43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_1754 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_1754  dTDP-4-dehydrorhamnose 3 5-epimerase and related enzymes-like protein  100 
 
 		 162 aa  339  1e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2463  dTDP-4-dehydrorhamnose 3 5-epimerase and related enzymes-like protein  95.68 
 
 		 162 aa  324  3e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0126691  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2861  dTDP-4-dehydrorhamnose 3 5-epimerase and related enzymes-like protein  72.84 
 
 		 162 aa  269  1e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000254374  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2082  hypothetical protein  72.84 
 
 		 162 aa  266  5.9999999999999995e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0925  hypothetical protein  72.22 
 
 		 162 aa  263  7e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.540819  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1352  dTDP-4-dehydrorhamnose 3 5-epimerase and related enzymes-like protein  56.69 
 
 		 157 aa  188  2.9999999999999997e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2403  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5 epimerase  37.01 
 
 		 158 aa  81.3  0.000000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.930193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2142  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  38.24 
 
 		 155 aa  80.1  0.00000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0185  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  36.64 
 
 		 158 aa  80.1  0.00000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0259  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  39.29 
 
 		 153 aa  79.7  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1213  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase and related enzyme  37.78 
 
 		 154 aa  77.8  0.00000000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0055  dTDP-4-dehydrorhamnose 35-epimerase related  36.88 
 
 		 153 aa  75.5  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0165  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase related  35.66 
 
 		 151 aa  74.3  0.0000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1887  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  32.87 
 
 		 181 aa  73.2  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.394283  normal  0.415914 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1258  dTDP-4-dehydrorhamnose epimerase  29.32 
 
 		 158 aa  53.1  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3931  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  32.43 
 
 		 177 aa  52.4  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2752  dTDP-4-dehydrorhamnose 35-epimerase related protein  30.08 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.711856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4813  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  26.72 
 
 		 173 aa  49.3  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841507  normal  0.227045 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0476  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  30.53 
 
 		 187 aa  49.7  0.00002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.0000000424629  decreased coverage  0.00000000283912 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1473  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  32.06 
 
 		 188 aa  48.5  0.00004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0401457  normal  0.0920932 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1712  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  31.2 
 
 		 190 aa  45.8  0.0003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2030  dTDP-4-dehydrorhamnose 3 5-epimerase  31.03 
 
 		 137 aa  44.7  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2730  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  27.73 
 
 		 176 aa  44.7  0.0005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.305906  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2863  hypothetical protein  28.95 
 
 		 134 aa  44.7  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.949512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0256  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  28.81 
 
 		 184 aa  44.7  0.0006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.116618  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4942  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  32.56 
 
 		 190 aa  44.7  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1539  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  26.95 
 
 		 190 aa  43.5  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.731559  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0540  dTDP-4-dehydrorhamnose 35-epimerase related  28.18 
 
 		 180 aa  43.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2215  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  29.57 
 
 		 181 aa  42.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2506  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  24.67 
 
 		 177 aa  42.4  0.002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1571  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  25 
 
 		 190 aa  42.7  0.002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0844  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  32.04 
 
 		 183 aa  42.4  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0223023 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0880  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  32.04 
 
 		 183 aa  42  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0873  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  32.04 
 
 		 183 aa  42.4  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0391  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  32.04 
 
 		 183 aa  42.4  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0559  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.09 
 
 		 372 aa  42  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0160035  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0280  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  27.2 
 
 		 186 aa  41.6  0.004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1389  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  26.83 
 
 		 188 aa  41.6  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000175424  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2887  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  28.21 
 
 		 187 aa  41.6  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3971  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  32.04 
 
 		 183 aa  41.6  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0591967  normal  0.612563 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.4 
 
 		 364 aa  41.2  0.006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4334  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  26.77 
 
 		 184 aa  40.8  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.412859  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0875  polysaccharide biosynthesis domain-containing protein  29.25 
 
 		 165 aa  40.4  0.01  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>