30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3246 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3246  putative signal peptide  100 
 
 		 296 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620994 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1344  putative signal peptide  41.08 
 
 		 294 aa  227  1e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4520  putative signal peptide  40.91 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.732087 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1259  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  38.73 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0181867 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5058  putative signal peptide  38.68 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0192886  normal  0.0905657 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1460  putative signal peptide  42.86 
 
 		 306 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00422609  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3351  hypothetical protein  40.29 
 
 		 293 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0824985  normal  0.65514 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1158  putative signal peptide  38.77 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3429  putative signal peptide  37.98 
 
 		 312 aa  170  3e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0005  hypothetical protein  33 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.489422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2725  meta-pathway phenol degradation-like protein  34.02 
 
 		 288 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2099  putative signal peptide  34.77 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00558021  normal  0.7383 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6545  hypothetical protein  33.1 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.688518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6259  hypothetical protein  33.1 
 
 		 298 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.486413 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3232  hypothetical protein  31.62 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.389417  normal  0.383811 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5137  hypothetical protein  39.17 
 
 		 282 aa  135  8e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.510015 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4081  hypothetical protein  31.27 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4285  hypothetical protein  31.27 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.46217  normal  0.974652 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2000  putative signal peptide  30.25 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3742  putative phenol degradation enzyme  31.87 
 
 		 287 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3016  phenol degradation enzyme  31.5 
 
 		 287 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2846  hypothetical protein  29.41 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15280  hypothetical protein  30.29 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0013273  hitchhiker  0.000000000000157451 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1344  hypothetical protein  30.29 
 
 		 298 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.43261  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0551  hypothetical protein  42.74 
 
 		 151 aa  87.4  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0319027  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0548  hypothetical protein  32.89 
 
 		 152 aa  75.5  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0826434  hitchhiker  0.00673364 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1758  hypothetical protein  26.96 
 
 		 306 aa  64.3  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404134  normal  0.0201554 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0885  hypothetical protein  28.65 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00140795  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0486  hypothetical protein  28.48 
 
 		 201 aa  53.9  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0628681  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2001  hypothetical protein  24.1 
 
 		 296 aa  52  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.949569  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>