53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_7887 on replicon NC_011887
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011887  Mnod_7887    100 
 
 		 637 bp  1263    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0744  integrase catalytic subunit  80.4 
 
 		 1182 bp  139  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0674  Integrase catalytic region  91.3 
 
 		 930 bp  119  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4981  Integrase catalytic region  91.3 
 
 		 930 bp  119  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.129708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4559  Integrase catalytic region  91.3 
 
 		 930 bp  119  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.326011 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2693    87.3 
 
 		 268 bp  115  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.113528  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5058    86.18 
 
 		 585 bp  109  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4471  integrase catalytic region  78.88 
 
 		 708 bp  105  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.154485  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4891  Integrase catalytic region  85.37 
 
 		 930 bp  101  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0382576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5765    85.37 
 
 		 411 bp  101  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00000020219  normal  0.53939 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3736  integrase catalytic region  82.76 
 
 		 873 bp  95.6  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.402881 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5317  integrase catalytic region  86.87 
 
 		 921 bp  93.7  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0707814  normal  0.862383 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3472  integrase catalytic region  86.41 
 
 		 873 bp  93.7  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0238059  normal  0.994317 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1608  integrase catalytic region  86.41 
 
 		 873 bp  93.7  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0124752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3869    84.78 
 
 		 982 bp  91.7  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3888    84.78 
 
 		 955 bp  91.7  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1042  hypothetical protein  91.3 
 
 		 546 bp  89.7  9e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.820553  normal  0.577447 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4005  integrase catalytic region  85.58 
 
 		 855 bp  87.7  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.5936 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1064  integrase catalytic region  85.44 
 
 		 873 bp  85.7  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0221  integrase catalytic region  85.44 
 
 		 873 bp  85.7  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0898 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1092    90.91 
 
 		 860 bp  83.8  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0381  integrase catalytic subunit  85.42 
 
 		 570 bp  79.8  0.0000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.183978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5714  integrase catalytic region  82.93 
 
 		 930 bp  77.8  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2860  integrase catalytic region  82.93 
 
 		 930 bp  77.8  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6506  integrase catalytic region  82.93 
 
 		 930 bp  77.8  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5713    82.93 
 
 		 1992 bp  77.8  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1212    82.5 
 
 		 555 bp  71.9  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.129542  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6240  integrase catalytic region  82.11 
 
 		 1128 bp  69.9  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5450    85.9 
 
 		 789 bp  67.9  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.564298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1166  integrase catalytic region  84.62 
 
 		 672 bp  60  0.0000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4607  integrase catalytic region  82.18 
 
 		 930 bp  58  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7691  integrase catalytic subunit  84.42 
 
 		 939 bp  58  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4170    90.91 
 
 		 216 bp  56  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.292465  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2014  Integrase catalytic region  90.7 
 
 		 894 bp  54  0.00005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4597  Integrase catalytic region  86.79 
 
 		 924 bp  50.1  0.0008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0734  IS511, transposase OrfB  93.94 
 
 		 243 bp  50.1  0.0008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.036087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1904    86.79 
 
 		 396 bp  50.1  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0404  integrase catalytic region  83.56 
 
 		 810 bp  50.1  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.980653 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1913  putative insertion element  84.62 
 
 		 822 bp  50.1  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000339403 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0464  integrase catalytic region  84.62 
 
 		 822 bp  50.1  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1567  Integrase catalytic region  86.79 
 
 		 930 bp  50.1  0.0008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0876  integrase catalytic region  84.62 
 
 		 822 bp  50.1  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.516654 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0926  integrase catalytic region  83.56 
 
 		 810 bp  50.1  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4089  integrase catalytic region  83.56 
 
 		 810 bp  50.1  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.805064  normal  0.114736 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3357  integrase catalytic region  83.56 
 
 		 810 bp  50.1  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2509  integrase  83.56 
 
 		 696 bp  50.1  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0263754 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2508  integrase  84.62 
 
 		 822 bp  50.1  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0298999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2104  putative integrase  84.62 
 
 		 822 bp  50.1  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.209867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3924  IstB-like ATP-binding protein  96.43 
 
 		 864 bp  48.1  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3728  integrase protein  85.71 
 
 		 714 bp  48.1  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3526  integrase protein  85.71 
 
 		 714 bp  48.1  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0130406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3223  integrase protein  85.71 
 
 		 714 bp  48.1  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0342368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2624  integrase protein  85.71 
 
 		 714 bp  48.1  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.947279  normal  0.151967 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>