253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5141 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5194  thymidylate synthase  98.14 
 
 		 323 aa  664    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.560501  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5141  thymidylate synthase  100 
 
 		 323 aa  673    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.224825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0324  thymidylate synthase  97.83 
 
 		 323 aa  660    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.565505  normal  0.679829 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5373  thymidylate synthase  85.45 
 
 		 323 aa  587  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5282  thymidylate synthase  82.66 
 
 		 323 aa  568  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4840  thymidylate synthase  82.35 
 
 		 323 aa  565  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2218  thymidylate synthase  73.68 
 
 		 323 aa  513  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.321941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1680  thymidylate synthase  72.45 
 
 		 323 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0961  thymidylate synthase  73.37 
 
 		 323 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2833  thymidylate synthase  72.45 
 
 		 323 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.395121  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0382  thymidylate synthase  72.14 
 
 		 323 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.191913  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0251  thymidylate synthase  72.14 
 
 		 323 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2946  thymidylate synthase  72.14 
 
 		 323 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.13185  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0606  thymidylate synthase  72.76 
 
 		 323 aa  504  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0180853  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0965  thymidylate synthase  73.07 
 
 		 323 aa  502  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1085  thymidylate synthase  72.76 
 
 		 323 aa  504  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2895  thymidylate synthase  72.14 
 
 		 323 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.603954  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1044  thymidylate synthase  72.76 
 
 		 323 aa  504  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0978453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2523  thymidylate synthase  72.14 
 
 		 323 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0897  thymidylate synthase  72.14 
 
 		 323 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4199  thymidylate synthase  72.45 
 
 		 323 aa  500  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2954  thymidylate synthase  71.83 
 
 		 323 aa  500  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1031  thymidylate synthase  71.21 
 
 		 323 aa  495  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0788  thymidylate synthase  69.97 
 
 		 323 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0475293 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5048  thymidylate synthase  95.3 
 
 		 234 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.625961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0137  thymidylate synthase  38.51 
 
 		 316 aa  229  3e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0424726  hitchhiker  0.000568554 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5014  thymidylate synthase-like protein  99.04 
 
 		 113 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.872418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2027  thymidylate synthase  39.06 
 
 		 285 aa  211  1e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.242999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5412  thymidylate synthase  38.08 
 
 		 262 aa  206  4e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.113248  normal  0.179058 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3385  thymidylate synthase  36.65 
 
 		 283 aa  206  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.23043 
 
 
-
 
NC_002950  PG2060  thymidylate synthase  37.46 
 
 		 267 aa  204  2e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2543  thymidylate synthase  37.77 
 
 		 264 aa  202  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.33393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6453  thymidylate synthase  36.22 
 
 		 264 aa  202  8e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2448  thymidylate synthase  37.15 
 
 		 264 aa  202  8e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.848435  normal  0.156064 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04480  thymidylate synthase  36.84 
 
 		 264 aa  202  9e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1422  thymidylate synthase  36.53 
 
 		 264 aa  202  9e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.54015 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1792  thymidylate synthase  36.84 
 
 		 264 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0436  thymidylate synthase  36.53 
 
 		 264 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.595283  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2802  thymidylate synthase  37.96 
 
 		 264 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.395384  normal  0.702269 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0404  thymidylate synthase  36.56 
 
 		 290 aa  199  3.9999999999999996e-50  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0593  thymidylate synthase  36.22 
 
 		 264 aa  198  9e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.931359 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48170  thymidylate synthase  36.22 
 
 		 264 aa  198  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0371  thymidylate synthase  37.15 
 
 		 264 aa  198  1.0000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.634386  normal  0.315482 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3035  thymidylate synthase  35.6 
 
 		 264 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.14983  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2730  thymidylate synthase  36.56 
 
 		 267 aa  198  1.0000000000000001e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0137265 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02675  thymidylate synthase  35.91 
 
 		 264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0328967  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0864  Thymidylate synthase  35.91 
 
 		 264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02636  hypothetical protein  35.91 
 
 		 264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0282174  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1399  thymidylate synthase  36.22 
 
 		 264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0888  thymidylate synthase  35.91 
 
 		 264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2974  thymidylate synthase  35.91 
 
 		 264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0248193  normal  0.0110834 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3147  thymidylate synthase  35.91 
 
 		 264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00502438  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2021  thymidylate synthase  36.53 
 
 		 264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1789  thymidylate synthase  37.19 
 
 		 290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.748216  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2973  thymidylate synthase  35.91 
 
 		 264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.942182  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3269  thymidylate synthase  35.91 
 
 		 264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0325419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4093  thymidylate synthase  35.91 
 
 		 264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00531915  normal  0.186397 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4439  Thymidylate synthase  38.01 
 
 		 268 aa  197  2.0000000000000003e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.613573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2040  thymidylate synthase  36.22 
 
 		 264 aa  196  3e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00561284  normal  0.510775 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3018  thymidylate synthase  35.31 
 
 		 267 aa  196  3e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0786237  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1355  thymidylate synthase  36.22 
 
 		 264 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0892428  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2032  Thymidylate synthase  36.28 
 
 		 271 aa  196  5.000000000000001e-49  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00060457  hitchhiker  0.0000668058 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3148  thymidylate synthase  35.91 
 
 		 264 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3214  thymidylate synthase  35.91 
 
 		 264 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0238211 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3328  thymidylate synthase  35.91 
 
 		 264 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00937763 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1116  thymidylate synthase  37.12 
 
 		 277 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3165  thymidylate synthase  35.91 
 
 		 264 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.623255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3228  thymidylate synthase  35.91 
 
 		 264 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00434826 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1197  thymidylate synthase  37.12 
 
 		 277 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2822  thymidylate synthase  36.22 
 
 		 264 aa  195  7e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0100579  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09380  thymidylate synthase  35.6 
 
 		 264 aa  195  8.000000000000001e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.21237  normal  0.43537 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1751  thymidylate synthase  37.46 
 
 		 264 aa  195  8.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0575891  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2572  thymidylate synthase  36.42 
 
 		 264 aa  194  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.31562  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23310  thymidylate synthase  35.71 
 
 		 271 aa  194  1e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.245903  normal  0.0233829 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12777  thymidylate synthase  36.22 
 
 		 263 aa  194  2e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.470596 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0915  thymidylate synthase  36.53 
 
 		 264 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1036  thymidylate synthase  35.6 
 
 		 264 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0984  thymidylate synthase  35.6 
 
 		 264 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00298799  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0769  thymidylate synthase  35.91 
 
 		 320 aa  193  3e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4922  Thymidylate synthase  35.51 
 
 		 265 aa  193  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1309  thymidylate synthase  34.37 
 
 		 264 aa  193  4e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00097821  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3238  thymidylate synthase  35.6 
 
 		 264 aa  193  4e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0600  Thymidylate synthase  36.2 
 
 		 269 aa  192  5e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0736095 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2730  thymidylate synthase  35.6 
 
 		 264 aa  192  5e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2589  thymidylate synthase  36.22 
 
 		 264 aa  192  6e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2351  thymidylate synthase  35.91 
 
 		 264 aa  192  6e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.914614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3354  thymidylate synthase  34.98 
 
 		 264 aa  192  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819498 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2568  thymidylate synthase  34.67 
 
 		 264 aa  192  8e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2747  Thymidylate synthase  34.52 
 
 		 277 aa  192  8e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1024  thymidylate synthase  35.58 
 
 		 283 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17460  thymidylate synthase  36.73 
 
 		 276 aa  191  1e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.171384  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2311  thymidylate synthase  35.45 
 
 		 273 aa  191  1e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0926  thymidylate synthase  35.6 
 
 		 264 aa  191  1e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.631191  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3014  thymidylate synthase  35.6 
 
 		 264 aa  191  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1962  thymidylate synthase  36.22 
 
 		 264 aa  191  2e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0907  thymidylate synthase  35.91 
 
 		 264 aa  191  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.639895  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4213  thymidylate synthase  34.98 
 
 		 264 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1760  thymidylate synthase  34.69 
 
 		 265 aa  190  2.9999999999999997e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3396  thymidylate synthase  35.6 
 
 		 264 aa  189  4e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0862662  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1729  thymidylate synthase  36 
 
 		 277 aa  189  5e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>