17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2036 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2036  S-type pyocin domain-containing protein  100 
 
 		 578 aa  1180    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206193  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1035  colicin/pyosin nuclease family protein  49.3 
 
 		 459 aa  345  1e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0883  S-type Pyocin  48.17 
 
 		 678 aa  336  7.999999999999999e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.429643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4050  S-type pyocin domain-containing protein  45.83 
 
 		 612 aa  201  3.9999999999999996e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0495  S-type pyocin family protein  45.83 
 
 		 480 aa  199  7.999999999999999e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.21565  hitchhiker  0.00238856 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3426  hypothetical protein  44.96 
 
 		 386 aa  110  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.967185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4511  hypothetical protein  41.8 
 
 		 235 aa  95.9  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.533619 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0904  S-type Pyocin  32.39 
 
 		 731 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4651  S-type Pyocin  30.45 
 
 		 643 aa  88.2  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.139923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5397  S-type Pyocin  31.96 
 
 		 789 aa  87.8  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0784178  hitchhiker  0.00224956 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49520  pyocin killing protein  26.74 
 
 		 791 aa  60.8  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000524369  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1306  pyocin S-type Killer domain-containing protein  31.43 
 
 		 758 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13940  putative S-type pyocin protein  25.74 
 
 		 559 aa  54.7  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000194978  normal  0.0797703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3037  killer protein of pyocin S3  25.59 
 
 		 740 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3052  YD repeat-containing protein  32 
 
 		 2942 aa  46.2  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5232  pyocin/colicin protein, putative  30.69 
 
 		 655 aa  43.9  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0164  colicin/pyocin immunity family protein  31.36 
 
 		 601 aa  43.5  0.01  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.827155  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>