32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0925 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_0925  hypothetical protein  100 
 
 		 162 aa  339  1e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.540819  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2082  hypothetical protein  82.72 
 
 		 162 aa  288  2e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2861  dTDP-4-dehydrorhamnose 3 5-epimerase and related enzymes-like protein  77.78 
 
 		 162 aa  274  3e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000254374  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2463  dTDP-4-dehydrorhamnose 3 5-epimerase and related enzymes-like protein  74.69 
 
 		 162 aa  271  4.0000000000000004e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0126691  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1754  dTDP-4-dehydrorhamnose 3 5-epimerase and related enzymes-like protein  72.22 
 
 		 162 aa  263  7e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1352  dTDP-4-dehydrorhamnose 3 5-epimerase and related enzymes-like protein  51.92 
 
 		 157 aa  177  4e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2403  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5 epimerase  37.3 
 
 		 158 aa  85.5  3e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.930193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1887  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  35.06 
 
 		 181 aa  79  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.394283  normal  0.415914 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2142  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  40.91 
 
 		 155 aa  78.2  0.00000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0185  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  35.38 
 
 		 158 aa  76.6  0.0000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0259  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  35.38 
 
 		 153 aa  74.7  0.0000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0055  dTDP-4-dehydrorhamnose 35-epimerase related  36.97 
 
 		 153 aa  72.4  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1213  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase and related enzyme  35.61 
 
 		 154 aa  68.9  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0165  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase related  34.48 
 
 		 151 aa  68.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4813  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  27.41 
 
 		 173 aa  58.2  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841507  normal  0.227045 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3931  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  34.23 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0476  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  28.03 
 
 		 187 aa  48.9  0.00003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.0000000424629  decreased coverage  0.00000000283912 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2506  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  25.76 
 
 		 177 aa  48.5  0.00004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2215  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  26.55 
 
 		 181 aa  47  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0540  dTDP-4-dehydrorhamnose 35-epimerase related  30.63 
 
 		 180 aa  46.6  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0366  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  26.72 
 
 		 187 aa  45.4  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.192303  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1712  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  28 
 
 		 190 aa  45.1  0.0005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2730  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  25.78 
 
 		 176 aa  43.9  0.001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.305906  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0651  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  23.26 
 
 		 187 aa  42  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.125651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0256  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  30.7 
 
 		 184 aa  42  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.116618  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2548  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  29.55 
 
 		 191 aa  42.4  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1473  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  28.48 
 
 		 188 aa  41.6  0.004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0401457  normal  0.0920932 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2043  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  27.97 
 
 		 190 aa  41.6  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2898  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  31.03 
 
 		 185 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.46 
 
 		 364 aa  41.2  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2971  dTDP-4-dehydrorhamnose 35-epimerase related  31.37 
 
 		 189 aa  41.2  0.006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.305004 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0628  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  28.47 
 
 		 187 aa  41.2  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>