52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_R0023 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_R0023  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.618598  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0032  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00145476  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0074  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 86 bp  93.7  6e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.300067  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0029  tRNA-Leu  87.65 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0041  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102263 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0035  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.687906  normal  0.671499 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0037  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0575884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0035  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000157921  normal  0.648742 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0063  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000700338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0026  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0364894  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0141  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232513 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0062  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000163456  normal  0.0301786 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2079  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000217449  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0066  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0822521 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0023  tRNA-Leu  88 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.514859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0135  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.512997 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0022  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.060501 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0044  tRNA-Leu  97.06 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0086  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna084  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0058  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.29408  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0108  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.425396  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0054  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0052  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03630  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 82 bp  58  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0060  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000996161  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0089  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0089  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189785  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0072  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.021945  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0093  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  normal  0.396382 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0748  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0023  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0023  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0074  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0050  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.131977 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0038  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0065  tRNA-Leu  81.93 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239453  normal  0.915141 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0031  tRNA-Leu  81.61 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu01  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0040  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0028  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0008  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>