45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3800 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_3800  transcriptional regulator DctR  100 
 
 		 176 aa  358  2e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.202251 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4855  transcriptional regulator DctR  97.73 
 
 		 176 aa  351  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0210  LuxR family transcriptional regulator  97.73 
 
 		 176 aa  350  5e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0333498 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0207  transcriptional regulator, LuxR family  97.73 
 
 		 176 aa  350  5e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3993  transcriptional regulator DctR  97.73 
 
 		 176 aa  350  5e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03355  predicted DNA-binding ranscriptional regulator  97.73 
 
 		 176 aa  350  5e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.356816  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3709  transcriptional regulator DctR  97.73 
 
 		 176 aa  350  5e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000297163  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03308  hypothetical protein  97.73 
 
 		 176 aa  350  5e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.467905  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3905  transcriptional regulator DctR  96.59 
 
 		 176 aa  347  6e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4871  transcriptional regulator GadE  23.95 
 
 		 175 aa  67.8  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.904835 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03313  hypothetical protein  23.95 
 
 		 175 aa  67.8  0.00000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3714  transcriptional regulator GadE  23.95 
 
 		 175 aa  67.8  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0117087  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3998  transcriptional regulator GadE  23.95 
 
 		 175 aa  67.8  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0205  LuxR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 175 aa  67.8  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0644675 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0202  transcriptional regulator, LuxR family  23.95 
 
 		 175 aa  67.8  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03360  DNA-binding transcriptional activator  23.95 
 
 		 175 aa  67.8  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3814  transcriptional regulator GadE  23.95 
 
 		 175 aa  67.8  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.050045 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3910  transcriptional regulator GadE  23.95 
 
 		 175 aa  66.2  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3979  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.91 
 
 		 220 aa  45.4  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487116  normal  0.704163 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1981  transcriptional regulatory protein DegU, putative  44.44 
 
 		 218 aa  45.1  0.0005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1954  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 		 220 aa  44.3  0.0009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.228638  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1888  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.85 
 
 		 212 aa  43.1  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265772 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0700  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.58 
 
 		 218 aa  42.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00980919  normal  0.316207 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3186  two component LuxR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 215 aa  43.5  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0678517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3163  two component LuxR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 203 aa  42.4  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.932633  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0790  two component LuxR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 214 aa  42.7  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.870503  normal  0.997505 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1026  response regulator protein  23.84 
 
 		 217 aa  42.4  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0306  two component LuxR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 215 aa  42  0.004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000161342  hitchhiker  0.00000159266 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00996  response regulator  24.36 
 
 		 210 aa  42.4  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0885199  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06170  response regulator  24.36 
 
 		 210 aa  42.4  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.624626  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2153  two component LuxR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 213 aa  42  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.848776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1928  two component LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 487 aa  41.6  0.006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.793322  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2295  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.29 
 
 		 222 aa  41.6  0.006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.031577  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2103  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.62 
 
 		 210 aa  41.6  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2415  two component LuxR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 217 aa  41.6  0.006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2463  response regulator receiver  40.74 
 
 		 217 aa  41.6  0.006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0029  two component LuxR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 214 aa  41.2  0.007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.317943  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3938  two component LuxR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 218 aa  41.2  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.189042  normal  0.262256 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0594  transcriptional regulator FimZ  40.35 
 
 		 210 aa  40.8  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.627077  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0659  transcriptional regulator FimZ  40.35 
 
 		 210 aa  40.8  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.611229  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2962  response regulator receiver  24.4 
 
 		 206 aa  40.8  0.009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.117851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0602  transcriptional regulator FimZ  40.35 
 
 		 210 aa  40.8  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  0.0923244 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0598  transcriptional regulator FimZ  40.35 
 
 		 210 aa  40.8  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.110504 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0595  transcriptional regulator FimZ  40.35 
 
 		 210 aa  40.8  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447967  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.55 
 
 		 215 aa  40.8  0.01  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>