174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3212 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3212  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
144 aa  297  4e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.502813 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1980  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  65.49 
 
 
143 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00504481 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2936  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  64 
 
 
127 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6234  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  44.37 
 
 
151 aa  116  9e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.655235  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0987  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.85 
 
 
137 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.48 
 
 
135 aa  77.4  0.00000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0707  hypothetical protein  29.1 
 
 
139 aa  72.4  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.133766 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4979  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.81 
 
 
165 aa  72.8  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000257887 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2179  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.14 
 
 
153 aa  71.6  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.941254 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0409  hypothetical protein  31.39 
 
 
137 aa  70.9  0.000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.834181  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2904  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.1 
 
 
140 aa  69.7  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.347392  normal  0.579092 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0078  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.36 
 
 
139 aa  67.4  0.00000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.55179 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7100  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
124 aa  67.4  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.883539 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3468  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.79 
 
 
163 aa  67  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0414  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.58 
 
 
132 aa  65.9  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.69 
 
 
137 aa  65.9  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0500  hypothetical protein  28.69 
 
 
137 aa  65.9  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2827  putative lipoprotein  30.3 
 
 
139 aa  65.1  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0331828  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1659  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.75 
 
 
137 aa  65.5  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5956  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.08 
 
 
124 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.735238  normal  0.0554207 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3388  hypothetical protein  32.8 
 
 
135 aa  64.7  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0221  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
135 aa  64.3  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  28.93 
 
 
137 aa  63.2  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4168  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.84 
 
 
133 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3405  hypothetical protein  30.85 
 
 
115 aa  62.4  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.580988  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1511  hypothetical protein  24.81 
 
 
137 aa  61.6  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.401586  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  31.11 
 
 
129 aa  60.1  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.25 
 
 
129 aa  60.1  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1277  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.23 
 
 
130 aa  60.1  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0151455  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2171  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.5 
 
 
130 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0763  hypothetical protein  27.82 
 
 
148 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202538 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.48 
 
 
143 aa  58.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567755  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0451  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  23.48 
 
 
138 aa  58.5  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.333095  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0522  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.58 
 
 
124 aa  58.5  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.288111  normal  0.155331 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28950  hypothetical protein  31.93 
 
 
130 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.906248  hitchhiker  0.0000303722 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  30.83 
 
 
133 aa  58.5  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3511  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.82 
 
 
138 aa  58.2  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1962  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.66 
 
 
160 aa  58.2  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.72415  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0334  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.97 
 
 
134 aa  58.2  0.00000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0450  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.51 
 
 
134 aa  58.2  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000000104305  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3089  hypothetical protein  31.67 
 
 
130 aa  57.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.95 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.371874  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1327  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.5 
 
 
130 aa  57  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1801  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.77 
 
 
153 aa  57  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292489  hitchhiker  0.00074845 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2353  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.48 
 
 
143 aa  57  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0485749  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3850  hypothetical protein  29.17 
 
 
133 aa  56.6  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0189  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.1 
 
 
168 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.24 
 
 
153 aa  56.2  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124259  normal  0.831461 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2817  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
130 aa  56.6  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4350  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.77 
 
 
133 aa  56.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.300431 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4517  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.93 
 
 
150 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.463989  normal  0.0645739 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07594  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_2G15290)  27.97 
 
 
136 aa  55.8  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.651423 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1236  hypothetical protein  28.67 
 
 
164 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2597  hypothetical protein  28.67 
 
 
164 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2783  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.34 
 
 
133 aa  55.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0569406  hitchhiker  0.000528708 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0205  hypothetical protein  28.67 
 
 
164 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0478  hypothetical protein  28.67 
 
 
164 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0528952  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3816  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.83 
 
 
130 aa  56.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.496132  normal  0.533485 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1360  hypothetical protein  28.67 
 
 
164 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1094  hypothetical protein  28.67 
 
 
164 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171827  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4618  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.77 
 
 
133 aa  56.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.343456 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2092  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  23.91 
 
 
147 aa  55.1  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0175411  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0575  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.68 
 
 
162 aa  55.1  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0962204  hitchhiker  0.00000348554 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4252  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.09 
 
 
150 aa  54.7  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4052  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.25 
 
 
130 aa  54.7  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1891  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.58 
 
 
124 aa  54.7  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0984276 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4770  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.41 
 
 
128 aa  55.1  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.251226  normal  0.268537 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1573  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.03 
 
 
138 aa  54.3  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.112624  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0497  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.21 
 
 
130 aa  54.3  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3339  hypothetical protein  28.68 
 
 
137 aa  53.9  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1446  hypothetical protein  27.97 
 
 
164 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3911  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.41 
 
 
130 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0780  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.81 
 
 
156 aa  53.9  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.400966  normal  0.594391 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1406  hypothetical protein  28.47 
 
 
164 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.951325  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.5 
 
 
131 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2104  hypothetical protein  32.81 
 
 
156 aa  53.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.19996  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2364  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.89 
 
 
133 aa  53.1  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2806  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.58 
 
 
131 aa  53.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.22176  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0163  hypothetical protein  21.26 
 
 
135 aa  53.1  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.27 
 
 
136 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2041  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.57 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000392642 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0150  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.37 
 
 
135 aa  53.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0696937 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05940  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_1G03180)  25.74 
 
 
142 aa  52.8  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.5 
 
 
131 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3420  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.51 
 
 
154 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.124611 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.56 
 
 
136 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0854  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.57 
 
 
135 aa  52.8  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0321  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.17 
 
 
154 aa  52.4  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.457074  hitchhiker  0.00769864 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3558  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.37 
 
 
134 aa  52.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06309  hypothetical protein  27.27 
 
 
133 aa  52.8  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1655  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.33 
 
 
130 aa  52  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.290612  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10368  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G11530)  28.12 
 
 
141 aa  52  0.000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0141752 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4010  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.57 
 
 
130 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1578  hypothetical protein  28.57 
 
 
170 aa  52  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.418396  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1286  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.28 
 
 
136 aa  52  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.792681  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1676  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.75 
 
 
138 aa  52  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0508744  hitchhiker  0.000321542 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  26.15 
 
 
141 aa  51.6  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5167  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  24.39 
 
 
129 aa  52  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.578961 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.01 
 
 
137 aa  51.6  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267657  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  28.23 
 
 
126 aa  51.6  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>