More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0335 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0335  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 245 aa  493  1e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0342  transcriptional regulator, GntR family  85.71 
 
 		 245 aa  436  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3605  transcriptional regulator, GntR family  51.02 
 
 		 278 aa  241  7.999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.521462  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  38.36 
 
 		 241 aa  145  4.0000000000000006e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02029  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.8 
 
 		 248 aa  138  7e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1546  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 248 aa  138  7e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.599104  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1556  transcriptional regulator, GntR family  30.8 
 
 		 248 aa  138  7e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.868549  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0964  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 248 aa  138  7e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3079  transcriptional regulator, GntR family  30.8 
 
 		 248 aa  138  7e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.104176 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1138  transcriptional regulator, GntR family  30.8 
 
 		 248 aa  138  7e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.252402  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2237  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 248 aa  138  7e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01993  hypothetical protein  30.8 
 
 		 248 aa  138  7e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2388  GntR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 248 aa  137  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2489  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 248 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2381  transcriptional regulator, GntR family  30.08 
 
 		 248 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.770781 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2288  transcriptional regulator, GntR family  30.08 
 
 		 248 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.545924  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2332  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 248 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.491871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2377  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 248 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 240 aa  135  5e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0446  GntR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 244 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0534  GntR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 244 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.237769  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15830  GntR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 247 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.800651  normal  0.0246518 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1002  transcriptional regulator, GntR family  29.54 
 
 		 248 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2257  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 248 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0552  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 248 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.689242  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1100  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 248 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.100378  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0946  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 248 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.406281  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0949  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 248 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2130  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 248 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3168  GntR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0551  GntR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0720  GntR family regulatory protein  35.4 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.035737  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0754  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.304598  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3308  transcriptional regulator, GntR family  29.11 
 
 		 248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2885  GntR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2878  GntR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1450  GntR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0138  GntR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0552  GntR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 248 aa  126  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0339408 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0763  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 248 aa  126  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00237996 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0783  GntR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 248 aa  125  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2212  GntR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 244 aa  125  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.189171  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2825  GntR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 244 aa  125  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.214074  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2836  GntR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 244 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2743  GntR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 244 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.927097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3182  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 248 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.659988  hitchhiker  0.001615 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1920  GntR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 248 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2450  GntR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 258 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000263261 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2580  GntR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 258 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.496201  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2556  GntR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 248 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000796144 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0478  GntR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 244 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0696996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2532  GntR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 248 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00685301  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6155  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 244 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272713  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5864  GntR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 248 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.564885  normal  0.734875 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1361  putative transcriptional regulator  34.31 
 
 		 277 aa  122  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6236  transcriptional regulator GntR family  33.91 
 
 		 250 aa  122  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.83701  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1007  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 267 aa  119  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497463  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4156  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 244 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0560  transcriptional regulator, GntR family  32.74 
 
 		 244 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.645686  normal  0.27798 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0292  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2741  transcriptional regulator, GntR family  35.78 
 
 		 242 aa  107  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.0041351  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2176  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 264 aa  104  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2284  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 265 aa  104  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2077  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 265 aa  104  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.340396  hitchhiker  0.00560319 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1647  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 251 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.771403 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2475  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.38 
 
 		 255 aa  103  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.505105  normal  0.226466 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04320  transcriptional regulator GntR family  28.63 
 
 		 240 aa  104  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  33.92 
 
 		 260 aa  102  5e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1473  transcriptional regulator, GntR family  33.83 
 
 		 285 aa  102  7e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4015  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.74 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132462 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3544  GntR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 256 aa  99  6e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0335375  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0291  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 249 aa  99  7e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2648  transcriptional regulator, GntR family  30.54 
 
 		 254 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3408  GntR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 254 aa  96.3  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1359  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 249 aa  95.9  6e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.516922 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4060  transcriptional regulator, GntR family  31.06 
 
 		 245 aa  95.9  6e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.533333 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0513  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 257 aa  95.1  8e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0447  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 257 aa  95.1  8e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.567966  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2908  transcriptional regulator, GntR family  29.71 
 
 		 254 aa  95.1  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.270645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2416  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 246 aa  95.1  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.47741  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2603  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.56 
 
 		 243 aa  92.8  5e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.597561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 255 aa  92.4  5e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2288  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  30.99 
 
 		 263 aa  92  7e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.718754  normal  0.252794 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7245  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 286 aa  91.3  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.375803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  31.76 
 
 		 243 aa  90.5  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3590  UbiC transcription regulator-associated domain protein  32.9 
 
 		 247 aa  90.1  3e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.168054  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0913  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 241 aa  89.7  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0856  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 241 aa  89.7  4e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.333354  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1988  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 249 aa  89.7  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  29.69 
 
 		 270 aa  88.2  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3150  GntR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 251 aa  88.2  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000981065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000412  transcriptional regulator of succinyl CoA synthetase operon  28.33 
 
 		 235 aa  87.4  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1740  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 232 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.40989  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10808  GntR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 269 aa  86.3  4e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.0000218529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1727  GntR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 236 aa  86.3  5e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1454  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 255 aa  85.9  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1632  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 232 aa  85.5  7e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.367647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3895  GntR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 238 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0016  GntR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1621  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00823964  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>