator effector binding  35.64 
 
 		 219 aa  116  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2087  transcription activator effector binding  27.07 
 
 		 166 aa  51.2  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000102768 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1237  transcription activator, effector binding  26.77 
 
 		 267 aa  48.5  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal  0.923656 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2214  transcriptional activator ligand binding domain protein  27.21 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.307481  normal  0.371698 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07032  Chitin synthase A (EC 2.4.1.16)(Chitin-UDP acetyl-glucosaminyl transferase A)(Class-II chitin synthase A) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P30584]  37.68 
 
 		 1013 aa  46.2  0.0005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0754  transcription activator, effector binding  26.85 
 
 		 156 aa  44.7  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.287281  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  31.75 
 
 		 289 aa  42  0.008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0304  transcription activator, effector binding  23.73 
 
 		 158 aa  42  0.009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3847  transcriptional activator ligand binding domain protein  33.72 
 
 		 148 aa  42  0.01  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>