23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3581 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3581  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  100 
 
 		 189 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120182  normal  0.15942 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1985  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  80.43 
 
 		 190 aa  309  2e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.399446  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7097  TrapT family, dctQ subunit C4-dicarboxylate transport  72.56 
 
 		 169 aa  248  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.108267  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3914  TrapT family, DctQ subunit C4-dicarboxylate transport  67.52 
 
 		 174 aa  217  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3654  TRAP transporter DctQ family protein  29.69 
 
 		 170 aa  53.1  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.724435 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1524  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.68 
 
 		 186 aa  49.7  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0215474  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2752  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  40.38 
 
 		 180 aa  48.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4195  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.22 
 
 		 176 aa  48.1  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293358  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0694  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  41.67 
 
 		 180 aa  46.6  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.617853  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3221  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.81 
 
 		 225 aa  46.6  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000218018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2293  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.8 
 
 		 176 aa  46.2  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2002  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.15 
 
 		 162 aa  46.2  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0151036  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3154  TRAP transporter-DctQ subunit putative  31.25 
 
 		 182 aa  45.8  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3518  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.03 
 
 		 211 aa  45.4  0.0005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00174485 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3621  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.32 
 
 		 173 aa  44.3  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.767464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0333  hypothetical protein  23.01 
 
 		 175 aa  43.5  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2871  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  37.29 
 
 		 202 aa  43.1  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0130  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  26.8 
 
 		 173 aa  42.7  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0697  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.2 
 
 		 187 aa  42.4  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.940748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3769  hypothetical protein  23 
 
 		 179 aa  42.4  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0672  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.71 
 
 		 179 aa  42  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1415  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.27 
 
 		 168 aa  41.6  0.008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4620  hypothetical protein  28.21 
 
 		 199 aa  41.2  0.01  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.317809  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>