More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_R0003 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_R0003  16S ribosomal RNA  96.32 
 
 		 1495 bp  2527    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420138 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0008  16S ribosomal RNA  93.26 
 
 		 1494 bp  2099    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00811076  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0053  16S ribosomal RNA  93.65 
 
 		 1494 bp  2189    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000661064  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0048  16S ribosomal RNA  93.65 
 
 		 1494 bp  2189    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000451742  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0003  16S ribosomal RNA  93.26 
 
 		 1494 bp  2099    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000504408  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0049  16S ribosomal RNA  93.69 
 
 		 1363 bp  1951    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000340062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0052  16S ribosomal RNA  93.62 
 
 		 1364 bp  1927    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000418748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_r1  16S ribosomal RNA  93.25 
 
 		 1509 bp  2141    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0003  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1495 bp  2964    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0008  16S ribosomal RNA  96.32 
 
 		 1495 bp  2527    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.291877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0008  16S ribosomal RNA  92.66 
 
 		 1495 bp  2036    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00667028  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0003  16S ribosomal RNA  92.66 
 
 		 1495 bp  2036    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000311763  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0023  16S ribosomal RNA  92.6 
 
 		 1495 bp  2028    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0036  16S ribosomal RNA  80.22 
 
 		 1493 bp  452  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.594639  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0048  16S ribosomal RNA  80.22 
 
 		 1493 bp  452  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296528  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0020  16S ribosomal RNA  84.13 
 
 		 1504 bp  450  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0056  16S ribosomal RNA  84.13 
 
 		 1489 bp  450  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0021  16S ribosomal RNA  84.34 
 
 		 1541 bp  440  1e-121  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.877724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0085  16S ribosomal RNA  84.34 
 
 		 1541 bp  440  1e-121  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.444431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0078  16S ribosomal RNA  84.34 
 
 		 1541 bp  440  1e-121  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.202754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0001  16S ribosomal RNA  83.99 
 
 		 1519 bp  442  1e-121  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0079  16S ribosomal RNA  83.99 
 
 		 1501 bp  442  1e-121  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0028  16S ribosomal RNA  84.34 
 
 		 1541 bp  440  1e-121  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.129294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0059  16S ribosomal RNA  83.29 
 
 		 1533 bp  436  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000114912  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0016  16S ribosomal RNA  83.29 
 
 		 1533 bp  436  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000272502  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0041  16S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 1538 bp  436  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0625865  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0007  16S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 1538 bp  436  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0059  16S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 1538 bp  436  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000147893  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0001  16S ribosomal RNA  83.51 
 
 		 1535 bp  434  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000556781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0007  16S ribosomal RNA  83.51 
 
 		 1535 bp  434  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000706702  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0015  16S ribosomal RNA  83.51 
 
 		 1535 bp  434  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120948  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0044  16S ribosomal RNA  83.51 
 
 		 1533 bp  434  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000361532  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0107  16S ribosomal RNA  83.51 
 
 		 1535 bp  434  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0119  16S ribosomal RNA  83.51 
 
 		 1533 bp  434  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133633  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0127  16S ribosomal RNA  83.51 
 
 		 1535 bp  434  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0005  16S ribosomal RNA  84.19 
 
 		 1541 bp  432  1e-118  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0138974 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0011  16S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 1542 bp  430  1e-118  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0073  16S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 1542 bp  430  1e-118  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0034  16S ribosomal RNA  83.47 
 
 		 1543 bp  430  1e-118  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0312454  normal  0.359772 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0054  16S ribosomal RNA  83.47 
 
 		 1543 bp  430  1e-118  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.526981 
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  84.65 
 
 		 1548 bp  428  1e-117  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  84.65 
 
 		 1548 bp  428  1e-117  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0006  16S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 1533 bp  428  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000147722  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0056  16S ribosomal RNA  83.31 
 
 		 1536 bp  418  1e-114  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.67305 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0027  16S ribosomal RNA  83.31 
 
 		 1536 bp  418  1e-114  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.075558 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0034  16S ribosomal RNA  83.31 
 
 		 1536 bp  418  1e-114  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0122  16S ribosomal RNA  83.24 
 
 		 1535 bp  418  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0472105  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0062  16S ribosomal RNA  83.31 
 
 		 1536 bp  418  1e-114  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0128  16S ribosomal RNA  83.29 
 
 		 1535 bp  414  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000157224  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0133  16S ribosomal RNA  83.29 
 
 		 1535 bp  414  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000510938  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0121  16S ribosomal RNA  83.29 
 
 		 1535 bp  414  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000475957  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0027  16S ribosomal RNA  83.29 
 
 		 1535 bp  414  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000222685  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0061  16S ribosomal RNA  83.29 
 
 		 1535 bp  414  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000486947  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0030  16S ribosomal RNA  83.29 
 
 		 1535 bp  414  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000656968  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0013  16S ribosomal RNA  83.29 
 
 		 1535 bp  414  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000146432  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0004  16S ribosomal RNA  83.29 
 
 		 1535 bp  414  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000248814  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0001  16S ribosomal RNA  83.29 
 
 		 1535 bp  414  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000442431  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0001  16S ribosomal RNA  82.92 
 
 		 1538 bp  410  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00100673  unclonable  0.0000147486 
 
 
-
 
NC_004347  SO_r007  16S ribosomal RNA  83.36 
 
 		 1529 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0009  16S ribosomal RNA  83.06 
 
 		 1555 bp  410  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000407076  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0115  16S ribosomal RNA  83.06 
 
 		 1555 bp  410  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0021  16S ribosomal RNA  83.06 
 
 		 1555 bp  410  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267003  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0001  16S ribosomal RNA  83.06 
 
 		 1555 bp  410  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000995354  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0137  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1537 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00224733  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0149  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1537 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0292185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0154  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1537 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000876044  normal  0.112474 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0130  16S ribosomal RNA  83.06 
 
 		 1555 bp  410  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0256321  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0094  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1537 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.19947  normal  0.178091 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0136  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1555 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000629377  hitchhiker  0.000146985 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0120  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1555 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0520691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0069  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1555 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00426901  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0001  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1555 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112036  hitchhiker  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0143  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1555 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.328707  normal  0.910288 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0140  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1555 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00908549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0015  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1537 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00010598  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0027  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1537 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000499346  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0123  16S ribosomal RNA  83.06 
 
 		 1555 bp  410  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0112353  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0005  16S ribosomal RNA  83.06 
 
 		 1555 bp  410  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000520718  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0007  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1535 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0064778  normal  0.0127919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0016  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1535 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00459376  normal  0.131368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0020  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1535 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000189863  hitchhiker  0.00241785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0071  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1535 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00107251  normal  0.159667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0123  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1535 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00322133  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0141  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1535 bp  412  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00125257  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  82.77 
 
 		 1518 bp  406  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  82.77 
 
 		 1518 bp  406  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  82.77 
 
 		 1518 bp  406  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0052  16S ribosomal RNA  87.28 
 
 		 1459 bp  404  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000233456  normal  0.528995 
 
 
-
 
NC_004347  SO_r001  16S ribosomal RNA  83.22 
 
 		 1529 bp  404  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r004  16S ribosomal RNA  83.22 
 
 		 1529 bp  404  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r012  16S ribosomal RNA  83.22 
 
 		 1529 bp  404  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r015  16S ribosomal RNA  83.22 
 
 		 1529 bp  404  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r018  16S ribosomal RNA  83.22 
 
 		 1529 bp  404  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r021  16S ribosomal RNA  83.22 
 
 		 1529 bp  404  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r024  16S ribosomal RNA  83.22 
 
 		 1529 bp  404  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r027  16S ribosomal RNA  83.22 
 
 		 1529 bp  404  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0068  16S ribosomal RNA  83.22 
 
 		 1555 bp  404  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000082841  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0009  16S ribosomal RNA  87.28 
 
 		 1459 bp  404  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000834644  hitchhiker  0.00771881 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3084  16S ribosomal RNA  87.28 
 
 		 1470 bp  404  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448941  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0384  16S ribosomal RNA  87.28 
 
 		 1470 bp  404  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.40156  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>