235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0029 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_R0013  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00144283  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0029  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1116  tRNA-Trp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.493252  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4779  tRNA-Trp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159164  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0130  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.108428  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t013  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0031  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0032  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.648314  normal  0.932016 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0121  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000153016  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0030  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.327508  normal  0.923325 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0113  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0422602  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0101  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.0160972 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0106  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.375874  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t097  tRNA-Trp  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000384434  normal  0.0126807 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0107  tRNA-Trp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000447975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0110  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0033  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0301909  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0129  tRNA-Trp  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.121569  hitchhiker  0.00785763 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0135  tRNA-Trp  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000519252 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0034  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0026  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.200362  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0024  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0026  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0019  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0292581 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0029  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0016  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0028  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00207734  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0033  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.076955  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0013  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00037699  normal  0.0920861 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_003295  RS04716  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0715561 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0015  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139983  normal  0.133094 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna152  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.696171  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0069  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0048  tRNA-Trp  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3793  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000169604  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0161  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0037274  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0004  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000305052  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0003  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.7715 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0018  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0871425  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0058  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0567493  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0160  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00344423  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0050  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.601118 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0069  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.053758  normal  0.217962 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0056  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000539051  hitchhiker  0.00000061984 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0068  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.865421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3761  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0065  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0927155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0044  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0083  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.687227  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2454  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>